help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Fetcher</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Fetcher</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can retrieve sequences from certain databases using either
  31     the DBFetch service provided by the EMBL European Bioinformatics
  32     Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em>
  33     command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).
  34   </p>
  35   <p>The Sequence Fetcher can be opened via the &quot;File&quot;
  36     menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
  37     alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing
  38     alignment to import additional sequences. There may be a short delay
  39     when the sequence fetcher is first opened, whilst Jalview compiles
  40     the list of available sequence datasources from the currently
  41     defined DAS server registry.</p>
  42   <p>
  43     Every time a new fetcher is opened, you will need to <strong>select
  44       the database you want to retrieve sequences</strong> from the database
  45     chooser.
  46   </p>
  47   <img src="selectfetchdb.gif" align="left" width="480" height="204"
  48     alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
  49   <p>
  50     The databases are shown as a tree, and ordered alphabetically;
  51     tooltips are shown if you mouse over some sources, explaining what
  52     the database will retrieve. You can select one by using the up/down
  53     arrow keys and hitting return, or by double clicking with the mouse.
  54     <br />
  55     <em>If you have DAS sources enabled, then you may have several
  56       sources for the same type of sequence identifier, and these will
  57       be grouped together in a sub-branch branch labeled with the
  58       identifier.</em>
  59   </p>
  60   <p>Once you have selected a sequence database, its fetcher dialog
  61     will open. Jalview provides two types of dialog:</p>
  62   <ol>
  63     <li><strong>The Free-text Search Interface</strong> <br />Free-text
  64       search clients are provided for PDB (Since 2.9), and UniProt
  65       (Since 2.10). They provide access to each database's own query
  66       system, enabling you to retrieve data by accession, free text
  67       description, or any other type of supported field. For full
  68       details, see each client's help page:
  69       <ul>
  70         <li><a href="pdbsequencefetcher.html">PDB Sequence
  71             Fetcher</a></li>
  72         <li><a href="uniprotsequencefetcher.html">UniProt
  73             Sequence Fetcher</a></li>
  74       </ul></li>
  75     <li><strong>Accession based sequence retrieval</strong> <br />
  76
  77       <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  78       alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box"><br /> To
  79       retrieve sequences, simply <strong>enter one or more
  80         accession ids</strong> (as a semi-colon separated list), or press the
  81       &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the
  82       currently selected database into the retrieval box. Finally, press
  83       &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</li>
  84   </ol>
  85   <p>
  86     <strong>Only retrieving part of a sequence</strong>
  87   </p>
  88   <p>
  89     When using DAS sources (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;),
  90     you can append a range in addition to a sequence ID. For example, to
  91     retrieve 50 residues starting at position 35 in UNIPROT sequence
  92     P73137 using the UNIPROT DAS server, you would enter
  93     &quot;'P73137:35,84'.<br /> <em>Full support for DAS range
  94       queries was introduced in Jalview 2.8</em>
  95   </p>
  96
  97   <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL,
  98     UniProt, PFAM, and RFAM) in work for publication, please cite:</p>
  99   <p>
 100     Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate
 101     J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez
 102     R. <br> SOAP-based services provided by the European
 103     Bioinformatics Institute.<br> Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28
 104     (2005) <br> <br>
 105   </p>
 106 </body>
 107 </html>