help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Fetcher</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
  27 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
  28 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, or, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
  29         <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  30                 alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
  31         <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot;
  32   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
  33   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
  34   to import additional sequences. There may be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  35   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the
  36   currently defined DAS server registry.
  37 </p>
  38         <p>First, select the database you want to retrieve sequences from
  39                 by clicking the button labeled 'Select database retrieval source'. If
  40                 a database source is already selected, then the button's label will
  41                 change to show the currently selected database.</p>
  42                 <img src="selectfetchdb.gif" align="left" alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
  43                 <p>Since Jalview 2.8, the
  44                 available databases are shown as a tree in a popup dialog box. The
  45                 databases are ordered alphabetically, and if there are many sources
  46                 for the same type of sequence identifier, they will be grouped
  47                 together in a sub-branch branch labeled with the identifier.</p>
  48         <p>Once you have selected the sequence database using the popup dialog box, enter
  49   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the
  50   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
  51    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
  52         <p><strong>Specifying chains for PDB IDs</strong>
  53   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
  54   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
  55   id. For example :<br/><pre> 1GAQ:A</pre>
  56   </p>
  57    <p>
  58     <strong>Only retrieving part of a sequence</strong> DAS sources
  59     (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;) allow a range to be
  60     specified in addition to a sequence ID. To retrieve 50 residues
  61     starting at position 35 in UNIPROT sequence P73137 using the UNIPROT
  62     DAS server, you would enter &quot;'P73137:35,84'.<br/><em>Full support for DAS range queries was introduced in Jalview 2.8</em>
  63     </p>
  64
  65 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB, PFAM, and RFAM)
  66    in work for publication, please cite:</p>
  67 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar
  68   S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
  69   SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
  70   Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
  71   <br>
  72   </p>
  73 </body>
  74 </html>