help/html/features/seqfetch.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Sequence Fetcher</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
  39 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
  40 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
  41 <img src="seqfetcher.gif" align="center" alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
  42 <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot;
  43   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
  44   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
  45   to import additional sequences. Please note, there will be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  46   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the
  47   currently defined DAS server registry.</strong>
  48 </p>
  49 <p>First, select the database you want to retrieve sequences from. Then, enter
  50   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the
  51   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
  52    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
  53 <p>
  54   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
  55   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
  56   id. For example :<br><pre> 1GAQ:A</pre><br>When retrieving from DAS sequence sources,
  57   coordinate range arguments can be passed to the server using the standard DAS
  58   sequence command format (<strong>:&lt;start&gt;,&lt;end&gt;</strong>)</p>
  59 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB and PFAM)
  60    in work for publication, please cite:</p>
  61 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar
  62   S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
  63   SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
  64   Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
  65   <br>
  66   </p>
  67 </body>
  68 </html>