help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
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  16  *
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  18 -->
  19 <head><title>Sequence Fetcher</title></head>
  20 <body>
  21 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
  22 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
  23 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
  24 <img src="seqfetcher.gif" align="center" alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
  25 <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot;
  26   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
  27   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
  28   to import additional sequences. Please note, there will be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  29   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the
  30   currently defined DAS server registry.</strong>
  31 </p>
  32 <p>First, select the database you want to retrieve sequences from. Then, enter
  33   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the
  34   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
  35    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
  36 <p>
  37   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
  38   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
  39   id. For example :<br><pre> 1GAQ:A</pre><br>When retrieving from DAS sequence sources,
  40   coordinate range arguments can be passed to the server using the standard DAS
  41   sequence command format (<strong>:&lt;start&gt;,&lt;end&gt;</strong>)</p>
  42 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB and PFAM)
  43    in work for publication, please cite:</p>
  44 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar
  45   S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
  46   SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
  47   Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
  48   <br>
  49   </p>
  50 </body>
  51 </html>