help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Sequence Fetcher</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
  24 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using
  25 either the WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics
  26 Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em>
  27 command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
  28 <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  29         alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
  30 <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the
  31 &quot;File&quot; menu on the main desktop in order to retrieve sequences
  32 as a new alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an
  33 existing alignment to import additional sequences. Please note, there
  34 will be a short delay when the sequence fetcher is first opened, whilst
  35 Jalview compiles the list of available sequence datasources from the
  36 currently defined DAS server registry.</strong></p>
  37 <p>First, select the database you want to retrieve sequences from.
  38 Then, enter one or more accession ids (as a semi-colon separated list),
  39 or press the &quot;Example&quot; button to paste the example accession
  40 for the currently selected database into the retrieval box. Finally,
  41 press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
  42 <p><em>Fetching Individual PDB Chains</em><br>
  43 If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve specific
  44 chains by appending a colon and the chain id to the PDB id. For example
  45 :<br>
  46 <pre> 1GAQ:A</pre>
  47 </p>
  48 <p><em>Retrieving parts of large sequence records</em><br>
  49 When retrieving from DAS sequence sources, coordinate range arguments
  50 can be passed to the server using the standard DAS sequence command
  51 format:<pre>
  52   &lt;AccessionId&gt;:&lt;start&gt;,&lt;end&gt;</pre> If you know a source
  53 understands this type of query format, then you should untick the
  54 checkbox for 'replace commas with semi-colons' so the range query can be
  55 passed to the server; otherwise, the query will be split into two (e.g
  56 'Mito:1' and '85779' rather than 'Mito:1,85779'). In most cases,
  57 however, a source that supports range queries will include a range
  58 qualification in its example query, and Jalview will then automatically
  59 disable the 'replace commas with semi-colons' option.<br>
  60 <em>The option to disable the comma to semi-colon translation was
  61 added in Jalview 2.6</em></p>
  62 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL,
  63 Uniprot, PDB and PFAM) in work for publication, please cite:</p>
  64 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S.,
  65 Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez
  66 R. <br>
  67 SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
  68 Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
  69 <br>
  70 </p>
  71 </body>
  72 </html>