help/html/features/seqfetch.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Sequence Fetcher</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
  24 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
  25 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
  26         <img src="seqfetcher.gif" align="center"
  27                 alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
  28         <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot;
  29   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
  30   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
  31   to import additional sequences. There may be a short delay when the sequence fetcher is first opened,
  32   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the
  33   currently defined DAS server registry.
  34 </p>
  35         <p>First, select the database you want to retrieve sequences from
  36                 by clicking the button labeled 'Select database retrieval source'. If
  37                 a database source is already selected, then the button's label will
  38                 change to show the currently selected database.</p>
  39                 <img src="selectfetchdb.gif" align="left" alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
  40                 <p>Since Jalview 2.8, the
  41                 available databases are shown as a tree in a popup dialog box. The
  42                 databases are ordered alphabetically, and if there are many sources
  43                 for the same type of sequence identifier, they will be grouped
  44                 together in a sub-branch branch labeled with the identifier.</p>
  45         <p>Once you have selected the sequence database using the popup dialog box, enter
  46   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the
  47   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
  48    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
  49         <p><strong>Specifying chains for PDB IDs</strong>
  50   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
  51   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
  52   id. For example :<br/><pre> 1GAQ:A</pre>
  53   </p>
  54    <p>
  55     <strong>Only retrieving part of a sequence</strong> DAS sources
  56     (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;) allow a range to be
  57     specified in addition to a sequence ID. To retrieve 50 residues
  58     starting at position 35 in UNIPROT sequence P73137 using the UNIPROT
  59     DAS server, you would enter &quot;'P73137:35,84'.<br/><em>Full support for DAS range queries was introduced in Jalview 2.8</em>
  60     </p>
  61
  62 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB, PFAM, and RFAM)
  63    in work for publication, please cite:</p>
  64 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar
  65   S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
  66   SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
  67   Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
  68   <br>
  69   </p>
  70 </body>
  71 </html>