help/html/features/seqmappings.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Mapping Between Different Sequences</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Mapping Between Different Sequences</strong></p>
  24 <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between sequences in different
  25   domains, based on alignment, or by the use of explicit mappings provided by
  26   databases. </p>
  27 <p>The most familiar mapping is the one used to identify
  28 the coordinates corresponding to a displayed sequence when
  29 viewing a PDB file associated with a sequence (see
  30 <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing PDB Files&quot;</a>
  31 for more information.</p>
  32 <p>The newest form of mapping supported by Jalview is the
  33 correspondence between DNA and protein sequences. This mapping
  34 can be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records
  35 retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>,
  36 and allows sequence features to be mapped directly from Uniprot
  37 das sources to their coding region on EMBL sequence records.
  38 </body>
  39 </html>