help/html/features/seqmappings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Mapping Between Different Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Mapping Between Different Sequences</strong>
  28   </p>
  29   <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between
  30     sequences in different domains, based on alignment, or by the use of
  31     explicit mappings provided by databases.</p>
  32   <p>
  33     The most familiar mapping is the one used to identify the
  34     coordinates corresponding to a displayed sequence when viewing a PDB
  35     file associated with a sequence (see <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing
  36       PDB Files&quot;</a> for more information.
  37   </p>
  38   <p>
  39     The newest form of mapping supported by Jalview is the
  40     correspondence between DNA and protein sequences. This mapping can
  41     be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records
  42     retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, and
  43     allows sequence features to be mapped directly from Uniprot das
  44     sources to their coding region on EMBL sequence records.
  45 </body>
  46 </html>