help/html/features/seqmappings.html

   1 <html>\r
   2 <!--\r
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5  * \r
   6  * This file is part of Jalview.\r
   7  * \r
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  * \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  18 -->\r
  19 <head>\r
  20 <title>Mapping Between Different Sequences</title>\r
  21 </head>\r
  22 <body>\r
  23 <p><strong>Mapping Between Different Sequences</strong></p>\r
  24 <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between sequences in different \r
  25   domains, based on alignment, or by the use of explicit mappings provided by \r
  26   databases. </p>\r
  27 <p>The most familiar mapping is the one used to identify\r
  28 the coordinates corresponding to a displayed sequence when\r
  29 viewing a PDB file associated with a sequence (see \r
  30 <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing PDB Files&quot;</a> \r
  31 for more information.</p>\r
  32 <p>The newest form of mapping supported by Jalview is the \r
  33 correspondence between DNA and protein sequences. This mapping\r
  34 can be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records \r
  35 retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, \r
  36 and allows sequence features to be mapped directly from Uniprot \r
  37 das sources to their coding region on EMBL sequence records.\r
  38 </body>\r
  39 </html>\r