help/html/features/siftsmapping.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="UTF-8">
   5 <title>SIFTS Mapping from UniProt for PDB Structures</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8
   9   <p>
  10     <strong>SIFTS Mapping for UniProt sequences and PDB
  11       Structures</strong><br /> SIFTS (Structure Integration with Function,
  12     Taxonomy and Sequences) is a database of residue-level mappings
  13     between UniProt protein sequences, and protein structures found in
  14     the PDB. The database is updated for each PDB release, and is
  15     provided by the <a href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/">PDBe
  16       at EMBL-EBI</a>.
  17   </p>
  18   <p>When Jalview imports PDB data for a protein sequence found in
  19     UniProt, either via the 'View 3D Structure...' option, or the 'Fetch
  20     DB Refs' web services menu, Jalview will also download its SIFTS
  21     record and use that information to construct a mapping between the
  22     sequence and downloaded structure.</p>
  23   <p>If, for some reason, no SIFTS mapping data exists, then Jalview
  24     will generate a mapping using the built-in Needleman and Wunsch
  25     global alignment algorithm. This is how sequence-structure mappings
  26     were created before version 2.10.</p>
  27   <p>
  28     <strong>Controlling and troubleshooting SIFTS mappings</strong> <br />
  29     Configuration options controlling whether SIFTS mappings are used
  30     can be found in the <strong>Tools &rarr; Preferences &rarr;
  31       Structure tab</strong>, under 'Sequence &harr; Structure method'.<br /> <em>Note:</em>
  32     Changing the configuration will only affect how new mappings are
  33     created. In order to recompute mappings for structures already
  34     loaded, please reload the sequence & structural data.
  35   </p>
  36
  37   <p>
  38     <strong>Multi-Chain Mappings</strong> <br />SIFTS gives Jalview the
  39     ability to display multi-chain mappings between UniProt sequences
  40     and PDB structure data. This is important when working with
  41     multimeric proteins, when the biological assembly can contain
  42     several structures for the same protein sequence. Multi-chain
  43     mapping allows all residues in a structure to be located in the
  44     alignment, and also, when shading the structure by sequence colours,
  45     enables conservation patterns between oligomer interfaces to be
  46     explored.
  47   </p>
  48   <p>To see this in action, Retrieve the UniProt sequence
  49     FER1_MAIZE, and then view one of its structures: 3B2F. Mousing over
  50     the sequence results to two positions being highlighted in the
  51     structure, and colouring the alignment transfers the color to all
  52     the mapped chains in the structure.</p>
  53
  54   <p>
  55     <Strong>Viewing Mapping Output</Strong> <br /> The mapping provided
  56     by the SIFTS record is accessible via <strong>File &rarr;
  57       View mapping</strong> menu of the structure viewers. The screenshot below
  58     shows the mapping created between UniProt sequence FER1_MAIZE and
  59     proteins in PDB 3B2F, which reports thattwo chains were mapped. The
  60     mapping method is also reported (highlighted with red border).
  61   <p>
  62
  63     &emsp;<img src="sifts_mapping_output.png" align="left"
  64       alt="SIFTS mapping output" /> <br />
  65   <p>
  66     <em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.10</em>
  67   </p>
  68
  69 </body>
  70 </html>