help/html/features/siftsmapping.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="UTF-8">
   5 <title>SIFTS Mapping from UniProt for PDB Structures</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8
   9   <p>
  10     <strong>SIFTS Mapping for UniProt sequences and PDB
  11       Structures</strong><br /> SIFTS (Structure Integration with Function,
  12     Taxonomy and Sequences) is a database of residue-level mappings
  13     between UniProt protein sequences, and protein structures found in
  14     the PDB. The database is updated for each PDB release, and is
  15     provided by the <a href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/">PDBe
  16       at EMBL-EBI</a>.
  17   </p>
  18   <p>When Jalview imports PDB data for a protein sequence found in
  19     UniProt, either via the 'View 3D Structure...' option, or the 'Fetch
  20     DB Refs' web services menu, Jalview will also download its SIFTS
  21     record and use that information to construct a mapping between the
  22     sequence and downloaded structure.</p>
  23   <p>If, for some reason, no SIFTS mapping data exists, then Jalview
  24     will generate a mapping using its built-in Needleman and Wunsch
  25     global alignment algorithm. This method of mapping was used for all
  26     structures prior to version 2.10.
  27   <p>
  28     <strong>Controlling and troubleshooting SIFTS mappings</strong> <br />
  29     Configuration options controlling whether SIFTS mappings are used
  30     can be found in the <strong>Tools &rarr; Preferences &rarr;
  31       Structure tab</strong>, under 'Sequence &harr; Structure method'.<br /> <em>Note:</em>
  32     Changing the configuration will only affect how new mappings are
  33     created. In order to recompute mappings for structures already
  34     loaded, please reload the sequence & structural data.
  35   </p>
  36
  37   <p>
  38     <strong>Multi-Chain Mappings</strong> <br />SIFTS gives Jalview the
  39     ability to display multi-chain mappings between UniProt sequences
  40     and PDB structure data. This is important when working with
  41     multimeric proteins, since the biological unit will contain several
  42     structures for the same protein sequence. Multi-chain mapping allows
  43     all residues in a structure to be located in the alignment, and
  44     also, when shading the structure by sequence colours, enables
  45     conservation patterns between oligomer interfaces to be explored.
  46   </p>
  47   <p>To see this in action, load uniprot sequence for FER1_MAIZE
  48     then veiw PDB structure for 3B2F, you will notice that mousing over
  49     the sequence results to two positions being highlighted in the
  50     structure, also colouring the sequence transfers the color to all
  51     the mapped chains in the structure.</p>
  52
  53   <p>
  54     <Strong>Viewing Mapping Output</Strong> <br /> The mapping provided
  55     by the SIFTS record is accessible via <strong>File &rarr;
  56       View mapping</strong> menu of the structure viewers. The screenshot below
  57     is the mapping output for the <Strong>{FER1_MAIZE &harr;
  58       3B2F}</Strong> example described above, and confirms that all two chains
  59     were mapped. The mapping method used can be seen within the area
  60     highlighted with red boarder.
  61   <p>
  62
  63     &emsp;<img src="sifts_mapping_output.png" align="left"
  64       alt="SIFTS mapping output" />
  65   <p>
  66     <em>SIFTS Mapping integration was added in Jalview 2.10</em>
  67   </p>
  68
  69 </body>
  70 </html>