help/html/features/varna.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The VARNA RNA Viewer</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The VARNA RNA Viewer</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     <a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> was integrated
  31     into Jalview 2.8 to allow interactive viewing of RNA secondary
  32     structure annotation. It is opened by selecting the <strong>&quot;Structure&#8594;View
  33       Structure:&quot;</strong> option in the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence
  34       id pop-up menu</a> (if you can't see this, then no RNA structure is
  35     associated with your sequence or alignment). In the pop-up menu all
  36     structures that are associated with this sequence and all sequences
  37     that are associated with the alignment are available.
  38   <p>
  39     Saving a Jalview session as a project file includes the state of any
  40     Varna viewers, which are reopened when the project is reloaded <em>(since
  41       Jalview 2.9)</em>.
  42   <p>
  43     <strong>Different structures</strong>
  44   </p>
  45   <ul>
  46     <li><b>Alignment structures</b>: Structures associated with the
  47       alignment are marked by having &quot;consensus&quot; attached to
  48       their name. VARNA contains two different entries for consensus
  49       structures.
  50       <ul>
  51         <li>Consensus structure: the individual sequence folded
  52           into the consensus structure</li>
  53         <li>Trimmed consensus structure: the individual sequence
  54           folded into the the gap-free consensus structure. That means
  55           all columns that contained gaps in the individual sequence
  56           were removed. If this breaks a base-pair the pairing is
  57           removed also. This can be considered as an approximation for
  58           the individual structure.
  59       </ul></li>
  60     <li><b>Individual structures</b>: this is a structure
  61       associated with the individual sequence and therefore not related
  62       to the alignment</li>
  63   </ul>
  64   <p>
  65     <strong>Controls</strong><br>
  66   <ul>
  67     <li>Rotate view - Left Click and drag</li>
  68     <li>Zoom in - Press '+'</li>
  69     <li>Zoom out - Press '-'</li>
  70     <li>Choose a different structure - Left click on structure in
  71       the left hand panel</li>
  72     <li>Highlighting bases - Move mouse over columns in the Jalview
  73       alignment panel</li>
  74   </ul>
  75
  76   <p>
  77     <strong>Functionality provided by VARNA</strong>
  78   </p>
  79   <p>VARNA's own functions are accessed by right-clicking in the
  80     structure display area. That will open the VARNA pop-up menu, which
  81     provides access to a number of features like different draw
  82     algorithm, color highlighting or annotations.</p>
  83   <p>
  84     <strong>More Information</strong>
  85   </p>
  86   <p>
  87     VARNA is a very powerful RNA viewer on its own. Only the essentials
  88     have been described here - the interested reader is referred to <a
  89       href="http://varna.lri.fr/index.php?page=manual&css=varna"
  90     >VARNA's own comprehensive online documentation</a>.
  91   </p>
  92 </body>
  93 </html>