help/html/features/varna.html

   1 <html>\r
   2 <!--\r
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5  * \r
   6  * This file is part of Jalview.\r
   7  * \r
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  * \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  18 -->\r
  19 <head>\r
  20 <title>The VARNA RNA Viewer</title>\r
  21 </head>\r
  22 <body>\r
  23 <p><strong>The VARNA RNA Viewer</strong></p>\r
  24 <p>Since Jalview\r
  25 2.7.1, <a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> has been\r
  26 integrated into Jalview for interactively viewing structures opened by\r
  27 selecting the <strong>&quot;Structure&#8594;View\r
  28 Structure:&quot;</strong> option in\r
  29 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a> (if\r
  30 you can't see this, then no RNA structure is associated with your\r
  31 sequence or alignment. In the pop-up menu all structures that\r
  32 are associated with this sequence and all sequences that are\r
  33 associated with the alignment are available.\r
  34 \r
  35 <p><strong>Different structures</strong></p>\r
  36 <ul>\r
  37   <li>\r
  38     <b>Alignment structures</b>:\r
  39     Structures associated with the alignment are marked by having &quot;consensus&quot; attached to their name. VARNA contains two different entries for consensus structures.\r
  40     <ul>\r
  41       <li>Consensus structure: the individual sequence folded into the consensus structure</li>\r
  42       <li>Trimmed consensus structure: the individual sequence\r
  43         folded into the the gap-free consensus structure. That means all\r
  44         columns that contained gaps in the individual sequence were\r
  45         removed. If this breaks a base-pair the pairing is removed also.\r
  46         This can be considered as an approximation for the individual structure.\r
  47     </ul>\r
  48   </li>\r
  49   <li>\r
  50     <b>Individual structures</b>:\r
  51     this is a structure associated with the individual sequence and therefore not related to the alignment    \r
  52   </li>\r
  53 \r
  54 <p><strong>Controls</strong><br>\r
  55 <ul>\r
  56 <li>Rotate view - Left Click and drag</li>\r
  57 <li>Zoom in - Press '+'</li>\r
  58 <li>Zoom out - Press '-'</li>\r
  59 <li>Choose a different structure - Left click on structure in the left hand panel</li>\r
  60 <li>Highlighting bases - Move mouse over columns in the Jalview alignment panel</li>\r
  61 </ul>\r
  62 \r
  63 <p><strong>Functionality provided by VARNA</strong></p>\r
  64 <p>VARNA's own functions are accessed by right-clicking in the\r
  65 structure display area. That will open the VARNA pop-up menu,\r
  66 which provides access to a number of features like different draw algorithm, color highlighting or annotations. \r
  67 </p>\r
  68 <p><strong>More Information</strong></p>\r
  69 <p>VARNA is a very powerful RNA viewer on its own. Only the\r
  70 essentials have been described here - the interested reader is\r
  71 referred to <a href="http://varna.lri.fr/usermanual.html">VARNA's own\r
  72 comprehensive online documentation</a>.</p>\r
  73 </body>\r
  74 </html>\r