help/html/features/varna.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>The VARNA RNA Viewer</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>The VARNA RNA Viewer</strong></p>
  25 <p><a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> was
  26 integrated into Jalview 2.8 to allow interactive viewing of RNA secondary structure annotation. It is opened by
  27 selecting the <strong>&quot;Structure&#8594;View
  28 Structure:&quot;</strong> option in
  29 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a> (if
  30 you can't see this, then no RNA structure is associated with your
  31 sequence or alignment. In the pop-up menu all structures that
  32 are associated with this sequence and all sequences that are
  33 associated with the alignment are available.
  34
  35 <p><strong>Different structures</strong></p>
  36 <ul>
  37   <li>
  38     <b>Alignment structures</b>:
  39     Structures associated with the alignment are marked by having &quot;consensus&quot; attached to their name. VARNA contains two different entries for consensus structures.
  40     <ul>
  41       <li>Consensus structure: the individual sequence folded into the consensus structure</li>
  42       <li>Trimmed consensus structure: the individual sequence
  43         folded into the the gap-free consensus structure. That means all
  44         columns that contained gaps in the individual sequence were
  45         removed. If this breaks a base-pair the pairing is removed also.
  46         This can be considered as an approximation for the individual structure.
  47     </ul>
  48   </li>
  49   <li>
  50     <b>Individual structures</b>:
  51     this is a structure associated with the individual sequence and therefore not related to the alignment
  52   </li>
  53
  54 <p><strong>Controls</strong><br>
  55 <ul>
  56 <li>Rotate view - Left Click and drag</li>
  57 <li>Zoom in - Press '+'</li>
  58 <li>Zoom out - Press '-'</li>
  59 <li>Choose a different structure - Left click on structure in the left hand panel</li>
  60 <li>Highlighting bases - Move mouse over columns in the Jalview alignment panel</li>
  61 </ul>
  62
  63 <p><strong>Functionality provided by VARNA</strong></p>
  64 <p>VARNA's own functions are accessed by right-clicking in the
  65 structure display area. That will open the VARNA pop-up menu,
  66 which provides access to a number of features like different draw algorithm, color highlighting or annotations.
  67 </p>
  68 <p><strong>More Information</strong></p>
  69 <p>VARNA is a very powerful RNA viewer on its own. Only the
  70 essentials have been described here - the interested reader is
  71 referred to <a href="http://varna.lri.fr/usermanual.html">VARNA's own
  72 comprehensive online documentation</a>.</p>
  73 </body>
  74 </html>