help/html/features/varna.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>The VARNA RNA Viewer</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>The VARNA RNA Viewer</strong></p>
  24 <p><a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> was
  25 integrated into Jalview 2.8 to allow interactive viewing of RNA secondary structure annotation. It is opened by
  26 selecting the <strong>&quot;Structure&#8594;View
  27 Structure:&quot;</strong> option in
  28 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a> (if
  29 you can't see this, then no RNA structure is associated with your
  30 sequence or alignment. In the pop-up menu all structures that
  31 are associated with this sequence and all sequences that are
  32 associated with the alignment are available.
  33
  34 <p><strong>Different structures</strong></p>
  35 <ul>
  36   <li>
  37     <b>Alignment structures</b>:
  38     Structures associated with the alignment are marked by having &quot;consensus&quot; attached to their name. VARNA contains two different entries for consensus structures.
  39     <ul>
  40       <li>Consensus structure: the individual sequence folded into the consensus structure</li>
  41       <li>Trimmed consensus structure: the individual sequence
  42         folded into the the gap-free consensus structure. That means all
  43         columns that contained gaps in the individual sequence were
  44         removed. If this breaks a base-pair the pairing is removed also.
  45         This can be considered as an approximation for the individual structure.
  46     </ul>
  47   </li>
  48   <li>
  49     <b>Individual structures</b>:
  50     this is a structure associated with the individual sequence and therefore not related to the alignment
  51   </li>
  52
  53 <p><strong>Controls</strong><br>
  54 <ul>
  55 <li>Rotate view - Left Click and drag</li>
  56 <li>Zoom in - Press '+'</li>
  57 <li>Zoom out - Press '-'</li>
  58 <li>Choose a different structure - Left click on structure in the left hand panel</li>
  59 <li>Highlighting bases - Move mouse over columns in the Jalview alignment panel</li>
  60 </ul>
  61
  62 <p><strong>Functionality provided by VARNA</strong></p>
  63 <p>VARNA's own functions are accessed by right-clicking in the
  64 structure display area. That will open the VARNA pop-up menu,
  65 which provides access to a number of features like different draw algorithm, color highlighting or annotations.
  66 </p>
  67 <p><strong>More Information</strong></p>
  68 <p>VARNA is a very powerful RNA viewer on its own. Only the
  69 essentials have been described here - the interested reader is
  70 referred to <a href="http://varna.lri.fr/usermanual.html">VARNA's own
  71 comprehensive online documentation</a>.</p>
  72 </body>
  73 </html>