help/html/features/varna.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The VARNA RNA Viewer</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>The VARNA RNA Viewer</strong></p>
  27 <p><a href="http://varna.lri.fr/index.html">VARNA</a> was
  28 integrated into Jalview 2.8 to allow interactive viewing of RNA secondary structure annotation. It is opened by
  29 selecting the <strong>&quot;Structure&#8594;View
  30 Structure:&quot;</strong> option in
  31 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a> (if
  32 you can't see this, then no RNA structure is associated with your
  33 sequence or alignment). In the pop-up menu all structures that
  34 are associated with this sequence and all sequences that are
  35 associated with the alignment are available.
  36 <p>Saving a Jalview session as a project file includes the state of any Varna viewers, which are reopened when the project is reloaded <em>(since Jalview 2.9)</em>.
  37
  38 <p><strong>Different structures</strong></p>
  39 <ul>
  40   <li>
  41     <b>Alignment structures</b>:
  42     Structures associated with the alignment are marked by having &quot;consensus&quot; attached to their name. VARNA contains two different entries for consensus structures.
  43     <ul>
  44       <li>Consensus structure: the individual sequence folded into the consensus structure</li>
  45       <li>Trimmed consensus structure: the individual sequence
  46         folded into the the gap-free consensus structure. That means all
  47         columns that contained gaps in the individual sequence were
  48         removed. If this breaks a base-pair the pairing is removed also.
  49         This can be considered as an approximation for the individual structure.
  50     </ul>
  51   </li>
  52   <li>
  53     <b>Individual structures</b>:
  54     this is a structure associated with the individual sequence and therefore not related to the alignment
  55   </li>
  56 </ul>
  57 <p><strong>Controls</strong><br>
  58 <ul>
  59 <li>Rotate view - Left Click and drag</li>
  60 <li>Zoom in - Press '+'</li>
  61 <li>Zoom out - Press '-'</li>
  62 <li>Choose a different structure - Left click on structure in the left hand panel</li>
  63 <li>Highlighting bases - Move mouse over columns in the Jalview alignment panel</li>
  64 </ul>
  65
  66 <p><strong>Functionality provided by VARNA</strong></p>
  67 <p>VARNA's own functions are accessed by right-clicking in the
  68 structure display area. That will open the VARNA pop-up menu,
  69 which provides access to a number of features like different draw algorithm, color highlighting or annotations.
  70 </p>
  71 <p><strong>More Information</strong></p>
  72 <p>VARNA is a very powerful RNA viewer on its own. Only the
  73 essentials have been described here - the interested reader is
  74 referred to <a href="http://varna.lri.fr/index.php?page=manual&css=varna">VARNA's own
  75 comprehensive online documentation</a>.</p>
  76 </body>
  77 </html>