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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  17  *
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
  27
  28 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence
  29 via the <strong>"Structure&rarr;"</strong> submenu from a
  30 sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.</p>
  31 <p>The following menu entries are provided for viewing structure data<br>
  32   <ul>
  33     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View
  34         Structure&#8594;</strong> submenu allows a single PDB structure to be chosen
  35       for display from the available structures for a sequence.
  36     </li>
  37     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
  38         structures
  39     </strong> option will open a new window containing all structures associated
  40       with the current selection, superposed according to the currently selected region of the alignment.<br/><em>This
  41       capability was added in Jalview 2.7</em>
  42     </li>
  43     <li><a name="viewreps"/>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
  44         representative structures
  45     </strong> option will open a new window containing exactly one structure per
  46       currently selected sequence.<br />
  47     <em>The View representative structures option was introduced in
  48         Jalview 2.8.1</em></li>
  49   </ul>
  50   <br>
  51 </p>
  52
  53 <p>If a single pdb
  54 structure is selected, one of the following will happen:</p>
  55
  56 <ul>
  57         <li>If no structures are open, then an interactive display of the
  58         structure will be opened in a new window</li>
  59
  60         <li>If another structure is already shown for the current
  61         alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  62                 href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
  63         the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>)</li>
  64
  65         <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
  66         to associate the sequence with an existing view of the selected
  67         structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
  68
  69         <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
  70         PDB viewer</a> help page for more information about the display.</li>
  71 </ul>
  72         <p><strong>Associating PDB files with Sequences</strong></p>
  73         <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
  74 ID and select "Structure<strong>&rarr;</strong> Associate Structure with
  75 Sequence", and one of the submenus:</p>
  76
  77 <ul>
  78         <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or
  79         network and associate it with the selected sequence. PDB files
  80         associated in this way will also be saved in the <a
  81                 href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>.<br>
  82         </li>
  83
  84         <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the
  85         EBI, to fetch the PDB file with the entered Id.<br>
  86         </li>
  87
  88         <li>Discover PDB Ids - Jalview uses the sequence's ID to query WSDBFetch, provided by the
  89         EBI, and any enabled DAS servers, to discover PDB ids associated with the sequence.</li>
  90 </ul>
  91
  92 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  93 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  94         href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with
  95 this service are automatically associated with their source database
  96 entry. For PDB sequences, simply select PDB as the database and enter
  97 your known PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
  98 Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file as
  99 you would an alignment file. The sequences of any peptide chains will be
 100 extracted from the file and viewed in the alignment window.</p>
 101
 102 <p>
 103 <strong>Associating a large number of PDB files to sequences
 104 in an alignment</strong><br /> It is often the case when working with
 105 structure alignments that you will have a directory of PDB files, and
 106 an alignment involving one or more of the structures. If you drag a
 107 number of PDB files onto an alignment in the Jalview desktop, Jalview
 108 will give you the option of associating PDB files with sequences that
 109 have the same filename. This means, for example, you can automatically
 110 associate PDB files with names like '1gaq.pdb' with sequences that
 111 have an ID like '1gaq'.
 112 <br/><em>Note: This feature was added in Jalview 2.7</em>
 113 </p>
 114 <p><em>Note for jalview applet users:<br>
 115 Due to the applet security constraints, PDB Files can currently only be
 116 imported by cut and paste of the PDB file text into the text box opened
 117 by the 'From File' entry of the structure menu.</em></p>
 118
 119 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 120 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
 121 with sequence features from a group named with the associated PDB
 122 accession number or file name. Each feature gives the corresponding PDB
 123 Residue Number for each mapped residue in the sequence. The display of
 124 these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 125 Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 126 Settings dialog box</a>.</p>
 127
 128 <p><em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 129 files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>
 130 Structures imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
 131 highlighted or coloured when they are displayed in structure views,
 132 especially if they contain more than one PDB structure. See the bug
 133 report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em></p>
 134 </body>
 135 </html>
 136