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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <p>
  27                 <strong>Viewing PDB Structures</strong>
  28         </p>
  29         Jalview can be used to view protein structures by following the steps below:
  30         <ol>
  31                 <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option from a
  32                         sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> dialog box.
  33                         <ul>
  34                                 <li>If one or more structures exists for the given sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure Chooser</a>
  35                                         dialog will open with them listed in the results pane.</li>
  36                                 <li>However, if no structure was found, the <a href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> interface will present options for manual association of PDB structures.</li>
  37                         </ul>
  38                         </li>
  39     <li><strong>Selecting Structures</strong><br /> If structures
  40       have been discovered, then some will already be selected according
  41       to predefined selection criteria, such as structures with the
  42       highest resolution. Use the drop down menu to select structures
  43       according to different criteria, or, alternatively, choose
  44       structures manually by selecting with the keyboard and mouse.
  45       <ul>
  46         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If you
  47           have previously downloaded structures for your sequences, they
  48           can be viewed by selecting the <strong>Cached PDB
  49             Entries</strong> option from the drop down menu at the top of the
  50           dialog box.</li>
  51       </ul></li>
  52     <li>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  53       button.
  54     </li>
  55   </ol>
  56
  57         The
  58         <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  59         2.3. Jalview 2.8.2 included support for <a href="chimera.html">Chimera</a>, provided it is
  60         installed and can be launched by Jalview. The default viewer can be
  61         configured in the
  62         <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a> in the
  63         <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  64         <p>
  65                 Structure data imported into Jalview can also be processed to display
  66                 secondary structure and temperature factor annotation. See the <a
  67                         href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page for
  68                 more information.
  69         </p>
  70
  71 <p>If a <strong>single</strong> PDB
  72 structure is selected, one of the following will happen:</p>
  73
  74 <ul>
  75         <li>If no structures are open, then an interactive display of the
  76         structure will be opened in a new window.</li>
  77
  78         <li>If another structure is already shown for the current
  79         alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  80                 href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
  81         the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>).</li>
  82
  83         <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
  84         to associate the sequence with an existing view of the selected
  85         structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
  86
  87         <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
  88         </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for more information about the display.</li>
  89 </ul>
  90
  91
  92 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  93 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  94         href="pdbsequencefetcher.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with
  95 this service are automatically associated with their source database
  96 entry. For PDB sequences, simply select PDB as the database and enter
  97 your known PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
  98 Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file as
  99 you would an alignment file. The sequences of any protein or nucleotide chains will be
 100 extracted from the file and viewed in the alignment window.</p>
 101
 102 <p>
 103 <strong>Associating a large number of PDB files to sequences
 104 in an alignment</strong><br /> It is often the case when working with
 105 structure alignments that you will have a directory of PDB files, and
 106 an alignment involving one or more of the structures. If you drag a
 107 number of PDB files onto an alignment in the Jalview desktop, Jalview
 108 will give you the option of associating PDB files with sequences that
 109 have the same filename. This means, for example, you can automatically
 110 associate PDB files with names like '1gaq.pdb' with sequences that
 111 have an ID like '1gaq'.
 112 <br/><em>Note: This feature was added in Jalview 2.7</em>
 113 </p>
 114 <p><em>Note for Jalview applet users:<br>
 115 Due to the applet security constraints, PDB Files can currently only be
 116 imported by cut and paste of the PDB file text into the text box opened
 117 by the 'From File' entry of the structure menu.</em></p>
 118
 119 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 120 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
 121 with sequence features from a group named with the associated PDB
 122 accession number or file name. Each feature gives the corresponding PDB
 123 Residue Number for each mapped residue in the sequence. The display of
 124 these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 125 Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 126 Settings dialog box</a>.</p>
 127
 128 <p><em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 129 files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>
 130 Structures imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
 131 highlighted or coloured when they are displayed in structure views,
 132 especially if they contain more than one PDB structure. See the bug
 133 report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em></p>
 134 </body>
 135 </html>
 136