help/html/features/viewingpdbs.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>PDB Viewing</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
  25
  26 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence
  27 via the <strong>"Structure&rarr;View PDB entry:"</strong> entries from a
  28 sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>. Once a pdb
  29 structure is selected, one of the following will happen:</p>
  30
  31 <ul>
  32         <li>If no structures are open, then an interactive display of the
  33         structure will be opened in a new window</li>
  34
  35         <li>If another structure is already shown for the current
  36         alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  37                 href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
  38         the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>)</li>
  39
  40         <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
  41         to associate the sequence with an existing view of the selected
  42         structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
  43
  44         <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
  45         PDB viewer</a> help page for more information about the display.</li>
  46 </ul>
  47         <p>
  48                 <em>Opening structures associated with the current selection</em><br />
  49                 If one or more of the sequences in the alignment are selected, then
  50                 the Structure submenu of the <a href="../menus/popupMenu.html">Sequence
  51                         ID popup menu</a> will contain will include either a 'View all <em>X</em>
  52                 structures' entry in the submenu or a 'View structure for <em>Sequence</em>'
  53                 entry. Both these options will open a new Jmol view containing one, or
  54                 all the structures available for all selected sequences, superimposed
  55                 using the currently selected region of the alignment. (<em>This
  56                         capability was added in Jalview 2.7</em>)
  57         </p>
  58         <p><strong>Associating PDB files with Sequences</strong></p>
  59         <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
  60 ID and select "Structure<strong>&rarr;</strong> Associate Structure with
  61 Sequence", and one of the submenus:</p>
  62
  63 <ul>
  64         <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or
  65         network and associate it with the selected sequence. PDB files
  66         associated in this way will also be saved in the <a
  67                 href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>.<br>
  68         </li>
  69
  70         <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the
  71         EBI, to fetch the PDB file with the entered Id.<br>
  72         </li>
  73
  74         <li>Discover PDB Ids - Jalview uses the sequence's ID to query WSDBFetch, provided by the
  75         EBI, and any enabled DAS servers, to discover PDB ids associated with the sequence.</li>
  76 </ul>
  77
  78 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  79 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  80         href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with
  81 this service are automatically associated with their source database
  82 entry. For PDB sequences, simply select PDB as the database and enter
  83 your known PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
  84 Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file as
  85 you would an alignment file. The sequences of any peptide chains will be
  86 extracted from the file and viewed in the alignment window.</p>
  87
  88 <p>
  89 <strong>Associating a large number of PDB files to sequences
  90 in an alignment</strong><br /> It is often the case when working with
  91 structure alignments that you will have a directory of PDB files, and
  92 an alignment involving one or more of the structures. If you drag a
  93 number of PDB files onto an alignment in the Jalview desktop, Jalview
  94 will give you the option of associating PDB files with sequences that
  95 have the same filename. This means, for example, you can automatically
  96 associate PDB files with names like '1gaq.pdb' with sequences that
  97 have an ID like '1gaq'.
  98 <br/><em>Note: This feature was added in Jalview 2.7</em>
  99 </p>
 100 <p><em>Note for jalview applet users:<br>
 101 Due to the applet security constraints, PDB Files can currently only be
 102 imported by cut and paste of the PDB file text into the text box opened
 103 by the 'From File' entry of the structure menu.</em></p>
 104
 105 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 106 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
 107 with sequence features from a group named with the associated PDB
 108 accession number or file name. Each feature gives the corresponding PDB
 109 Residue Number for each mapped residue in the sequence. The display of
 110 these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 111 Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 112 Settings dialog box</a>.</p>
 113
 114 <p><em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 115 files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>
 116 Structures imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
 117 highlighted or coloured when they are displayed in structure views,
 118 especially if they contain more than one PDB structure. See the bug
 119 report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em></p>
 120 </body>
 121 </html>
 122