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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>PDB Viewing</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
  24
  25 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence
  26 via the <strong>"Structure&rarr;View PDB entry:"</strong> entries from a
  27 sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>. Once a pdb
  28 structure is selected, one of the following will happen:</p>
  29
  30 <ul>
  31         <li>If no structures are open, then an interactive display of the
  32         structure will be opened in a new window</li>
  33
  34         <li>If another structure is already shown for the current
  35         alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  36                 href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
  37         the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>)</li>
  38
  39         <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
  40         to associate the sequence with an existing view of the selected
  41         structure.</li>
  42
  43         <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
  44         PDB viewer</a> help page for more information about the display.</li>
  45 </ul>
  46
  47
  48 <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
  49 ID and select "Structure<strong>&rarr;</strong> Associate Structure with
  50 Sequence", and one of the submenus:</p>
  51
  52 <ul>
  53         <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or
  54         network and associate it with the selected sequence. PDB files
  55         associated in this way will also be saved in the <a
  56                 href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>.<br>
  57         </li>
  58
  59         <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the
  60         EBI, to fetch the PDB file with the entered Id.<br>
  61         </li>
  62
  63         <li>Discover PDB Ids - Jalview uses WSDBFetch, provided by the
  64         EBI, to discover PDB ids for all the sequences in the alignment which
  65         have valid Uniprot names / accession ids.</li>
  66 </ul>
  67
  68 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  69 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  70         href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with
  71 this service are automatically associated with their source database
  72 entry. For PDB sequences, simply select PDB as the database and enter
  73 your known PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
  74 Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file as
  75 you would an alignment file. The sequences of any peptide chains will be
  76 extracted from the file and viewed in the alignment window.</p>
  77
  78 <p><em>Note for jalview applet users:<br>
  79 Due to the applet security constraints, PDB Files can currently only be
  80 imported by cut and paste of the PDB file text into the text box opened
  81 by the 'From File' entry of the structure menu.</em></p>
  82
  83 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
  84 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
  85 with sequence features from a group named with the associated PDB
  86 accession number or file name. Each feature gives the corresponding PDB
  87 Residue Number for each mapped residue in the sequence. The display of
  88 these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
  89 Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
  90 Settings dialog box</a>.</p>
  91
  92 <p><em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
  93 files in Jalview 2.6</strong><br>
  94 Structures imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
  95 highlighted or coloured when they are displayed in structure views,
  96 especially if they contain more than one PDB structure. See the bug
  97 report at http://issues.jalview.org/JAL-623 for news on this problem.</em></p>
  98 </body>
  99 </html>
 100