help/html/features/viewingpdbs.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>
  27
  28 <p>Jalview can view protein structures associated with a sequence
  29 via the <strong>"Structure&rarr;"</strong> submenu from a
  30 sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.</p>
  31 A <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview 2.3. Jalview 2.8.2 added support for <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/">Chimera</a>,
  32 provided this has been separately installed. Choice of default viewer is configurable in the Preferences <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a>.
  33
  34 <p>The following menu entries are provided for viewing structure data<br>
  35   <ul>
  36     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View
  37         Structure&#8594;</strong> submenu allows a single PDB structure to be chosen
  38       for display from the available structures for a sequence.
  39     </li>
  40     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
  41         structures
  42     </strong> option will open a new window containing all structures associated
  43       with the current selection, superposed according to the currently selected region of the alignment.<br/><em>This
  44       capability was added in Jalview 2.7</em>
  45     </li>
  46     <li>The <strong>&quot;Structure&#8594;View all <em>N</em>
  47         representative structures
  48     </strong> option will open a new window containing exactly one structure per
  49       currently selected sequence.<br />
  50     <em>The View representative structures option was introduced in
  51         Jalview 2.8.1</em></li>
  52   </ul>
  53 </p>
  54
  55 <p>If a single pdb
  56 structure is selected, one of the following will happen:</p>
  57
  58 <ul>
  59         <li>If no structures are open, then an interactive display of the
  60         structure will be opened in a new window.</li>
  61
  62         <li>If another structure is already shown for the current
  63         alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  64                 href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure in
  65         the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>).</li>
  66
  67         <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
  68         to associate the sequence with an existing view of the selected
  69         structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
  70
  71         <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
  72         </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for more information about the display.</li>
  73 </ul>
  74         <p><strong>Associating PDB files with Sequences</strong></p>
  75         <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
  76 ID and select "Structure<strong>&rarr;</strong> Associate Structure with
  77 Sequence", and one of the submenus:</p>
  78
  79 <ul>
  80         <li>From File - You can load a PDB file from the local machine or
  81         network and associate it with the selected sequence. PDB files
  82         associated in this way will also be saved in the <a
  83                 href="jalarchive.html">Jalview Archive file</a>.<br>
  84         </li>
  85
  86         <li>Enter PDB Id - Jalview will use WSDBFetch, provided by the
  87         EBI, to fetch the PDB file with the entered Id.<br>
  88         </li>
  89
  90         <li>Discover PDB Ids - Jalview uses the sequence's ID to query WSDBFetch, provided by the
  91         EBI, and any enabled DAS servers, to discover PDB ids associated with the sequence.</li>
  92 </ul>
  93
  94 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>
  95 You can retrieve sequences from the PDB using the <a
  96         href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>. Any sequences retrieved with
  97 this service are automatically associated with their source database
  98 entry. For PDB sequences, simply select PDB as the database and enter
  99 your known PDB id (appended with ':' and a chain code, if desired).<br>
 100 Jalview will also read PDB files directly. Simply load in the file as
 101 you would an alignment file. The sequences of any peptide chains will be
 102 extracted from the file and viewed in the alignment window.</p>
 103
 104 <p>
 105 <strong>Associating a large number of PDB files to sequences
 106 in an alignment</strong><br /> It is often the case when working with
 107 structure alignments that you will have a directory of PDB files, and
 108 an alignment involving one or more of the structures. If you drag a
 109 number of PDB files onto an alignment in the Jalview desktop, Jalview
 110 will give you the option of associating PDB files with sequences that
 111 have the same filename. This means, for example, you can automatically
 112 associate PDB files with names like '1gaq.pdb' with sequences that
 113 have an ID like '1gaq'.
 114 <br/><em>Note: This feature was added in Jalview 2.7</em>
 115 </p>
 116 <p><em>Note for jalview applet users:<br>
 117 Due to the applet security constraints, PDB Files can currently only be
 118 imported by cut and paste of the PDB file text into the text box opened
 119 by the 'From File' entry of the structure menu.</em></p>
 120
 121 <p><strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 122 Sequences which have PDB entry or PDB file associations are annotated
 123 with sequence features from a group named with the associated PDB
 124 accession number or file name. Each feature gives the corresponding PDB
 125 Residue Number for each mapped residue in the sequence. The display of
 126 these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 127 Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 128 Settings dialog box</a>.</p>
 129
 130 <p><em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 131 files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>
 132 Structures imported via the cut'n'paste dialog box will not be correctly
 133 highlighted or coloured when they are displayed in structure views,
 134 especially if they contain more than one PDB structure. See the bug
 135 report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em></p>
 136 </body>
 137 </html>
 138