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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Discovering and Viewing PDB Structures</strong>
  28   </p>
  29   Jalview can be used to explore the 3D structures of sequences in an
  30   alignment by following the steps below:
  31   <ol>
  32     <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option
  33       from a sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  34         menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure
  35         Chooser</a> dialog box.
  36       <ul>
  37         <li>If one or more structures exists for the given
  38           sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure
  39             Chooser</a> dialog will open with them listed in the results
  40           pane.
  41         </li>
  42         <li>However, if no structure was found, the <a
  43           href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> interface
  44           will present options for manual association of PDB structures.
  45         </li>
  46       </ul>
  47     </li>
  48     <li><strong>Selecting Structures</strong><br />You can select
  49       the structures that you want to open and view by selecting them
  50       with the mouse and keyboard.<br />By default, if structures were
  51       discovered, then some will already be selected according to the
  52       criteria shown in the drop-down menu. The default criteria is
  53       'highest resolution', simply choose another to pick structures in
  54       a different way.<br />
  55       <ul>
  56         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If
  57           previously downloaded structures are available for your
  58           sequences, the structure chooser will automatically offer them
  59           via the <strong>Cached Structures</strong> view. If you wish
  60           to download new structures, select one of the PDBe selection
  61           criteria from the drop-down menu.</li>
  62       </ul></li>
  63     <li><strong>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  64         button.
  65     </strong><br />
  66       <ul>
  67         <li>Additional structure data will be downloaded with the
  68           EMBL-EBI's dbfetch service</li>
  69         <li><a href="siftsmapping.html">SIFTS</a> records will also
  70           be downloaded for mapping UniProt protein sequence data to PDB
  71           coordinates.</li>
  72         <li>A new structure viewer will open, or you will be
  73           prompted to add structures to existing viewers (see <a
  74           href="#afterviewbutton">below</a> for details).
  75         </li>
  76       </ul></li>
  77   </ol>
  78   <p>
  79     <strong>Structure Viewers in the Jalview Desktop</strong><br /> The
  80     <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  81     2.3. Jalview 2.8.2 included support for <a href="chimera.html">Chimera</a>,
  82     provided it is installed and can be launched by Jalview. The default
  83     viewer can be configured in the <a href="preferences.html#structure">Structure
  84       tab</a> in the <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  85
  86   <p>
  87     Structure data imported into Jalview can also be processed to
  88     display secondary structure and temperature factor annotation. See
  89     the <a href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page
  90     for more information.
  91   </p>
  92   <p>
  93     <img src="schooser_viewbutton.png"
  94       style="width: 465px; height: 81px" /><br/> <strong><a
  95       name="afterviewbutton">Controlling where the new structures
  96         will be shown</a></strong>
  97         <br />The Structure Chooser offers several options
  98     for viewing a structure. <br/><strong>New View</strong> will open a new
  99     structure viewer for the selected structures, but if there are views
 100     already open, you can select which one to use, and press the <strong>Add</strong>
 101     button. Jalview can automatically superimpose new structures based
 102     on the linked alignments - but if this is not desirable, simple
 103     un-tick the <strong>Superpose Structures</strong> checkbox.
 104
 105   </p>
 106   <p>
 107     <em>Superposing structures</em><br/>Jalview superposes structures using
 108     the visible portions of any associated sequence alignments. A
 109     message in the structure viewer's status bar will be shown if not
 110     enough aligned columns were available to perform a superposition.
 111   </p>
 112   <p>
 113   See the <a href="jmol.html">Jmol
 114     </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> help pages for
 115       more information about their capabilities.</p>
 116
 117
 118   <p>
 119     <strong>Retrieving sequences from the PDB</strong><br>You can
 120     retrieve sequences from the PDB using the <a
 121       href="pdbsequencefetcher.html">Sequence Fetcher</a>. The sequences
 122     retrieved with this service are derived directly from the PDB 3D
 123     structure data, which can be viewed in the same way above. Secondary
 124     structure and temperature factor annotation can also be added. <br />
 125
 126     <br>Jalview will also read PDB files directly - either in PDB
 127     format, or <a href="mmcif.html">mmCIF</a>. Simply load in the file
 128     as you would an alignment file. The sequences of any protein or
 129     nucleotide chains will be extracted from the file and viewed in the
 130     alignment window.
 131   </p>
 132
 133   <p>
 134     <strong>Associating a large number of PDB files to
 135       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
 136     with structure alignments that you will have a directory of PDB
 137     files, and an alignment involving one or more of the structures. If
 138     you drag a number of PDB files onto an alignment in the Jalview
 139     desktop, Jalview will give you the option of associating PDB files
 140     with sequences that have the same filename. This means, for example,
 141     you can automatically associate PDB files with names like '1gaq.pdb'
 142     with sequences that have an ID like '1gaq'. <br /> <em>Note:
 143       This feature was added in Jalview 2.7</em>
 144   </p>
 145   <p>
 146     <em>Note for Jalview applet users:<br> Due to the applet
 147       security constraints, PDB Files can currently only be imported by
 148       cut and paste of the PDB file text into the text box opened by the
 149       'From File' entry of the structure menu.
 150     </em>
 151   </p>
 152
 153   <p>
 154     <strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 155     Sequences which have PDB entry or PDB file associations are
 156     annotated with sequence features from a group named with the
 157     associated PDB accession number or file name. Each feature gives the
 158     corresponding PDB Residue Number for each mapped residue in the
 159     sequence. The display of these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 160       Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 161       Settings dialog box</a>.
 162   </p>
 163   <br />
 164   <hr>
 165   <p>
 166     <strong>Switching between mmCIF and PDB format for
 167       downloading files from the PDB</strong><br /> Jalview now employs the <a
 168       href="mmcif.html">mmCIF format</a> for importing 3D structure data
 169     from flat file and EMBL-PDBe web-service, as recommended by the
 170     wwwPDB. If you prefer (for any reason) to download data as PDB files
 171     instead, then first close Jalview, and add the following line to
 172     your .jalview_properties file:<br />
 173     <code> PDB_DOWNLOAD_FORMAT=PDB </code>
 174     <br /> When this setting is configured, Jalview will only request
 175     PDB format files from EMBL-EBI's PDBe.<br /> <em>mmCIF format
 176       file support was added in Jalview 2.10.</em>
 177   </p>
 178
 179   <p>
 180     <em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 181         files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>Structures imported
 182       via the cut'n'paste dialog box will not be correctly highlighted
 183       or coloured when they are displayed in structure views, especially
 184       if they contain more than one PDB structure. See the bug report at
 185       http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em>
 186   </p>
 187
 188 </body>
 189 </html>
 190