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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Discovering and Viewing PDB Structures</strong>
  28   </p>
  29   Jalview can be used to explore the 3D structures of sequences in an
  30   alignment by following the steps below:
  31   <ol>
  32     <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option
  33       from a sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  34         menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure
  35         Chooser</a> dialog box.
  36       <ul>
  37         <li>If one or more structures exists for the given
  38           sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure
  39             Chooser</a> dialog will open with them listed in the results
  40           pane.
  41         </li>
  42         <li>However, if no structure was found, the <a
  43           href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> interface
  44           will present options for manual association of PDB structures.
  45         </li>
  46       </ul>
  47     </li>
  48     <li><strong>Selecting Structures</strong><br />You can select
  49       the structures that you want to open and view by selecting them with
  50       the mouse and keyboard.<br />By default, if structures were
  51       discovered, then some will already be selected according to the
  52       criteria shown in the drop-down menu. The default criteria is
  53       'highest resolution', simply choose another to pick structures in
  54       a different way.<br />
  55       <ul>
  56         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If you
  57           have previously downloaded structures for your sequences, they
  58           can be viewed by selecting the <strong>Cached PDB
  59             Entries</strong> option from the drop down menu at the top of the
  60           dialog box.</li>
  61       </ul></li>
  62     <li>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  63       button.
  64     </li>
  65   </ol>
  66
  67   The
  68   <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  69   2.3. Jalview 2.8.2 included support for
  70   <a href="chimera.html">Chimera</a>, provided it is installed and can
  71   be launched by Jalview. The default viewer can be configured in the
  72   <a href="preferences.html#structure">Structure tab</a> in the
  73   <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  74   <p>
  75     Structure data imported into Jalview can also be processed to
  76     display secondary structure and temperature factor annotation. See
  77     the <a href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page
  78     for more information.
  79   </p>
  80
  81   <p>
  82     If a <strong>single</strong> PDB structure is selected, one of the
  83     following will happen:
  84   </p>
  85
  86   <ul>
  87     <li>If no structures are open, then an interactive display of
  88       the structure will be opened in a new window.</li>
  89
  90     <li>If another structure is already shown for the current
  91       alignment, then you will be asked if you want to add and <a
  92       href="jmol.html#align">align this structure</a> to the structure
  93       in the existing view. (<em>new feature in Jalview 2.6</em>).
  94     </li>
  95
  96     <li>If the structure is already shown, then you will be
  97       prompted to associate the sequence with an existing view of the
  98       selected structure. This is useful when working with multi-domain
  99       or multi-chain PDB files.</li>
 100
 101     <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
 102     </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> PDB viewer help pages for
 103       more information about the display.
 104     </li>
 105   </ul>
 106
 107
 108   <p>
 109     <strong>Retrieving sequences from the PDB</strong><br>You can
 110     retrieve sequences from the PDB using the <a
 111       href="pdbsequencefetcher.html">Sequence Fetcher</a>. The sequences
 112     retrieved with this service are derived directly from the PDB 3D
 113     structure data, which can be viewed in the same way above. Secondary
 114     structure and temperature factor annotation can also be added. <br />
 115
 116  <br>Jalview
 117     will also read PDB files directly - either in PDB format, or <a
 118       href="mmcif.html">mmCIF</a>. Simply load in the file as you would
 119     an alignment file. The sequences of any protein or nucleotide chains
 120     will be extracted from the file and viewed in the alignment window.
 121   </p>
 122
 123   <p>
 124     <strong>Associating a large number of PDB files to
 125       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
 126     with structure alignments that you will have a directory of PDB
 127     files, and an alignment involving one or more of the structures. If
 128     you drag a number of PDB files onto an alignment in the Jalview
 129     desktop, Jalview will give you the option of associating PDB files
 130     with sequences that have the same filename. This means, for example,
 131     you can automatically associate PDB files with names like '1gaq.pdb'
 132     with sequences that have an ID like '1gaq'. <br /> <em>Note:
 133       This feature was added in Jalview 2.7</em>
 134   </p>
 135   <p>
 136     <em>Note for Jalview applet users:<br> Due to the applet
 137       security constraints, PDB Files can currently only be imported by
 138       cut and paste of the PDB file text into the text box opened by the
 139       'From File' entry of the structure menu.
 140     </em>
 141   </p>
 142
 143   <p>
 144     <strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 145     Sequences which have PDB entry or PDB file associations are
 146     annotated with sequence features from a group named with the
 147     associated PDB accession number or file name. Each feature gives the
 148     corresponding PDB Residue Number for each mapped residue in the
 149     sequence. The display of these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 150       Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 151       Settings dialog box</a>.
 152   </p>
 153   <br/>
 154   <hr>
 155   <p>
 156     <strong>Switching between mmCIF and PDB format for
 157       downloading files from the PDB</strong><br /> Jalview now employs the <a
 158       href="mmcif.html">mmCIF format</a> for importing 3D structure data
 159     from flat file and EMBL-PDBe web-service, as recommended by the
 160     wwwPDB. If you prefer (for any reason) to download data as PDB files
 161     instead, then first close Jalview, and add the following line to
 162     your .jalview_properties file:<br />
 163     <code> PDB_DOWNLOAD_FORMAT=PDB </code>
 164     <br /> When this setting is configured, Jalview will only request
 165     PDB format files from EMBL-EBI's PDBe.<br /> <em>mmCIF format
 166       file support was added in Jalview 2.10.</em>
 167   </p>
 168
 169   <p>
 170     <em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 171         files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>Structures imported
 172       via the cut'n'paste dialog box will not be correctly highlighted
 173       or coloured when they are displayed in structure views, especially
 174       if they contain more than one PDB structure. See the bug report at
 175       http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em>
 176   </p>
 177
 178 </body>
 179 </html>
 180