help/html/features/xsspannotation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation from 3D structure data</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <p>
  27                 <strong>Working with annotation from 3D structure data</strong>
  28         </p>
  29         <p>
  30                 Jalview can process PDB data associated with sequences to display
  31                 values extracted from the <em>Temperature Factor</em> column for
  32                 corresponding sites, and secondary structure from DSSP or RNAView (as
  33                 appropriate).
  34         </p>
  35         <p>
  36                 <strong>Extracting data from PDB files<br /></strong>Annotation is
  37                 created for structure files retrieved directly from the PDB loaded
  38                 from the file system (via the <strong>Structure&rarr;Associate
  39                         Structure...&rarr;From file</strong> option, or when displayed via the View
  40                 Structures Menu.<br /> Structure annotation is not automatically
  41                 added to an alignment, but any available structure annotation rows for
  42                 the current selection or a particular sequence can be added via the <strong>Add
  43                         Reference Annotation</strong> in the <strong>Selection</strong> and <strong>Sequence
  44                         ID</strong> sub-menus of the Sequence ID Panel's popup menu.<br/> <em>Please
  45                         note:</em>Protein structures are analysed
  46                 <em>in situ</em>, but Jalview employs a web service to process RNA
  47                 structures which can cause long delays if your internet connection is
  48                 slow.
  49         </p>
  50         <p>
  51                 The <a href="../menus/alwannotation.html"><em>Annotations</em>
  52                         alignment menu</a> provides settings useful for controlling the display
  53                 of secondary structure annotation.
  54         </p>
  55         <p>
  56                 <strong>Shading sequences by associated structure annotation<br /></strong>The
  57                 annotation colouring dialog (opened by the <strong>Colour&rarr;By
  58                         Annotation</strong> option) allows sequences with associated secondary
  59                 structure data to be shaded according to secondary structure type.
  60                 Once the dialog is opened, select the <em>Per Sequence</em> option and
  61                 then choose <em>Secondary structure</em> from the dropdown menu.<br />When
  62                 colouring alignments by secondary structure, two modes can be
  63                 employed. The default is to shade sequences with the same colour as
  64                 the secondary structure glyph. If, however, <em>original colours</em>
  65                 is selected and another colourscheme has already been applied, then
  66                 only portions of the sequence with defined secondary structure will be
  67                 shaded with the previously applied scheme.<br />
  68         </p>
  69         <p>
  70                 <strong>Configuration options for processing PDB files<br /></strong>
  71                 Occasionally, you may wish to disable secondary structure processing.
  72                 Configuration options in the <strong>Structure</strong> tab in the <strong>Tools&rarr;Preferences</strong>
  73                 dialog allow the processing of structure data to be disabled, or
  74                 selectively enabled. For more information, take a look at the <a href="preferences.html#structure">documentation for the structure panel</a>.
  75         </p>
  76         <p>
  77                 <em>The display of secondary structure data was introduced in
  78                         Jalview 2.8.2, and is made possible by Jalview's use of <a
  79                         href="jmol.html">Jmol's DSSP implementation</a>, based on the
  80                         original <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6667333">Kabsch
  81                                 and Sander algorithm</a> ported by <a
  82                         href="http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/">Robbie P. Joosten and
  83                                 colleagues</a>, and a client for <a
  84                         href="https://github.com/fjossinet/PyRNA">Fabrice Jossinet's
  85                                 pyRNA services</a> that was developed by Anne Menard, Jim Procter and
  86                         Yann Ponty as part of the Jalview Summer of Code 2012.
  87                 </em>
  88         </p>
  89 </body>
  90 </html>