help/html/features/xsspannotation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation from 3D structure data</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Working with annotation from 3D structure data</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can process PDB data associated with sequences to display
  31     values extracted from the <em>Temperature Factor</em> column for
  32     corresponding sites, and secondary structure from DSSP or RNAView
  33     (as appropriate).
  34   </p>
  35   <p>
  36     <strong>Extracting data from PDB files<br /></strong>Annotation is
  37     created for structure files retrieved directly from the PDB loaded
  38     from the file system (via the <strong>Structure&rarr;Associate
  39       Structure...&rarr;From file</strong> option, or when displayed via the View
  40     Structures Menu.<br /> Structure annotation is not automatically
  41     added to an alignment, but any available structure annotation rows
  42     for the current selection or a particular sequence can be added via
  43     the <strong>Add Reference Annotation</strong> in the <strong>Selection</strong>
  44     and <strong>Sequence ID</strong> sub-menus of the Sequence ID
  45     Panel's popup menu.<br /> <em>Please note:</em>Protein structures
  46     are analysed <em>in situ</em>, but Jalview employs a web service to
  47     process RNA structures which can cause long delays if your internet
  48     connection is slow.
  49   </p>
  50   <p>
  51     The <a href="../menus/alwannotation.html"><em>Annotations</em>
  52       alignment menu</a> provides settings useful for controlling the
  53     display of secondary structure annotation.
  54   </p>
  55   <p>
  56     <strong>Shading sequences by associated structure
  57       annotation<br />
  58     </strong>The annotation colouring dialog (opened by the <strong>Colour&rarr;By
  59       Annotation</strong> option) allows sequences with associated secondary
  60     structure data to be shaded according to secondary structure type.
  61     Once the dialog is opened, select the <em>Per Sequence</em> option
  62     and then choose <em>Secondary structure</em> from the dropdown menu.<br />When
  63     colouring alignments by secondary structure, two modes can be
  64     employed. The default is to shade sequences with the same colour as
  65     the secondary structure glyph. If, however, <em>original
  66       colours</em> is selected and another colourscheme has already been
  67     applied, then only portions of the sequence with defined secondary
  68     structure will be shaded with the previously applied scheme.<br />
  69   </p>
  70   <p>
  71     <strong>Configuration options for processing PDB files<br /></strong>
  72     Occasionally, you may wish to disable secondary structure
  73     processing. Configuration options in the <strong>Structure</strong>
  74     tab in the <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog allow the
  75     processing of structure data to be disabled, or selectively enabled.
  76     For more information, take a look at the <a
  77       href="preferences.html#structure"
  78     >documentation for the structure panel</a>.
  79   </p>
  80   <p>
  81     <em>The display of secondary structure data was introduced in
  82       Jalview 2.8.2, and is made possible by Jalview's use of <a
  83       href="jmol.html"
  84     >Jmol's DSSP implementation</a>, based on the original <a
  85       href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6667333"
  86     >Kabsch and Sander algorithm</a> ported by <a
  87       href="http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/"
  88     >Robbie P. Joosten and colleagues</a>, and a client for <a
  89       href="https://github.com/fjossinet/PyRNA"
  90     >Fabrice Jossinet's pyRNA services</a> that was developed by Anne
  91       Menard, Jim Procter and Yann Ponty as part of the Jalview Summer
  92       of Code 2012.
  93     </em>
  94   </p>
  95 </body>
  96 </html>