help/html/freemarker_html_output/alignmentMenu.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <html><head>\r
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   5  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->\r
  23   <title>Alignment Window Menus</title>\r
  24 \r
  25   \r
  26 </head><body>\r
  27 <p> <strong>Alignment Window Menus x</strong> </p>\r
  28 \r
  29 <ul>\r
  30 \r
  31   <li><strong>File</strong>\r
  32     <ul>\r
  33       <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>\r
  34         <em>Shows a dialog window in which you can retrieve known ids\r
  35 from Uniprot, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using Web\r
  36 Services provided by the European Bioinformatics Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> </em>.</li>\r
  37       <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>\r
  38 Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;\r
  39 paste window </em> </li>\r
  40       <li><strong>Reload</strong><em><br>\r
  41 Reloads the alignment from the original file, if available.<br>\r
  42         <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and\r
  43 colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be\r
  44 undone.</strong> </em> </li>\r
  45       <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>\r
  46 Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in\r
  47 the same format, updating the original in place. </em> </li>\r
  48       <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>\r
  49         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection\r
  50 window will open, use the "Files of type:" selection box to determine\r
  51 which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em>\r
  52       </li>\r
  53       <li><strong>Output to Textbox<br>\r
  54         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a\r
  55 new window, which you can "Copy and Paste" using the pull down menu, or\r
  56 your standard operating system copy and paste keys. The output window\r
  57 also has a <strong>"New Window"</strong> button to import the\r
  58 (possibly edited) text as a new alignment.<br>\r
  59 Select the format of the text by selecting one of the following menu\r
  60 items.</em>\r
  61         <ul>
  62                         <li><strong>AMSA</strong> </li>
  63                 <li><strong>BLC</strong> </li>
  64                 <li><strong>CLUSTAL</strong> </li>
  65                 <li><strong>FASTA</strong> </li>
  66                 <li><strong>MSF</strong> </li>
  67                 <li><strong>PileUp</strong> </li>
  68                 <li><strong>PIR</strong> </li>
  69                 <li><strong>PHYLIP</strong> </li>
  70                 <li><strong>PFAM</strong> </li>
  71                 <li><strong>STH</strong> </li>
  72                 \r
  73           <!--<li><strong>FASTA</strong> <em></em> </li>\r
  74           <li><strong>MSF</strong> </li>\r
  75           <li><strong>CLUSTAL</strong> </li>\r
  76           <li><strong>BLC</strong> </li>\r
  77           <li><strong>PIR</strong> </li>\r
  78           <li><strong>PFAM</strong> </li> -->\r
  79         </ul>\r
  80       </li>\r
  81       <li><strong>Print (Control P)<br>\r
  82         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current\r
  83 fonts and colours of your alignment. If the alignment has annotations\r
  84 visible, these will be printed below the alignment. If the alignment is\r
  85 wrapped the number of residues per line of your alignment will depend\r
  86 on the paper width or your alignment window width, whichever is the\r
  87 smaller. </em> </li>\r
  88       <li><strong>Export Image</strong> <em><br>\r
  89 Creates an alignment graphic with the current view's annotation,\r
  90 alignment background colours and group colours. If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be\r
  91 wrapped and will have the same visible residue width as the open\r
  92 alignment. </em>\r
  93         <ul>\r
  94           <li><strong>HTML<br>\r
  95             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>\r
  96 from your alignment.</em> </li>\r
  97           <li><strong>EPS<br>\r
  98             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated\r
  99 Postscript</a> file from your alignment.</em> </li>\r
 100           <li><strong>PNG<br>\r
 101             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable\r
 102 Network Graphics</a> file from your alignment.</em> </li>\r
 103         </ul>\r
 104       </li>\r
 105       <li><strong>Export Features</strong><em><br>\r
 106 All features visible on the alignment can be saved to file or displayed\r
 107 in a textbox in either Jalview or GFF format</em> </li>\r
 108       <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>\r
 109 All annotations visible on the alignment can be saved to file or\r
 110 displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em> </li>\r
 111       <li><strong>Load Associated Tree<br>\r
 112         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in the\r
 113 Newick file format, and associate them with the alignment. Note: the\r
 114 ids of the tree file and your alignment MUST be the same.</em></li>\r
 115       <li><strong>Load Features / Annotations<br>\r
 116         </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>\r
 117       <li><strong>Close (Control W)</strong><br>\r
 118         <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your\r
 119 alignment before you close - either as a Jalview project or by using\r
 120 the <strong>Save As</strong> menu.</em> </li>\r
 121     </ul>\r
 122   </li>\r
 123   <li><strong>Edit</strong>\r
 124     <ul>\r
 125       <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>\r
 126 This will undo any edits you make to the alignment. This applies to\r
 127 insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the\r
 128 alignment or pasting sequences to the current alignment or sorting the\r
 129 alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes,\r
 130 adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. </em> </li>\r
 131       <li><strong>Redo (Control Y)<br>\r
 132         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using\r
 133 redo. </em> </li>\r
 134       <li><strong>Cut (Control X)<br>\r
 135         </strong><em>This will make a copy of the currently selected\r
 136 residues before removing them from your alignment. Click on a sequence\r
 137 name if you wish to select a whole sequence. <br>\r
 138 Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em> </li>\r
 139       <li><strong>Copy (Control C)</strong><br>\r
 140         <em>Copies the currently selected residues to the system\r
 141 clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C\r
 142 (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>\r
 143 If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will\r
 144 see the format of the copied residues FASTA.</em></li>\r
 145       <li><strong>Paste </strong>\r
 146         <ul>\r
 147           <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>\r
 148             </strong><em>A new alignment window will be created from\r
 149 sequences previously copied or cut to the system clipboard. <br>\r
 150 Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and\r
 151 &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.</em> </li>\r
 152           <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>\r
 153             </strong><em>Copied sequences from another alignment window\r
 154 can be added to the current Jalview alignment. </em> </li>\r
 155         </ul>\r
 156       </li>\r
 157       <li><strong>Delete (Backspace)<br>\r
 158         </strong><em>This will delete the currently selected residues\r
 159 without copying them to the clipboard. Like the other edit operations,\r
 160 this can be undone with <strong>Undo</strong>.</em> </li>\r
 161       <li><strong>Remove Left (Control L)<br>\r
 162         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment\r
 163 will be trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a\r
 164 column, mouse click the scale bar above the alignment. Click again to\r
 165 unmark a column, or select "Deselect All" to deselect all columns.</em></li>\r
 166       <li><strong>Remove Right (Control R)<br>\r
 167         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment\r
 168 will be trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a\r
 169 column, mouse click the scale bar above the alignment. Click again to\r
 170 unmark a column, or select "Deselect All" to deselect all columns.</em></li>\r
 171       <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>\r
 172         </strong><em>All columns which only contain gap characters\r
 173 ("-", ".") will be deleted.<br>\r
 174 You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em> </li>\r
 175       <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>\r
 176         <em>Gap characters ("-", ".") will be deleted from the selected\r
 177 area of the alignment. If no selection is made, ALL the gaps in the\r
 178 alignment will be removed.<br>\r
 179 You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em> </li>\r
 180       <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>\r
 181         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking\r
 182 you to select a threshold. If the percentage identity between any two\r
 183 sequences (under the current alignment) exceeds this value then one of\r
 184 the sequences (the shorter) is discarded. Press the "Apply" button to\r
 185 remove redundant sequences. The "Undo" button will undo the last\r
 186 redundancy deletion.</em> </li>\r
 187       <li><strong>Pad Gaps<br>\r
 188         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at\r
 189 minimal width (so there no empty columns before or after the first or\r
 190 last aligned residue) and all sequences will be padded with gap\r
 191 characters to the before and after their terminating residues.<br>\r
 192 This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and\r
 193 when working with alignment analysis programs which require 'properly\r
 194 aligned sequences' to be all the same length.<br>\r
 195 You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em> </li>\r
 196     </ul>\r
 197   </li>\r
 198   <li><strong>Select</strong>\r
 199     <ul>\r
 200       <li><strong><a href="../features/search.html">Find... (Control F)</a>\r
 201         </strong><em><br>\r
 202 Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or\r
 203 residue position within the alignment and create new sequence features\r
 204 from the queries. </em> </li>\r
 205       <li><strong>Select All (Control A)<br>\r
 206         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the\r
 207 alignment. <br>\r
 208 Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></li>\r
 209       <li><strong>Deselect All (Escape)<br>\r
 210         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box)\r
 211 from the alignment window. All selected sequences, residues and marked\r
 212 columns will be deselected. </em><em> <br>\r
 213 Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>\r
 214       <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>\r
 215         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will\r
 216 replace the current selection. </em> </li>\r
 217       <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>\r
 218         </strong><em>Any columns currently not selected will replace\r
 219 the current column selection. </em> </li>\r
 220       <li><strong>Create Group (Control G)<br>\r
 221         </strong> <em>Create a group containing the currently selected\r
 222 sequences.</em></li>\r
 223       <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br>\r
 224         </strong> <em>Ungroup the currently selected sequence group.\r
 225 (Create/Remove group new in Jalview 2.8.1)</em></li>\r
 226       <li><strong>Make Groups for selection<br>\r
 227         </strong> <em>The currently selected groups of the alignment\r
 228 will be subdivided according to the contents of the currently selected\r
 229 region. <br>\r
 230 Use this to subdivide an alignment based on the different combinations\r
 231 of residues observed at specific positions. (new in jalview 2.5)</em> </li>\r
 232       <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>\r
 233         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>\r
 234         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em> </li>\r
 235     </ul>\r
 236   </li>\r
 237   <li><strong>View</strong>\r
 238     <ul>\r
 239       <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>\r
 240 Creates a new view from the current alignment view. </em> </li>\r
 241       <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>\r
 242 Display each view associated with the alignment in its own alignment\r
 243 window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em> </li>\r
 244       <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>\r
 245 Each view associated with the alignment will be displayed within its\r
 246 own tab on the current alignment window. </em> </li>\r
 247       <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns)</strong><em><br>\r
 248 All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be\r
 249 revealed. </em> </li>\r
 250       <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All\r
 251 but Selected Region )</strong><em><br>\r
 252 Hides the all the currently selected Columns / Sequences / Region or\r
 253 everything but the selected Region.</em> </li>\r
 254       <li><strong>Automatic Scrolling<br>\r
 255         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll\r
 256 to display the highlighted sequence position corresponding to the\r
 257 position under the mouse pointer in a linked alignment or structure\r
 258 view.</em></li>\r
 259       <li><strong>Show Annotations<br>\r
 260         </strong><em>If this is selected the "Annotation Panel" will be\r
 261 displayed below the alignment. The default setting is to display the\r
 262 conservation calculation, quality calculation and consensus values as\r
 263 bar charts. </em> </li>\r
 264       <li><strong>Autocalculated Annotation<br>\r
 265         </strong><em>Settings for the display of autocalculated\r
 266 annotation.</em>\r
 267         <ul>\r
 268           <li><strong>Apply to all groups<br>\r
 269             </strong><em> When ticked, any modification to the current\r
 270 settings will be applied to all autocalculated annotation.</em></li>\r
 271           <li><strong>Show Consensus Histogram<br>\r
 272             </strong><em> Enable or disable the display of the\r
 273 histogram above the consensus sequence.</em></li>\r
 274           <li><strong>Show Consensus Logo<br>\r
 275             </strong><em> Enable or disable the display of the\r
 276 Consensus Logo above the consensus sequence.</em></li>\r
 277           <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>\r
 278             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the\r
 279 same height, making it easier to compare symbol diversity in highly\r
 280 variable regions.</em></li>\r
 281           <li><strong>Group Conservation<br>\r
 282             </strong><em> When ticked, display a conservation row for\r
 283 all groups (only available for protein alignments).</em></li>\r
 284           <li><strong>Apply to all groups<br>\r
 285             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all\r
 286 groups.</em></li>\r
 287         </ul>\r
 288       </li>\r
 289       <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>\r
 290         <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em> </li>\r
 291       <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence\r
 292 Feature Settings...</a> </strong><em><br>\r
 293         <em>Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control\r
 294 the colour and display of sequence features on the alignment, and\r
 295 configure and retrieve features from DAS annotation servers.</em> </em></li>\r
 296       <em> </em>\r
 297       <li><em><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application\r
 298 only) <br>\r
 299 This submenu's options allow the inclusion or exclusion of\r
 300 non-positional sequence features or database cross references from the\r
 301 tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em> </em></li>\r
 302       <em> </em>\r
 303       <li><em><strong>Alignment Properties...<br>\r
 304         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the\r
 305 current alignment view and any named properties defined on the whole\r
 306 alignment.</em> </em></li>\r
 307       <em> </em>\r
 308       <li><em><strong><a href="../features/overview.html">Overview\r
 309 Window</a><br>\r
 310         </strong><em>A scaled version of the alignment will be\r
 311 displayed in a small window. A red box will indicate the currently\r
 312 visible area of the alignment. Move the visible region using the mouse.\r
 313         </em> </em></li>\r
 314       <em> </em>\r
 315     </ul>\r
 316   </li>\r
 317   <em> </em>\r
 318   <li><em><strong>Alignment Window Format Menu</strong> </em>\r
 319     <ul>\r
 320       <em> </em>\r
 321       <li><em><strong>Font...<br>\r
 322         </strong><em>Opens the "Choose Font" dialog box, in order to\r
 323 change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'\r
 324 (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></em></li>\r
 325       <em> </em>\r
 326       <li><em><strong>Wrap<br>\r
 327         </strong><em>When ticked, the alignment display is "<a href="../features/wrap.html">wrapped</a>" to the width of the\r
 328 alignment window. This is useful if your alignment has only a few\r
 329 sequences to view its full width at once.</em><br>\r
 330 Additional options for display of sequence numbering and scales are\r
 331 also visible in wrapped layout mode:<br>\r
 332         </em>\r
 333         <ul>\r
 334           <em> </em>\r
 335           <li><em><strong>Scale Above</strong><br>\r
 336             <em> Show the alignment column position scale.</em></em></li>\r
 337           <em> </em>\r
 338           <li><em><strong>Scale Left</strong><br>\r
 339             <em> Show the sequence position for the first aligned\r
 340 residue in each row in the left column of the alignment.</em></em></li>\r
 341           <em> </em>\r
 342           <li><em><strong>Scale Right</strong><br>\r
 343             <em> Show the sequence position for the last aligned\r
 344 residue in each row in the right-most column of the alignment.</em></em></li>\r
 345           <em> </em>\r
 346           <li><em><strong>Show Sequence Limits<br>\r
 347             </strong><em>If this box is selected the sequence name will\r
 348 have the start and end position of the sequence appended to the name,\r
 349 in the format NAME/START-END</em> </em></li>\r
 350           <em> </em>\r
 351           <li><em><strong>Right Align Sequence ID<br>\r
 352             </strong><em>If this box is selected then the sequence\r
 353 names displayed in the sequence label area will be aligned against the\r
 354 left-hand edge of the alignment display, rather than the left-hand edge\r
 355 of the alignment window. </em></em></li>\r
 356           <em><em> </em></em>\r
 357           <li><em><em><strong>Show Hidden Markers<br>\r
 358             </strong><em>When this box is selected, positions in the\r
 359 alignment where rows and columns are hidden will be marked by blue\r
 360 arrows. </em></em></em></li>\r
 361           <em><em><em> </em></em></em>\r
 362           <li><em><em><em><strong>Boxes</strong><em><br>\r
 363 If this is selected the background of a residue will be coloured using\r
 364 the selected background colour. Useful if used in conjunction with\r
 365 "Colour Text." </em> </em></em></em></li>\r
 366           <em><em><em> </em></em></em>\r
 367           <li><em><em><em><strong>Text<br>\r
 368             </strong><em>If this is selected the residues will be\r
 369 displayed using the standard 1 character amino acid alphabet.</em> </em></em></em></li>\r
 370           <em><em><em> </em></em></em>\r
 371           <li><em><em><em><strong>Colour Text<br>\r
 372             </strong><em>If this is selected the residues will be\r
 373 coloured according to the background colour associated with that\r
 374 residue. The colour is slightly darker than background so the amino\r
 375 acid symbol remains visible. </em> </em></em></em></li>\r
 376           <em><em><em> </em></em></em>\r
 377           <li><em><em><em><strong>Show Gaps<br>\r
 378             </strong><em>When this is selected, gap characters will be\r
 379 displayed as "." or "-". If unselected, then gap characters will appear\r
 380 as blank spaces. <br>\r
 381 You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em> </em></em></em></li>\r
 382           <em><em><em> </em></em></em>\r
 383           <li><em><em><em><strong>Centre Annotation Labels<br>\r
 384             </strong><em>Select this to center labels along an\r
 385 annotation row relative to their associated column (default is off,\r
 386 i.e. left-justified).</em> </em></em></em></li>\r
 387           <em><em><em> </em></em></em>\r
 388           <li><em><em><em><strong>Show Unconserved<br>\r
 389             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence\r
 390 symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations in highly\r
 391 conserved alignments. </em> </em></em></em></li>\r
 392           <em><em><em> </em></em></em>\r
 393         </ul>\r
 394       </li>\r
 395       <em><em><em> </em></em></em>\r
 396     </ul>\r
 397     <em><em><em> </em></em></em></li>\r
 398   <em><em><em> </em></em></em>\r
 399 </ul>\r
 400 \r
 401 <em><em><em> </em></em></em>\r
 402 <li><em><em><em><strong>Colour</strong> </em></em></em>\r
 403   <ul>\r
 404     <em><em><em> </em></em></em>\r
 405     <li><em><em><em><strong>Apply Colour To All Groups<br>\r
 406       </strong><em>If this is selected, any changes made to the\r
 407 background colour will be applied to all currently defined groups.<br>\r
 408       </em> </em></em></em></li>\r
 409     <em><em><em> </em></em></em>\r
 410     <li><em><em><em><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour\r
 411 Text...</a> </strong><em><br>\r
 412 Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for\r
 413 light and dark background, and the intensity threshold for transition\r
 414 between them. </em> </em></em></em></li>\r
 415     <em><em><em> </em></em></em>\r
 416     <li><em><em><em>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,\r
 417 Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity,\r
 418 Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried Index,\r
 419 Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>\r
 420       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>\r
 421 for a description of all colour schemes.</em><br>\r
 422       </em></em></em></li>\r
 423     <em><em><em> </em></em></em>\r
 424     <li><em><em><em><strong>By Conservation<br>\r
 425       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring\r
 426 by Conservation</a>.</em><br>\r
 427       </em></em></em></li>\r
 428     <em><em><em> </em></em></em>\r
 429     <li><em><em><em><strong>Modify Conservation Threshold<br>\r
 430       </strong><em>Use this to display the conservation threshold\r
 431 slider window. Useful if the window has been closed, or if the 'by\r
 432 conservation' option appears to be doing nothing!</em><br>\r
 433       </em></em></em></li>\r
 434     <em><em><em> </em></em></em>\r
 435     <li><em><em><em><strong>Above Identity Threshold<br>\r
 436       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above\r
 437 Percentage Identity</a> </em><strong>.<br>\r
 438       </strong> </em></em></em></li>\r
 439     <em><em><em> </em></em></em>\r
 440     <li><em><em><em><strong>Modify Identity Threshold<br>\r
 441       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring\r
 442 above Identity. Useful if the window has been closed.<br>\r
 443       </em> </em></em></em></li>\r
 444     <em><em><em> </em></em></em>\r
 445     <li><em><em><em><strong>By Annotation</strong><br>\r
 446       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified\r
 447 annotation. See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation\r
 448 Colouring</a>.</em><br>\r
 449       </em></em></em></li>\r
 450     <em><em><em> </em></em></em>\r
 451     <li><em><em><em><strong>By RNA Helices</strong><br>\r
 452       <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a\r
 453 Stockholm file. See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA\r
 454 Helices Colouring</a>.</em><br>\r
 455       </em></em></em></li>\r
 456     <em><em><em> </em></em></em>\r
 457   </ul>\r
 458 </li>\r
 459 \r
 460 <em><em><em> </em></em></em>\r
 461 <li><em><em><em><strong>Calculate</strong> </em></em></em>\r
 462   <ul>\r
 463     <em><em><em> </em></em></em>\r
 464     <li><em><em><em><strong>Sort </strong> </em></em></em>\r
 465       <ul>\r
 466         <em><em><em> </em></em></em>\r
 467         <li><em><em><em><strong>by ID</strong><em><br>\r
 468 This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is\r
 469 repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em> </em></em></em></li>\r
 470         <em><em><em> </em></em></em>\r
 471         <li><em><em><em><strong>by Length</strong><em><br>\r
 472 This will sort the sequences according to their length (excluding gap\r
 473 characters). If the sort is repeated, the order of the sorted sequences\r
 474 will be inverted. </em></em></em></em></li>\r
 475         <em><em><em> </em></em></em>\r
 476         <li><em><em><em><strong>by Group</strong><strong><br>\r
 477           </strong><em>This will sort the sequences according to\r
 478 sequence name. If the sort is repeated, the order of the sorted\r
 479 sequences will be inverted. </em><strong></strong></em></em></em></li>\r
 480         <em><em><em> </em></em></em>\r
 481         <li><em><em><em><strong>by Pairwise Identity<br>\r
 482           </strong><em>This will sort the selected sequences by their\r
 483 percentage identity to the consensus sequence. The most similar\r
 484 sequence is put at the top. </em></em></em></em></li>\r
 485         <em><em><em> </em></em></em>\r
 486         <li><em><em><em><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort\r
 487 menu</a> will have some additional options if you have just done a\r
 488 multiple alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>\r
 489           </em></em></em></li>\r
 490         <em><em><em> </em></em></em>\r
 491       </ul>\r
 492       <em><em><em> </em></em></em></li>\r
 493     <em><em><em> </em></em></em>\r
 494     <li><em><em><em><strong>Calculate Tree </strong> <br>\r
 495       <em>Functions for calculating trees on the alignment or the\r
 496 currently selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating\r
 497 trees</a>.</em> </em></em></em>\r
 498       <ul>\r
 499         <em><em><em> </em></em></em>\r
 500         <li><em><em><em><strong>Average Distance Using % Identity</strong></em></em></em></li>\r
 501         <em><em><em> </em></em></em>\r
 502         <li><em><em><em><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></em></em></em></li>\r
 503         <em><em><em> </em></em></em>\r
 504         <li><em><em><em><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></em></em></em></li>\r
 505         <em><em><em> </em></em></em>\r
 506         <li><em><em><em><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>\r
 507           </strong></em></em></em></li>\r
 508         <em><em><em> </em></em></em>\r
 509       </ul>\r
 510       <em><em><em> <strong>Note: Since Version 2.8.1, a number of\r
 511 additional similarity measures for tree calculation are provided in\r
 512 this menu.</strong> </em></em></em></li>\r
 513     <em><em><em> </em></em></em>\r
 514     <li><em><em><em><strong>Pairwise Alignments</strong><br>\r
 515       <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences.\r
 516 See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>\r
 517       </em></em></em></li>\r
 518     <em><em><em> </em></em></em>\r
 519     <li><em><em><em><strong>Principal Component Analysis</strong><br>\r
 520       <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on\r
 521 similarity scores calculated with the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em>\r
 522       <br>\r
 523       </em></em></em></li>\r
 524     <em><em><em> </em></em></em>\r
 525     <li><em><em><em><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>\r
 526       <em>This option is only visible if Jalview detects one or more\r
 527 white-space separated values in the description line of the alignment\r
 528 sequences.<br>\r
 529 When selected, these numbers are parsed into sequence associated\r
 530 annotation which can then be used to sort the alignment via the Sort\r
 531 by&#8594;Score menu.</em> <br>\r
 532       </em></em></em></li>\r
 533     <em><em><em> </em></em></em>\r
 534     <li><em><em><em><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>\r
 535       <em>For large alignments it can be useful to deselect\r
 536 "Autocalculate Consensus" when editing. This prevents the sometimes\r
 537 lengthy calculations performed after each sequence edit.</em> <br>\r
 538       </em></em></em></li>\r
 539     <em><em><em> </em></em></em>\r
 540     <li><em><em><em><strong>Sort With New Tree</strong><br>\r
 541       <em>When enabled, Jalview will automatically sort the alignment\r
 542 when a new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br>\r
 543       </em></em></em></li>\r
 544     <em><em><em> </em></em></em>\r
 545     <li><em><em><em><strong>Show Flanking Regions</strong><br>\r
 546       <em>Opens a new alignment window showing any additional sequence\r
 547 data either side of the current alignment. Useful in conjunction with\r
 548 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved Sequences' option\r
 549 is disabled to retrieve full length sequences for a set of aligned\r
 550 peptides. </em></em></em></em></li>\r
 551     <em><em><em> </em></em></em>\r
 552   </ul>\r
 553 </li>\r
 554 \r
 555 <em><em><em> </em></em></em>\r
 556 <li><em><em><em><strong>Web Service Menu</strong><br>\r
 557   <em>This menu is dynamic, and may contain user-defined web service\r
 558 entries in addition to any of the following ones:</em> </em></em></em>\r
 559   <ul>\r
 560     <em><em><em> </em></em></em>\r
 561     <li><em><em><em><strong>Fetch DB References</strong><br>\r
 562       <em>This submenu contains options for accessing any of the\r
 563 database services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers\r
 564 and the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify sequence\r
 565 start/end positions and retrieve all database cross references and PDB\r
 566 ids associated with all or just the selected sequences in the\r
 567 alignment. </em></em></em></em>\r
 568       <ul>\r
 569         <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 570         <li><em><em><em><em>'Trim Retrieved Sequences' - when checked,\r
 571 Jalview will discard any additional sequence data for accessions\r
 572 associated with sequences in the alignment. <br>\r
 573           <strong>Note: Disabling this could cause out of memory errors\r
 574 when working with genomic sequence records !</strong><br>\r
 575           <strong>Added in Jalview 2.8.1</strong> </em></em></em></em></li>\r
 576         <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 577         <li><em><em><em><em>'Standard Databases' will check sequences\r
 578 against the EBI databases plus any active DAS sequence sources&lt;</em></em></em></em></li>\r
 579         <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 580       </ul>\r
 581       <em><em><em><em> Other sub-menus allow you to pick a specific\r
 582 source to query - sources are listed alphabetically according to their\r
 583 nickname. </em><br>\r
 584       </em></em></em></li>\r
 585     <em><em><em> </em></em></em>\r
 586   </ul>\r
 587   <em><em><em> </em></em></em>\r
 588   <p><em><em><em>Selecting items from the following submenus will start\r
 589 a remote service on compute facilities at the University of Dundee, or\r
 590 elsewhere. You need a continuous network connection in order to use\r
 591 these services through Jalview. </em></em></em></p>\r
 592   <em><em><em> </em></em></em>\r
 593   <ul>\r
 594     <em><em><em> </em></em></em>\r
 595     <li><em><em><em><strong>Alignment</strong><br>\r
 596       <em> Align the currently selected sequences or all sequences in\r
 597 the alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned\r
 598 sequences. Entries in this menu provide access to the various alignment\r
 599 programs supported by <a href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>.\r
 600 See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence\r
 601 Alignment webservice client</a> entry for more information.</em></em></em></em></li>\r
 602     <em><em><em> </em></em></em>\r
 603     <li><em><em><em><strong>Secondary Structure Prediction</strong> </em></em></em>\r
 604       <ul>\r
 605         <em><em><em> </em></em></em>\r
 606         <li><em><em><em><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>\r
 607           <em>Secondary structure prediction by network consensus. See\r
 608 the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred3</a> client entry for\r
 609 more information. The behaviour of this calculation depends on the\r
 610 current selection: </em></em></em></em>\r
 611           <ul>\r
 612             <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 613             <li><em><em><em><em>If nothing is selected, and the\r
 614 displayed sequences appear to be aligned, then a JNet prediction will\r
 615 be run for the first sequence in the alignment, using the current\r
 616 alignment. Otherwise the first sequence will be submitted for\r
 617 prediction.</em></em></em></em></li>\r
 618             <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 619             <li><em><em><em><em>If just one sequence (or a region on\r
 620 one sequence) has been selected, it will be submitted to the automatic\r
 621 JNet prediction server for homolog detection and prediction.</em></em></em></em></li>\r
 622             <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 623             <li><em><em><em><em>If a set of sequences are selected, and\r
 624 they appear to be aligned, then the alignment will be used for a Jnet\r
 625 prediction on the <strong>first</strong> sequence in the set (that is,\r
 626 the one that appears first in the alignment window). </em></em></em></em></li>\r
 627             <em><em><em><em> </em></em></em></em>\r
 628           </ul>\r
 629           <em><em><em><em> </em> </em></em></em></li>\r
 630       </ul>\r
 631     </li>\r
 632     <em><em><em> </em></em></em>\r
 633     <li><em><em><em><strong>Analysis</strong><br>\r
 634       </em></em></em>\r
 635       <ul>\r
 636         <em><em><em> </em></em></em>\r
 637         <li><em><em><em><strong>Multi-Harmony</strong><br>\r
 638           <em>Performs functional residue analysis on a protein family\r
 639 alignment with sub-families defined on it. See the <a href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony service</a> entry for\r
 640 more information.</em> </em></em></em></li>\r
 641         <em><em><em> </em></em></em>\r
 642       </ul>\r
 643     </li>\r
 644     <em><em><em> </em></em></em>\r
 645   </ul>\r
 646 </li>\r
 647 \r
 648 <em><em><em> </em></em></em>\r
 649 </body></html>