help/html/index.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Home Page</title></head>
  37
  38 <body>
  39 <IMG src="align.jpg"><font size="4">
  40 <br><br>
  41 <strong>Jalview Documentation</strong></font>
  42 <br><br>
  43 Jalview (2009) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It
  44 features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,
  45 for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is
  46 fully interactive. (View the <a href="http://www.jalview.org">Jalview homepage</a>).
  47 <p></p>
  48 <p> If you use Jalview in your work, please cite the Jalview 2 paper in Bioinformatics: </p>
  49 <p>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M., Barton, G.J (2009), <br>
  50    &quot;Jalview version 2: A Multiple Sequence Alignment and Analysis Workbench,&quot;<br>
  51    <em>Bioinformatics</em> <strong>25</strong> (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
  52 </body>
  53 </html>