help/html/index.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Jalview Documentation</title></head>
  20
  21 <body>
  22 <IMG src="align.jpg"><font size="4">
  23 <br><br>
  24 <strong>Jalview Documentation</strong></font>
  25 <br><br>
  26 Jalview (2009) is a fast Java multiple alignment editor and analysis tool. It
  27 features many of the functions of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Amas/amas.html">AMAS</a>,
  28 for the analysis of sub-families and the prediction of functional sites, but is
  29 fully interactive. (View the <a href="http://www.jalview.org">Jalview homepage</a> at www.jalview.org).
  30 <p></p>
  31 <p> If you use Jalview in your work, please cite the Jalview 2 paper in Bioinformatics: </p>
  32 <p>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M., Barton, G.J (2009), <br>
  33    &quot;Jalview version 2: A Multiple Sequence Alignment and Analysis Workbench,&quot;<br>
  34    <em>Bioinformatics</em> <strong>25</strong> (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
  35 </body>
  36 </html>