help/html/io/export.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Exporting alignments as artwork</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Exporting alignments as graphics and lineart<a
  28       name="export"></a></strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     The alignment view can be printed using <strong>File&#8594;Print</strong>,
  32     or exported in a number of ways via the <strong>File&#8594;Export</strong>
  33     menu:
  34   <ul>
  35     <li>HTML<br> <em>for viewing in a web browser</em>
  36     </li>
  37     <li>PNG - a Portable Networks Graphics image<br> <em>For
  38         low quality diagrams and powerpoint presentations</em>
  39     </li>
  40     <li>EPS - an Encapsulated Postscript Document<br> <em>For
  41         high quality diagrams and publications.</em>
  42     <li>SVG - a Scalable Vector Graphics document<br> <em>For
  43         high quality diagrams in publications and on the web.</em>
  44     </li>
  45     <li>BioJS MSA - A JavaScript based multiple sequence alignment
  46       viewer. <br> <em>For interactive alignment data
  47         visualisation in a web browser.<br />Get more info about the
  48         BioJS MSA viewer at <a href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>
  49     </em>
  50     </li>
  51
  52   </ul>
  53   <a name="htmlexport" />
  54   <p>
  55     <strong>Exporting alignments as Web Pages</strong>
  56   <p>
  57     In Jalview 2.9, new HTML exporting options were introduced. The
  58     standard HTML export option displays alignments as SVG documents
  59     embedded as scrollable panes. Exported pages can optionally also
  60     include <a href="../features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a> data,
  61     which allows Jalview to extract the original data used to create the
  62     page. Jalview can also generate HTML pages which embed BioJSON data
  63     and the BioJS MSA viewer, a pure javascript alignment viewer that
  64     provides a range of interactive analysis capabilities.
  65   </p>
  66   <p>
  67   <p>
  68     <strong>Tips for working with EPS Files</strong>
  69   </p>
  70   <li>The EPS file generated by Jalview contains vector graphics
  71     which are directly editable in graphics applications such as Adobe
  72     Illustrator.</li>
  73   <li>EPS files can be produced as &quot;Text&quot; or
  74     &quot;Lineart&quot;. Use &quot;Text&quot; if you want the final
  75     document to be MUCH smaller in diskspace and be able to search, edit
  76     and select text. Use &quot;Lineart&quot; if you want an exact image
  77     of the alignment as displayed in Jalview. This is useful if a 3rd
  78     Party EPS viewer does not have the same Font which the EPS file was
  79     created with.</li>
  80   <li>When importing an EPS file into a Microsoft office document,
  81     a snapshot image of the file will be displayed which often looks
  82     blurred. Right-click the image and choose &quot;Edit image.&quot; to
  83     convert it to word drawing objects which give a truer WYSIWIG
  84     representation.</li>
  85   <li>Mac OSX users will find that eps files are automatically
  86     converted into PDF files.</li>
  87   </p>
  88 </body>
  89 </html>