help/html/io/exportseqreport.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Viewing and exporting sequence annotation reports</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Viewing and exporting sequence annotation reports</strong> <br />
  28     Much of the information retrieved by Jalview about a sequence is
  29     visualized on the alignment. Often, however, there are a huge number
  30     of ontology terms, cross-references, links to publications and other
  31     kinds of data shown in the sequence ID tooltip that cannot be
  32     examined. In this case, you can view and export the information
  33     shown in a sequence's ID tooltip by right-clicking and selecting the
  34     <strong>&quot;<em>(sequence's name)</em></em>&rarr;Sequence
  35       Details ...&quot;
  36     </strong> entry from the <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.
  37   </p>
  38   <p>
  39     <strong>Annotation Reports for a range of sequences</strong><br />
  40     If you would like to view the tooltips for a number of sequences,
  41     simply select them all and then use the <strong>Selection&rarr;Sequence
  42       Details ...</strong> entry in the <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  43       menu</a>.
  44   </p>
  45   <img src="seqreport.gif"
  46     alt="Sequence Annotation is displayed as HTML in a report window"
  47   />
  48   <p>
  49     <strong>Copying and pasting annotation to other programs</strong><br>
  50     The <strong>File&rarr;Save</strong> option in the sequence
  51     annotation report window allows the report to be saved as HTML,
  52     which will preserve links and any other metadata. It is also
  53     possible to copy and paste the text to other programs, but in some
  54     cases, the HTML will not be preserved. In that case, you can toggle
  55     the display of HTML source code with the <strong>Edit&rarr;Show
  56       HTML Source</strong> drop down menu entry.
  57   </p>
  58 </body>
  59 </html>