help/html/io/fileformats.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Alignment Fileformats</title>
  21 <style type="text/css">
  22 <!--
  23 td {
  24         text-align: center;
  25 }
  26 -->
  27 </style>
  28 </head>
  29 <body>
  30
  31 <p><strong>Alignment Fileformats</strong>
  32 <p>Jalview understands a wide range of sequence alignment formats. In
  33 order to determine which format has been used for an alignment,
  34 jalview tries to detect some text or formatting unique to one of the formats:
  35 </p>
  36 <table width="100%" border="1">
  37 <tr><td width="17%">Format</td>
  38 <td width="60%">Unique File Feature</td>
  39 <td width="23%">File Extension</td>
  40 <tr>
  41 <td width="17%">FASTA</td>
  42 <td width="60%">&gt;SequenceName<br>
  43 THISISASEQENCE<br></td>
  44 <td width="23%">.fa, .fasta</td>
  45 </tr><tr><td width="17%">MSF</td>
  46 <td width="60%">!! AA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0<br>
  47 <em>..</em><br>
  48 //<br></td>
  49 <td width="23%">.msf</td>
  50 </tr><tr><td width="17%">CLUSTALW</td>
  51 <td width="60%">CLUSTAL</td>
  52 <td width="23%">.aln</td>
  53 </tr><tr><td width="17%">PILEUP</td>
  54 <td width="60%">PileUp</td>
  55 <td width="23%"></td>
  56 </tr><tr><td width="17%">PIR</td>
  57 <td width="60%">&gt;P1;</td>
  58 <td width="23%">.pir</td>
  59 </tr><tr><td width="17%">BLC</td>
  60 <td width="60%">&gt;Seq1<br>
  61 &gt;Seq2</td>
  62 <td width="23%">.blc</td>
  63 </tr><tr><td width="17%">PFAM</td>
  64 <td width="60%">SequenceName THISISASEQENCE</td>
  65 <td width="23%">.pfam</td>
  66 </tr><tr>
  67 <td width="17%">Stockholm</td>
  68 <td width="60%"># STOCKHOLM VersionNumber<br>
  69 <em>...</em><br>//</td>
  70 <td width="23%">.stk, .sto</td>
  71 </tr>
  72 </table>
  73 <p>The file extensions are used to associate jalview alignment icons
  74 with alignment files: <img src="file.png" width=12 height=12 >
  75 </p>
  76 </body>
  77 </html>