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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Input/Output</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Input</strong></p>
  25 <p>Jalview can read alignment files in any of the following standard
  26 formats:</p>
  27 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  28 NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em></p>
  29 <p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a>
  30 of these file formats.</p>
  31 <p>Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
  32 trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  33 (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load Project</strong>.</p>
  34 <p>Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use
  35 the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in
  36 alignments from:</p>
  37 <ul>
  38         <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
  39         <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>
  40         <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
  41         &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
  42 </ul>
  43 <p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using
  44 some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is of
  45 an unknown format or there is any other error reading the alignment file
  46 then you will be given an error message. If you think Jalview really
  47 should be able to read your file, then send an email containing the
  48 problem file to help@jalview.org.</p>
  49 <p>Jalview can also read jalview specific files for <a
  50         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> and <a
  51         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotation</a>.</p>
  52 <p><strong>Output</strong></p>
  53 <p>Each alignment, whether it is the original or an edited version
  54 may be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
  55 As</strong></p>
  56 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  57 NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>
  58 Jalview will by default append the sequence start and end to each
  59 sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
  60 behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot; tab
  61 on the
  62 <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
  63 window where you can select which file formats you want to append the
  64 start and end sequence positions for. In the case of PIR format, the
  65 output tab also contains a switch for turning on the output of Modeller
  66 style structured description lines.
  67 <p>Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
  68 annotation</a> can be exported as a comma separated value file by right
  69 clicking on an annotation row under the alignment.</p>
  70 <p>You can also save the current set of alignments and their
  71 colours, annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
  72 project</strong>.</p>
  73 <p>&nbsp;</p>
  74 </body>
  75 </html>