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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
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  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Input/Output</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Input</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview can read alignment files in any of the following
  30     standard formats:</p>
  31   <p>
  32     <em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  33       NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em>
  34   </p>
  35   <p>
  36     The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a>
  37     of these file formats.
  38   </p>
  39   <p>
  40     Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
  41     trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  42       (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load
  43       Project</strong>.
  44   </p>
  45   <p>
  46     Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use the <strong>Desktop&#8594;Input
  47       Alignment</strong> menu to read in alignments from:
  48   </p>
  49   <ul>
  50     <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
  51     <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full
  52       url)</li>
  53     <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
  54       &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
  55   </ul>
  56   <p>
  57     Jalview will try to recognise the file type automatically (using
  58     some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is
  59     of an unknown format or there is any other error reading the
  60     alignment file then you will be given an error message. If you think
  61     Jalview really should be able to read your file, then send an email
  62     containing the problem file to help@jalview.org.
  63   </p>
  64   <p>
  65     Jalview can also read Jalview specific files for <a
  66       href="../features/featuresFormat.html"
  67     >sequence features</a> and <a
  68       href="../features/annotationsFormat.html"
  69     >alignment annotation</a>.
  70   </p>
  71   <p>
  72     <strong>Output</strong>
  73   </p>
  74   <p>
  75     Each alignment, whether it is the original or an edited version may
  76     be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
  77       As</strong>
  78   </p>
  79   <p>
  80     <em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  81       NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em>
  82   </p>
  83   Jalview will by default append the sequence start and end to each
  84   sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
  85   behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot;
  86   tab on the
  87   <a href="../features/preferences.html">Preferences</a> window where
  88   you can select which file formats you want to append the start and end
  89   sequence positions for. In the case of PIR format, the output tab also
  90   contains a switch for turning on the output of Modeller style
  91   structured description lines.
  92   <p>
  93     Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
  94       annotation</a> can be exported as a comma separated value file by
  95     right clicking on an annotation row under the alignment.
  96   </p>
  97   <p>
  98     You can also save the current set of alignments and their colours,
  99     annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
 100       project</strong>.<br>The project data includes the state of any open
 101     structure viewers (Jmol, and <em>since Jalview 2.9</em> also Chimera
 102     and Varna).
 103   </p>
 104   <p>&nbsp;</p>
 105 </body>
 106 </html>