help/html/io/index.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Input/Output</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Input</strong></p>
  41 <p>Jalview can read alignment files in any of the following standard
  42 formats:</p>
  43 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  44 NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em></p>
  45 <p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a>
  46 of these file formats.</p>
  47 <p>Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
  48 trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  49 (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load Project</strong>.</p>
  50 <p>Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use
  51 the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in
  52 alignments from:</p>
  53 <ul>
  54         <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
  55         <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>
  56         <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
  57         &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
  58 </ul>
  59 <p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using
  60 some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is of
  61 an unknown format or there is any other error reading the alignment file
  62 then you will be given an error message. If you think Jalview really
  63 should be able to read your file, then send an email containing the
  64 problem file to help@jalview.org.</p>
  65 <p>Jalview can also read jalview specific files for <a
  66         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> and <a
  67         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotation</a>.</p>
  68 <p><strong>Output</strong></p>
  69 <p>Each alignment, whether it is the original or an edited version
  70 may be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
  71 As</strong></p>
  72 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  73 NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>
  74 Jalview will by default append the sequence start and end to each
  75 sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
  76 behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot; tab
  77 on the
  78 <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
  79 window where you can select which file formats you want to append the
  80 start and end sequence positions for. In the case of PIR format, the
  81 output tab also contains a switch for turning on the output of Modeller
  82 style structured description lines.
  83 <p>Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
  84 annotation</a> can be exported as a comma separated value file by right
  85 clicking on an annotation row under the alignment.</p>
  86 <p>You can also save the current set of alignments and their
  87 colours, annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
  88 project</strong>.</p>
  89 <p>&nbsp;</p>
  90 </body>
  91 </html>