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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Input/Output</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Input</strong></p>
  24 <p>Jalview can read alignment files in any of the following standard
  25 formats:</p>
  26 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  27 NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em></p>
  28 <p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a>
  29 of these file formats.</p>
  30 <p>Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
  31 trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  32 (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load Project</strong>.</p>
  33 <p>Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use
  34 the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in
  35 alignments from:</p>
  36 <ul>
  37         <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
  38         <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>
  39         <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
  40         &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
  41 </ul>
  42 <p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using
  43 some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is of
  44 an unknown format or there is any other error reading the alignment file
  45 then you will be given an error message. If you think Jalview really
  46 should be able to read your file, then send an email containing the
  47 problem file to help@jalview.org.</p>
  48 <p>Jalview can also read jalview specific files for <a
  49         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> and <a
  50         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotation</a>.</p>
  51 <p><strong>Output</strong></p>
  52 <p>Each alignment, whether it is the original or an edited version
  53 may be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
  54 As</strong></p>
  55 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  56 NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>
  57 Jalview will by default append the sequence start and end to each
  58 sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
  59 behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot; tab
  60 on the
  61 <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
  62 window where you can select which file formats you want to append the
  63 start and end sequence positions for. In the case of PIR format, the
  64 output tab also contains a switch for turning on the output of Modeller
  65 style structured description lines.
  66 <p>Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
  67 annotation</a> can be exported as a comma separated value file by right
  68 clicking on an annotation row under the alignment.</p>
  69 <p>You can also save the current set of alignments and their
  70 colours, annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
  71 project</strong>.</p>
  72 <p>&nbsp;</p>
  73 </body>
  74 </html>