help/html/io/index.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Input/Output</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Input</strong></p>
   7 <p>Jalview can read alignment files in any of the following standard
   8 formats:</p>
   9 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  10 NBRF/PIR (including MODELLER variant), Pfam/Stockholm</em></p>
  11 <p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a>
  12 of these file formats.</p>
  13 <p>Additionally, whole sets of coloured and annotated alignments and
  14 trees can be read from a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  15 (jar) format</a> file using <strong>Desktop&#8594;Load Project</strong>.</p>
  16 <p>Press &quot;Control O&quot; to open a file browser, or use
  17 the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in
  18 alignments from:</p>
  19 <ul>
  20         <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>
  21         <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>
  22         <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the
  23         &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>
  24 </ul>
  25 <p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using
  26 some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a file is of
  27 an unknown format or there is any other error reading the alignment file
  28 then you will be given an error message. If you think Jalview really
  29 should be able to read your file, then send an email containing the
  30 problem file to jalview@jalview.org.</p>
  31 <p>Jalview can also read jalview specific files for <a
  32         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> and <a
  33         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotation</a>.</p>
  34 <p><strong>Output</strong></p>
  35 <p>Each alignment, whether it is the original or an edited version
  36 may be saved in the standard formats using <strong>File&#8594;Save
  37 As</strong></p>
  38 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file,
  39 NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>
  40 Jalview will by default append the sequence start and end to each
  41 sequence name, in the format /start-end. If you do not want this
  42 behaviour for a particular file output, open the &quot;Output&quot; tab
  43 on the
  44 <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
  45 window where you can select which file formats you want to append the
  46 start and end sequence positions for. In the case of PIR format, the
  47 output tab also contains a switch for turning on the output of Modeller
  48 style structured description lines.
  49 <p>Quantitative and symbolic <a href="../features/annotation.html">alignment
  50 annotation</a> can be exported as a comma separated value file by right
  51 clicking on an annotation row under the alignment.</p>
  52 <p>You can also save the current set of alignments and their
  53 colours, annotations and trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save
  54 project</strong>.</p>
  55 <p>&nbsp;</p>
  56 </body>
  57 </html>