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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Modeller PIR Format IO</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Modeller PIR Format IO</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     The homology modelling program, <a
  31       href="http://salilab.org/modeller/"
  32     >Modeller</a> uses a special form of the PIR format where information
  33     about sequence numbering and chain codes are written into the
  34     'description' line between the PIR protein tag and the protein
  35     alignment entry:
  36   </p>
  37   <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  38 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  39 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  40 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  41 ---------------------*
  42 &gt;P1;PDB|1FER|_
  43 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  44 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  45 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  46 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  47 </pre>
  48   <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  49     Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  50     numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  51     information is always stored in the sequence description string - so
  52     no information is lost if this parsing process fails.</p>
  53   <p>
  54     The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a
  55       href="../features/preferences.html"
  56     >Preferences dialog box</a> controls whether Jalview will also output
  57     MODELLER style PIR files. In this case, any existing 'non-modeller
  58     PIR' header information in the description string of an alignment is
  59     appended to an automatically generated modeller description line for
  60     that sequence.
  61   </p>
  62   <p>The general format used for generating the Modeller/PIR
  63     sequence description line is shown below :
  64   <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  65 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  66   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  67   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em>
  68   </pre>
  69   The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  70   presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  71   PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  72   already existed when the sequence was imported into Jalview.
  73 </body>
  74 </html>