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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Modeller PIR Format IO</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Modeller PIR Format IO</strong></p>
  24 <p>The homology modelling program, <a
  25 href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a special form
  26 of the PIR format where information about sequence numbering and chain
  27 codes are written into the 'description' line between the PIR protein
  28 tag and the protein alignment entry:</p>
  29 <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  30 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  31 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  32 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  33 ---------------------*
  34 &gt;P1;PDB|1FER|_
  35 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  36 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  37 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  38 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  39 </pre>
  40 <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  41 Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  42 numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  43 information is always stored in the sequence description string - so
  44 no information is lost if this parsing process fails.</p>
  45 <p>The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a href="../features/preferences.html">Preferences dialog
  46 box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
  47 files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
  48 information in the description string of an alignment is appended to
  49 an automatically generated modeller description line for that
  50 sequence.</p>
  51 <p>The general format used for generating the Modeller/PIR sequence
  52 description line is shown below :
  53 <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  54 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  55   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  56   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em></pre>
  57 The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  58 presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  59 PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  60 already existed when the sequence was imported into Jalview.
  61 </body>
  62 </html>