help/html/io/modellerpir.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Modeller PIR Format IO</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Modeller PIR Format IO</strong></p>
   7 <p>The homology modelling program, <a
   8 href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a special form
   9 of the PIR format where information about sequence numbering and chain
  10 codes are written into the 'description' line between the PIR protein
  11 tag and the protein alignment entry:</p>
  12 <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  13 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  14 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  15 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  16 ---------------------*
  17 &gt;P1;PDB|1FER|_
  18 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  19 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  20 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  21 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  22 </pre>
  23 <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  24 Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  25 numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  26 information is always stored in the sequence description string - so
  27 no information is lost if this parsing process fails.</p>
  28 <p>The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a href="../features/preferences.html">Preferences dialog
  29 box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
  30 files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
  31 information in the description string of an alignment is appended to
  32 an automatically generated modeller description line for that
  33 sequence.</p>
  34 <p>The general format used for generating the Modeller/PIR sequence
  35 description line is shown below :
  36 <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  37 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  38   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  39   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em></pre>
  40 The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  41 presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  42 PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  43 already existed when the sequence was imported into Jalview.
  44 </body>
  45 </html>