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   1 <html>
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>T-COFFEE Annotation Scores</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Loading and viewing T-COFFEE Annotation Scores</strong></p>
  27 <p>T-COFFEE score files like the <a href="#tcoffeeeg">one below</a> can be displayed on the alignment using the <strong><em>Colours&rarr;T-COFFEE Scores</em></strong>
  28 or <strong><em>Colour &rarr; <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by Annotation</a></em></strong> options.</p>
  29 <img src="../colourSchemes/colbytcoffee.png"/>
  30 <p><strong><a name="tcoffeeeg">Example T-COFFEE Score file</a></strong><br/>
  31 T-COFFEE score files like the one below can be dropped directly onto the corresponding alignment to visualize alignment confidence scores.
  32 </p>
  33 <pre>
  34 T-COFFEE, Version_9.02.r1228 (2012-02-16 18:15:12 - Revision 1228 - Build 336)
  35 Cedric Notredame
  36 CPU TIME:0 sec.
  37 SCORE=90
  38 *
  39  BAD AVG GOOD
  40 *
  41 1PHT   :  89
  42 1BB9   :  90
  43 1UHC   :  94
  44 1YCS   :  94
  45 1OOT   :  93
  46 1ABO   :  94
  47 1FYN   :  94
  48 1QCF   :  94
  49 cons   :  90
  50
  51 1PHT   999999999999999999999999998762112222543211112134
  52 1BB9   99999999999999999999999999987-------4322----2234
  53 1UHC   99999999999999999999999999987-------5321----2246
  54 1YCS   99999999999999999999999999986-------4321----1-35
  55 1OOT   999999999999999999999999999861-------3------1135
  56 1ABO   99999999999999999999999999986-------422-------34
  57 1FYN   99999999999999999999999999985-------32--------35
  58 1QCF   99999999999999999999999999974-------2---------24
  59 cons   999999999999999999999999999851000110321100001134
  60
  61
  62 1PHT   ----------5666642367889999999999889
  63 1BB9   1111111111676653-355679999999999889
  64 1UHC   ----------788774--66789999999999889
  65 1YCS   ----------78777--356789999999999889
  66 1OOT   ----------78877--356789999999997-67
  67 1ABO   ----------687774--56779999999999889
  68 1FYN   ----------6888842356789999999999889
  69 1QCF   ----------6878742356789999999999889
  70 cons   00100000006877641356789999999999889
  71 </pre>
  72
  73 </body>
  74 </html>