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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  19 -->
  20 <head><title>Key Strokes</title></head>
  21 <body>
  22 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
  23 <p>
  24 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  25  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  26  provide short cuts to common commands. In <a
  27  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  28  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  29  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  30  and editing operations.
  31 </p>
  32 <table border="1">
  33   <tr>
  34     <td><strong>Key</strong></td>
  35     <td><strong>Which Mode</strong></td>
  36     <td><strong>Action</strong></td>
  37   </tr>
  38   <!--<tr>
  39 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  40 <td>The Panic button.</td></tr>
  41 <tr> -->
  42   <tr>
  43     <td><strong> Escape</strong></td>
  44     <td>Normal</td>
  45     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted
  46       residues. </td>
  47   </tr>
  48   <tr>
  49     <td><strong>Escape</strong></td>
  50     <td>Cursor</td>
  51     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
  52   </tr>
  53   <tr>
  54     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  55     <td>Both</td>
  56     <td>Show Help Documentation</td>
  57   </tr>
  58   <tr>
  59     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  60     <td></td>
  61     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  62   </tr>
  63   <tr>
  64     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  65     <td>Both</td>
  66     <td>Undoes the last sequence edit</td>
  67   </tr>
  68   <tr>
  69     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  70     <td>Both</td>
  71     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  72   </tr>
  73   <tr>
  74     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  75     <td>Normal</td>
  76     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  77   </tr>
  78   <tr>
  79     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  80     <td>Normal</td>
  81     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  82   </tr>
  83   <tr>
  84     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  85     <td>Normal </td>
  86     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  87   </tr>
  88   <tr>
  89     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
  90     <td>Normal</td>
  91     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  92   </tr>
  93   <tr>
  94     <td><strong>Cursor Keys<br>
  95       (Arrow Keys)</strong></td>
  96     <td>Cursor</td>
  97     <td>Move cursor around alignment</td>
  98   </tr>
  99   <tr>
 100     <td><strong>Page Up</strong></td>
 101     <td>Both</td>
 102     <td>Scroll up the alignment view</td>
 103   </tr>
 104   <tr>
 105     <td><strong>Page Down</strong></td>
 106     <td>Both</td>
 107     <td>Scroll down the alignment view</td>
 108   </tr>
 109   <tr>
 110     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 111     <td>Both</td>
 112     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 113   </tr>
 114   <tr>
 115     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 116     <td>Both </td>
 117     <td>Invert sequence selection. </td>
 118   </tr>
 119   <tr>
 120     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 121     <td>Both </td>
 122     <td>Invert column selection. </td>
 123   </tr>
 124   <tr>
 125     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 126     <td>Both</td>
 127     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br>
 128       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
 129   </tr>
 130   <tr>
 131     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 132     <td>Both</td>
 133     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window.
 134       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the
 135       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations
 136       will also be copied over.</em></td>
 137   </tr>
 138   <tr>
 139     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 140     <td>Both</td>
 141     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment
 142       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 143   </tr>
 144   <tr>
 145     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 146     <td>Both</td>
 147     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment.
 148       <!-- not yet in this version
 149 This will not happen if only some
 150 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 151     </td>
 152   </tr>
 153   <tr>
 154     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 155     <td>Both</td>
 156     <td>Launches the search window</td>
 157   </tr>
 158   <tr>
 159     <td><strong>H</strong></td>
 160     <td>Both</td>
 161     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 162   </tr>
 163   <tr>
 164     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 165     <td>Both</td>
 166     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 167   </tr>
 168   <tr>
 169     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 170     <td>Both</td>
 171     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 172   </tr>
 173   <tr>
 174     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 175     <td>Both</td>
 176     <td>Hides everything but the current selection</td>
 177   </tr>
 178   <tr>
 179     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 180     <td>Both</td>
 181     <td>Input new alignment from file</td>
 182   </tr>
 183   <tr>
 184     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 185     <td>Both</td>
 186     <td>Save alignment with current filename and format</td>
 187   </tr>
 188   <tr>
 189     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 190     <td>Both</td>
 191     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 192   </tr>
 193   <tr>
 194     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 195     <td>Both</td>
 196     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 197   </tr>
 198   <tr>
 199     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 200     <td>Both</td>
 201     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 202   </tr>
 203   <tr>
 204     <td><strong>Backspace</strong></td>
 205     <td>Normal</td>
 206     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
 207   </tr>
 208   <tr>
 209     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 210     <td>Left</td>
 211     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 212   </tr>
 213   <tr>
 214     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 215     <td>Both</td>
 216     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 217   </tr>
 218   <tr>
 219     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 220     <td>Both</td>
 221     <td>Remove gapped columns</td>
 222   </tr>
 223   <tr>
 224     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 225     <td>Both</td>
 226     <td>Remove all gaps</td>
 227   </tr>
 228   <tr>
 229     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 230     <td>Both</td>
 231     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 232   </tr>
 233   <tr>
 234     <td><strong></strong></td>
 235     <td>Normal</td>
 236     <td></td>
 237   </tr>
 238 </table>
 239 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 240 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
 241 number, and some more complex commands take one or more numeric
 242 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
 243 <table border=1><tr><td><strong>Compound
 244 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
 245 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
 246 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
 247 command.</td></tr>
 248 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
 249 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
 250 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
 251 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
 252 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
 253 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
 254 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
 255 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
 256 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
 257 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 258 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 259 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 260 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 261 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
 262 <p>&nbsp;</p>
 263 <p>&nbsp;</p>
 264 </body>
 265 </html>