help/html/keys.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Key Strokes</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
  39 <p>
  40 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  41  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  42  provide short cuts to common commands. In <a
  43  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  44  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  45  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  46  and editing operations.
  47 </p>
  48 <table border="1">
  49   <tr>
  50     <td><strong>Key</strong></td>
  51     <td><strong>Which Mode</strong></td>
  52     <td><strong>Action</strong></td>
  53   </tr>
  54   <!--<tr>
  55 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  56 <td>The Panic button.</td></tr>
  57 <tr> -->
  58   <tr>
  59     <td><strong> Escape</strong></td>
  60     <td>Normal</td>
  61     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted
  62       residues. </td>
  63   </tr>
  64   <tr>
  65     <td><strong>Escape</strong></td>
  66     <td>Cursor</td>
  67     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
  68   </tr>
  69   <tr>
  70     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  71     <td>Both</td>
  72     <td>Show Help Documentation</td>
  73   </tr>
  74   <tr>
  75     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  76     <td></td>
  77     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  78   </tr>
  79   <tr>
  80     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  81     <td>Both</td>
  82     <td>Undoes the last sequence edit</td>
  83   </tr>
  84   <tr>
  85     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  86     <td>Both</td>
  87     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  88   </tr>
  89   <tr>
  90     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  91     <td>Normal</td>
  92     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  93   </tr>
  94   <tr>
  95     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  96     <td>Normal</td>
  97     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  98   </tr>
  99   <tr>
 100     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
 101     <td>Normal </td>
 102     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
 103   </tr>
 104   <tr>
 105     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
 106     <td>Normal</td>
 107     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
 108   </tr>
 109   <tr>
 110     <td><strong>Cursor Keys<br>
 111       (Arrow Keys)</strong></td>
 112     <td>Cursor</td>
 113     <td>Move cursor around alignment</td>
 114   </tr>
 115   <tr>
 116     <td><strong>Page Up</strong></td>
 117     <td>Both</td>
 118     <td>Scroll up the alignment view</td>
 119   </tr>
 120   <tr>
 121     <td><strong>Page Down</strong></td>
 122     <td>Both</td>
 123     <td>Scroll down the alignment view</td>
 124   </tr>
 125   <tr>
 126     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 127     <td>Both</td>
 128     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 129   </tr>
 130   <tr>
 131     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 132     <td>Both </td>
 133     <td>Invert sequence selection. </td>
 134   </tr>
 135   <tr>
 136     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 137     <td>Both </td>
 138     <td>Invert column selection. </td>
 139   </tr>
 140   <tr>
 141     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 142     <td>Both</td>
 143     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br>
 144       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
 145   </tr>
 146   <tr>
 147     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 148     <td>Both</td>
 149     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window.
 150       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the
 151       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations
 152       will also be copied over.</em></td>
 153   </tr>
 154   <tr>
 155     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 156     <td>Both</td>
 157     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment
 158       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 159   </tr>
 160   <tr>
 161     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 162     <td>Both</td>
 163     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment.
 164       <!-- not yet in this version
 165 This will not happen if only some
 166 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 167     </td>
 168   </tr>
 169   <tr>
 170     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 171     <td>Both</td>
 172     <td>Launches the search window</td>
 173   </tr>
 174   <tr>
 175     <td><strong>H</strong></td>
 176     <td>Both</td>
 177     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 178   </tr>
 179   <tr>
 180     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 181     <td>Both</td>
 182     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 183   </tr>
 184   <tr>
 185     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 186     <td>Both</td>
 187     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 188   </tr>
 189   <tr>
 190     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 191     <td>Both</td>
 192     <td>Hides everything but the current selection</td>
 193   </tr>
 194   <tr>
 195     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 196     <td>Both</td>
 197     <td>Input new alignment from file</td>
 198   </tr>
 199   <tr>
 200     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 201     <td>Both</td>
 202     <td>Save alignment with current filename and format</td>
 203   </tr>
 204   <tr>
 205     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 206     <td>Both</td>
 207     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 208   </tr>
 209   <tr>
 210     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 211     <td>Both</td>
 212     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 213   </tr>
 214   <tr>
 215     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 216     <td>Both</td>
 217     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 218   </tr>
 219   <tr>
 220     <td><strong>Backspace</strong></td>
 221     <td>Normal</td>
 222     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
 223   </tr>
 224   <tr>
 225     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 226     <td>Left</td>
 227     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 228   </tr>
 229   <tr>
 230     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 231     <td>Both</td>
 232     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 233   </tr>
 234   <tr>
 235     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 236     <td>Both</td>
 237     <td>Remove gapped columns</td>
 238   </tr>
 239   <tr>
 240     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 241     <td>Both</td>
 242     <td>Remove all gaps</td>
 243   </tr>
 244   <tr>
 245     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 246     <td>Both</td>
 247     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 248   </tr>
 249   <tr>
 250     <td><strong></strong></td>
 251     <td>Normal</td>
 252     <td></td>
 253   </tr>
 254 </table>
 255 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 256 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
 257 number, and some more complex commands take one or more numeric
 258 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
 259 <table border=1><tr><td><strong>Compound
 260 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
 261 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
 262 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
 263 command.</td></tr>
 264 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
 265 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
 266 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
 267 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
 268 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
 269 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
 270 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
 271 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
 272 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
 273 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 274 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 275 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 276 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 277 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
 278 <p>&nbsp;</p>
 279 <p>&nbsp;</p>
 280 </body>
 281 </html>