help/html/keys.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Key Strokes</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Key Strokes</strong></p>\r
   5 <p>\r
   6 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'\r
   7  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)\r
   8  provide short cuts to common commands. In <a\r
   9  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by\r
  10  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound\r
  11  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection\r
  12  and editing operations.\r
  13 </p>\r
  14 <table border="1">\r
  15   <tr> \r
  16     <td><strong>Key</strong></td>\r
  17     <td><strong>Which Mode</strong></td>\r
  18     <td><strong>Action</strong></td>\r
  19   </tr>\r
  20   <!--<tr>\r
  21 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>\r
  22 <td>The Panic button.</td></tr>\r
  23 <tr> -->\r
  24   <tr> \r
  25     <td><strong> Escape</strong></td>\r
  26     <td>Normal</td>\r
  27     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted \r
  28       residues. </td>\r
  29   </tr>\r
  30   <tr> \r
  31     <td><strong>Escape</strong></td>\r
  32     <td>Cursor</td>\r
  33     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>\r
  34   </tr>\r
  35   <tr> \r
  36     <td><strong><em>F1</em></strong></td>\r
  37     <td>Both</td>\r
  38     <td>Show Help Documentation</td>\r
  39   </tr>\r
  40   <tr> \r
  41     <td><strong><em>F2</em></strong></td>\r
  42     <td></td>\r
  43     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>\r
  44   </tr>\r
  45   <tr> \r
  46     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>\r
  47     <td>Both</td>\r
  48     <td>Undoes the last sequence edit</td>\r
  49   </tr>\r
  50   <tr> \r
  51     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>\r
  52     <td>Both</td>\r
  53     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>\r
  54   </tr>\r
  55   <tr> \r
  56     <td><strong>Up Arrow</strong></td>\r
  57     <td>Normal</td>\r
  58     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>\r
  59   </tr>\r
  60   <tr> \r
  61     <td><strong>Down Arrow</strong></td>\r
  62     <td>Normal</td>\r
  63     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>\r
  64   </tr>\r
  65   <tr> \r
  66     <td><strong>Left Arrow</strong></td>\r
  67     <td>Normal </td>\r
  68     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>\r
  69   </tr>\r
  70   <tr> \r
  71     <td><strong>Right Arrow</strong></td>\r
  72     <td>Normal</td>\r
  73     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>\r
  74   </tr>\r
  75   <tr> \r
  76     <td><strong>Cursor Keys<br>\r
  77       (Arrow Keys)</strong></td>\r
  78     <td>Cursor</td>\r
  79     <td>Move cursor around alignment</td>\r
  80   </tr>\r
  81   <tr> \r
  82     <td><strong>Page Up</strong></td>\r
  83     <td>Both</td>\r
  84     <td>Scroll up the alignment view</td>\r
  85   </tr>\r
  86   <tr> \r
  87     <td><strong>Page Down</strong></td>\r
  88     <td>Both</td>\r
  89     <td>Scroll down the alignment view</td>\r
  90   </tr>\r
  91   <tr> \r
  92     <td><strong>Control 'A'</strong></td>\r
  93     <td>Both</td>\r
  94     <td>Selects all sequences in the alignment</td>\r
  95   </tr>\r
  96   <tr> \r
  97     <td><strong>Control 'I'</strong></td>\r
  98     <td>Both </td>\r
  99     <td>Invert sequence selection. </td>\r
 100   </tr>\r
 101   <tr> \r
 102     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>\r
 103     <td>Both </td>\r
 104     <td>Invert column selection. </td>\r
 105   </tr>\r
 106   <tr> \r
 107     <td><strong>Control 'C'</strong></td>\r
 108     <td>Both</td>\r
 109     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br> \r
 110       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>\r
 111   </tr>\r
 112   <tr> \r
 113     <td><strong>Control 'V'</strong></td>\r
 114     <td>Both</td>\r
 115     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window. \r
 116       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the \r
 117       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations \r
 118       will also be copied over.</em></td>\r
 119   </tr>\r
 120   <tr> \r
 121     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>\r
 122     <td>Both</td>\r
 123     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment \r
 124       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>\r
 125   </tr>\r
 126   <tr> \r
 127     <td><strong>Control 'X'</strong></td>\r
 128     <td>Both</td>\r
 129     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. \r
 130       <!-- not yet in this version \r
 131 This will not happen if only some\r
 132 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->\r
 133     </td>\r
 134   </tr>\r
 135   <tr> \r
 136     <td><strong>Control 'F'</strong></td>\r
 137     <td>Both</td>\r
 138     <td>Launches the search window</td>\r
 139   </tr>\r
 140   <tr> \r
 141     <td><strong>H</strong></td>\r
 142     <td>Both</td>\r
 143     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>\r
 144   </tr>\r
 145   <tr> \r
 146     <td><strong>Control 'H'</strong></td>\r
 147     <td>Both</td>\r
 148     <td>Hides / Reveals selected columns</td>\r
 149   </tr>\r
 150   <tr> \r
 151     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>\r
 152     <td>Both</td>\r
 153     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>\r
 154   </tr>\r
 155   <tr> \r
 156     <td><strong>Control 'O'</strong></td>\r
 157     <td>Both</td>\r
 158     <td>Input new alignment from file</td>\r
 159   </tr>\r
 160   <tr> \r
 161     <td><strong>Control 'S'</strong></td>\r
 162     <td>Both</td>\r
 163     <td>Save alignment with current filename and format</td>\r
 164   </tr>\r
 165   <tr> \r
 166     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>\r
 167     <td>Both</td>\r
 168     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>\r
 169   </tr>\r
 170   <tr> \r
 171     <td><strong>Control 'P'</strong></td>\r
 172     <td>Both</td>\r
 173     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>\r
 174   </tr>\r
 175   <tr> \r
 176     <td><strong>Control 'W'</strong></td>\r
 177     <td>Both</td>\r
 178     <td>Closes the current view or the current alignment</td>\r
 179   </tr>\r
 180   <tr> \r
 181     <td><strong>Backspace</strong></td>\r
 182     <td>Normal</td>\r
 183     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>\r
 184   </tr>\r
 185   <tr> \r
 186     <td><strong>Control 'L'</strong></td>\r
 187     <td>Left</td>\r
 188     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>\r
 189   </tr>\r
 190   <tr> \r
 191     <td><strong>Control 'R'</strong></td>\r
 192     <td>Both</td>\r
 193     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>\r
 194   </tr>\r
 195   <tr> \r
 196     <td><strong>Control 'E'</strong></td>\r
 197     <td>Both</td>\r
 198     <td>Remove gapped columns</td>\r
 199   </tr>\r
 200   <tr> \r
 201     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>\r
 202     <td>Both</td>\r
 203     <td>Remove all gaps</td>\r
 204   </tr>\r
 205   <tr> \r
 206     <td><strong>Control 'D'</strong></td>\r
 207     <td>Both</td>\r
 208     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>\r
 209   </tr>\r
 210   <tr> \r
 211     <td><strong></strong></td>\r
 212     <td>Normal</td>\r
 213     <td></td>\r
 214   </tr>\r
 215 </table>\r
 216 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised\r
 217 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition\r
 218 number, and some more complex commands take one or more numeric\r
 219 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>\r
 220 <table border=1><tr><td><strong>Compound\r
 221 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>\r
 222 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a\r
 223 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit\r
 224 command.</td></tr>\r
 225 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or\r
 226 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>\r
 227 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>\r
 228 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>\r
 229 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>\r
 230 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>\r
 231 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>\r
 232 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>\r
 233 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts\r
 234 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>\r
 235 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes\r
 236 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>\r
 237 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes\r
 238 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>\r
 239 <p>&nbsp;</p>\r
 240 <p>&nbsp;</p>\r
 241 </body>\r
 242 </html>\r