help/html/keys.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head><title>Key Strokes</title></head>
  20 <body>
  21 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
  22 <p>
  23 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  24  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  25  provide short cuts to common commands. In <a
  26  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  27  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  28  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  29  and editing operations.
  30 </p>
  31 <table border="1">
  32   <tr>
  33     <td><strong>Key</strong></td>
  34     <td><strong>Which Mode</strong></td>
  35     <td><strong>Action</strong></td>
  36   </tr>
  37   <!--<tr>
  38 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  39 <td>The Panic button.</td></tr>
  40 <tr> -->
  41   <tr>
  42     <td><strong> Escape</strong></td>
  43     <td>Normal</td>
  44     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted
  45       residues. </td>
  46   </tr>
  47   <tr>
  48     <td><strong>Escape</strong></td>
  49     <td>Cursor</td>
  50     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
  51   </tr>
  52   <tr>
  53     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  54     <td>Both</td>
  55     <td>Show Help Documentation</td>
  56   </tr>
  57   <tr>
  58     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  59     <td></td>
  60     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  61   </tr>
  62   <tr>
  63     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  64     <td>Both</td>
  65     <td>Undoes the last sequence edit</td>
  66   </tr>
  67   <tr>
  68     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  69     <td>Both</td>
  70     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  71   </tr>
  72   <tr>
  73     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  74     <td>Normal</td>
  75     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  76   </tr>
  77   <tr>
  78     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  79     <td>Normal</td>
  80     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  81   </tr>
  82   <tr>
  83     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  84     <td>Normal </td>
  85     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  86   </tr>
  87   <tr>
  88     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
  89     <td>Normal</td>
  90     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  91   </tr>
  92   <tr>
  93     <td><strong>Cursor Keys<br>
  94       (Arrow Keys)</strong></td>
  95     <td>Cursor</td>
  96     <td>Move cursor around alignment</td>
  97   </tr>
  98   <tr>
  99     <td><strong>Page Up</strong></td>
 100     <td>Both</td>
 101     <td>Scroll up the alignment view</td>
 102   </tr>
 103   <tr>
 104     <td><strong>Page Down</strong></td>
 105     <td>Both</td>
 106     <td>Scroll down the alignment view</td>
 107   </tr>
 108   <tr>
 109     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 110     <td>Both</td>
 111     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 112   </tr>
 113   <tr>
 114     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 115     <td>Both </td>
 116     <td>Invert sequence selection. </td>
 117   </tr>
 118   <tr>
 119     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 120     <td>Both </td>
 121     <td>Invert column selection. </td>
 122   </tr>
 123   <tr>
 124     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 125     <td>Both</td>
 126     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br>
 127       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
 128   </tr>
 129   <tr>
 130     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 131     <td>Both</td>
 132     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window.
 133       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the
 134       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations
 135       will also be copied over.</em></td>
 136   </tr>
 137   <tr>
 138     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 139     <td>Both</td>
 140     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment
 141       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 142   </tr>
 143   <tr>
 144     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 145     <td>Both</td>
 146     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment.
 147       <!-- not yet in this version
 148 This will not happen if only some
 149 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 150     </td>
 151   </tr>
 152   <tr>
 153     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 154     <td>Both</td>
 155     <td>Launches the search window</td>
 156   </tr>
 157   <tr>
 158     <td><strong>H</strong></td>
 159     <td>Both</td>
 160     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 161   </tr>
 162   <tr>
 163     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 164     <td>Both</td>
 165     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 166   </tr>
 167   <tr>
 168     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 169     <td>Both</td>
 170     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 171   </tr>
 172   <tr>
 173     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 174     <td>Both</td>
 175     <td>Hides everything but the current selection</td>
 176   </tr>
 177   <tr>
 178     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 179     <td>Both</td>
 180     <td>Input new alignment from file</td>
 181   </tr>
 182   <tr>
 183     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 184     <td>Both</td>
 185     <td>Save alignment with current filename and format</td>
 186   </tr>
 187   <tr>
 188     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 189     <td>Both</td>
 190     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 191   </tr>
 192   <tr>
 193     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 194     <td>Both</td>
 195     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 196   </tr>
 197   <tr>
 198     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 199     <td>Both</td>
 200     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 201   </tr>
 202   <tr>
 203     <td><strong>Backspace</strong></td>
 204     <td>Normal</td>
 205     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
 206   </tr>
 207   <tr>
 208     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 209     <td>Left</td>
 210     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 211   </tr>
 212   <tr>
 213     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 214     <td>Both</td>
 215     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 216   </tr>
 217   <tr>
 218     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 219     <td>Both</td>
 220     <td>Remove gapped columns</td>
 221   </tr>
 222   <tr>
 223     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 224     <td>Both</td>
 225     <td>Remove all gaps</td>
 226   </tr>
 227   <tr>
 228     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 229     <td>Both</td>
 230     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 231   </tr>
 232   <tr>
 233     <td><strong></strong></td>
 234     <td>Normal</td>
 235     <td></td>
 236   </tr>
 237 </table>
 238 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 239 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
 240 number, and some more complex commands take one or more numeric
 241 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
 242 <table border=1><tr><td><strong>Compound
 243 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
 244 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
 245 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
 246 command.</td></tr>
 247 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
 248 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
 249 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
 250 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
 251 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
 252 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
 253 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
 254 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
 255 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
 256 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 257 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 258 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 259 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 260 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
 261 <p>&nbsp;</p>
 262 <p>&nbsp;</p>
 263 </body>
 264 </html>