help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Alignment Window Menus</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>
  25         <li><strong>File</strong>
  26         <ul>
  27                 <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  28                 <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  29                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  30                 the European Bioinformatics Institute. See <a
  31                         href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  32                 <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  33                 Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  34                 paste window </em></li>
  35                 <li><strong>Reload</strong><em><br>
  36                 Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  37                 <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  38                 colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  39                 undone.</strong></em></li>
  40                 <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  41                 Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  42                 the same format, updating the original in place. </em></li>
  43                 <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  44                 </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window
  45                 will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to
  46                 determine which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to
  47                 save as.</em></li>
  48                 <li><strong>Output to Textbox<br>
  49                 </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  50                 window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down
  51                 menu, or your standard operating system copy and paste keys. The
  52                 output window also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong>
  53                 button to import the (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  54                 Select the format of the text by selecting one of the following menu
  55                 items.</em>
  56                 <ul>
  57                         <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  58                         <li><strong>MSF</strong></li>
  59                         <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  60                         <li><strong>BLC</strong></li>
  61                         <li><strong>PIR</strong></li>
  62                         <li><strong>PFAM</strong></li>
  63                 </ul>
  64                 </li>
  65                 <li><strong>Print (Control P)<br>
  66                 </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  67                 colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  68                 these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  69                 the number of residues per line of your alignment will depend on the
  70                 paper width or your alignment window width, whichever is the smaller.
  71                 </em></li>
  72                 <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  73                 Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  74                 alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  75                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  76                 wrapped and will have the same visible residue width as the open
  77                 alignment. </em>
  78                 <ul>
  79                         <li><strong>HTML<br>
  80                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  81                         alignment.</em></li>
  82                         <li><strong>EPS<br>
  83                         </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  84                         Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
  85                         <li><strong>PNG<br>
  86                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
  87                         Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
  88                 </ul>
  89                 </li>
  90                 <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  91                 All features visible on the alignment can be saved to file or
  92                 displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
  93                 <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  94                 All annotations visible on the alignment can be saved to file or
  95                 displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
  96                 <li><strong>Load Associated Tree<br>
  97                 </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
  98                 trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
  99                 alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
 100                 the same.</em></li>
 101                 <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 102                 </strong><em>Load files describing precalculated <a
 103                         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
 104                         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
 105                 <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
 106                 <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
 107                 alignment before you close - either as a Jalview project or by using
 108                 the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
 109         </ul>
 110         </li>
 111         <li><strong>Edit</strong>
 112         <ul>
 113                 <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 114                 This will undo any edits you make to the alignment. This applies to
 115                 insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the
 116                 alignment or pasting sequences to the current alignment or sorting the
 117                 alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes,
 118                 adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>
 119                 <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 120                 </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 121                 <li><strong>Cut (Control X)<br>
 122                 </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues
 123                 before removing them from your alignment. Click on a sequence name if
 124                 you wish to select a whole sequence. <br>
 125                 Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>
 126                 <li><strong>Copy (Control C)</strong><br>
 127                 <em>Copies the currently selected residues to the system
 128                 clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 129                 (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>
 130                 If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will
 131                 see the format of the copied residues FASTA.</em></li>
 132                 <li><strong>Paste </strong>
 133                 <ul>
 134                         <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 135                         </strong><em>A new alignment window will be created from sequences
 136                         previously copied or cut to the system clipboard. <br>
 137                         Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and
 138                         &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.</em></li>
 139                         <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 140                         </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be added
 141                         to the current Jalview alignment. </em></li>
 142                 </ul>
 143                 </li>
 144                 <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 145                 </strong><em>This will delete the currently selected residues without
 146                 copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this
 147                 can be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>
 148                 <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 149                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 150                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 151                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 152                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 153                 <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 154                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 155                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 156                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 157                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 158                 <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 159                 </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,
 160                 &quot;.&quot;) will be deleted.<br>
 161                 You may set the default gap character in <a
 162                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 163                 <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 164                 <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted
 165                 from the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL
 166                 the gaps in the alignment will be removed.<br>
 167                 You may set the default gap character in <a
 168                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 169                 <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 170                 </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select
 171                 a threshold. If the percentage identity between any two sequences
 172                 (under the current alignment) exceeds this value then one of the
 173                 sequences (the shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot;
 174                 button to remove redundant sequences. The &quot;Undo&quot; button will
 175                 undo the last redundancy deletion.</em></li>
 176                 <li><strong>Pad Gaps<br>
 177                 </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal width
 178                 (so there no empty columns before or after the first or last aligned
 179                 residue) and all sequences will be padded with gap characters to the
 180                 before and after their terminating residues.<br>
 181                 This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and
 182                 when working with alignment analysis programs which require 'properly
 183                 aligned sequences' to be all the same length.<br>
 184                 You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 185                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 186         </ul>
 187         </li>
 188         <li><strong>Select</strong>
 189         <ul>
 190                 <li><strong><a href="../features/search.html">Find...
 191                 (Control F)</a></strong><em><br>
 192                 Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or
 193                 residue position within the alignment and create new sequence features
 194                 from the queries. </em></li>
 195                 <li><strong>Select All (Control A)<br>
 196                 </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
 197                 Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select
 198                 all.</em></li>
 199                 <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 200                 </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
 201                 alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
 202                 will be deselected. </em><em> <br>
 203                 Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
 204                 <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 205                 </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
 206                 current selection. </em></li>
 207                 <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
 208                 </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
 209                 column selection. </em></li>
 210                 <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 211                 </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 212                 <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
 213                 <li><strong>Make Groups<br/></strong>
 214                 <em>The currently selected groups of the alignment will be
 215                 subdivided according to the contents of the currently selected region.
 216                 <br/>Use this to subdivide an alignment based on the
 217                 different combinations of residues observed at specific
 218                 positions. (new in jalview 2.5)</em></li>
 219         </ul>
 220         </li>
 221         <li><strong>View</strong>
 222         <ul>
 223                 <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 224                 Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 225                 <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 226                 Display each view associated with the alignment in its own alignment
 227                 window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
 228                 <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 229                 Each view associated with the alignment will be displayed within its
 230                 own tab on the current alignment window. </em></li>
 231                 <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns)</strong><em><br>
 232                 All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 233                 <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 234                 Hides the all the currently selected Columns / Sequences / Region or everything but the selected Region.</em></li>
 235                   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 236     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
 237     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
 238     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
 239                 </li>
 240                 <li><strong>Show Annotations<br>
 241                 </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
 242                 displayed below the alignment. The default setting is to display the
 243                 conservation calculation, quality calculation and consensus values as
 244                 bar charts. </em></li>
 245     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
 246     <ul><li>
 247         <strong>Apply to all groups<br></strong>
 248         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
 249         </li>
 250         <li>
 251         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
 252         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
 253         </li>
 254         <li>
 255         <strong>Show Consensus Profile<br></strong>
 256                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
 257         </li>
 258         <li>
 259         <strong>Group Conservation<br></strong>
 260         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
 261         </li>
 262         <li>
 263         <strong>Apply to all groups<br></strong>
 264         When ticked, display a consensus row for all groups.
 265         </li>
 266         </ul>
 267     </li>
 268     <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
 269                 <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 270                 <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence
 271                 Feature Settings...</a></strong><em><br>
 272                 <em>Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the
 273                 colour and display of sequence features on the alignment, and
 274                 configure and retrieve features from DAS annotation servers.</em></li>
 275                 <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
 276     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
 277     non-positional sequence features or database cross references
 278     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
 279   <li><strong>Alignment Properties...<br/>
 280     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 281     current alignment view and any named properties defined on the
 282     whole alignment.</em></li>
 283                 <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 284                 Window</a><br>
 285                 </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a
 286                 small window. A red box will indicate the currently visible area of
 287                 the alignment. Move the visible region using the mouse. </em></li>
 288         </ul>
 289         </li>
 290         <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 291         <ul>
 292                 <li><strong>Font...<br>
 293                 </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to
 294                 change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
 295                 (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></li>
 296                 <li><strong>Wrap<br>
 297                 </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 298                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the
 299                 alignment window. This is useful if your alignment has only a few
 300                 sequences to view its full width at once.<br>
 301                 Additional options for display of sequence numbering and scales are
 302                 also visible in wrapped layout mode:<br>
 303                 <ul>
 304                         <li><strong>Scale Above</strong><br>
 305                         Show the alignment column position scale.</li>
 306                         <li><strong>Scale Left</strong><br>
 307                         Show the sequence position for the first aligned residue in each row
 308                         in the left column of the alignment.</li>
 309                         <li><strong>Scale Right</strong><br>
 310                         Show the sequence position for the last aligned residue in each row
 311                         in the right-most column of the alignment.</li>
 312                 <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 313                 </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
 314                 and end position of the sequence appended to the name, in the format
 315                 NAME/START-END</em></li>
 316                 <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 317                 </strong><em>If this box is selected then the sequence names displayed in
 318                 the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of
 319                 the alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment
 320                 window.</li>
 321                 <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 322                 </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
 323                 rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</li>
 324                 <li><strong>Boxes</strong><em><br>
 325                 If this is selected the background of a residue will be coloured using
 326                 the selected background colour. Useful if used in conjunction with
 327                 &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 328                 <li><strong>Text<br>
 329                 </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
 330                 standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 331                 <li><strong>Colour Text<br>
 332                 </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according
 333                 to the background colour associated with that residue. The colour is
 334                 slightly darker than background so the amino acid symbol remains
 335                 visible. </em></li>
 336                 <li><strong>Show Gaps<br>
 337                 </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
 338                 &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters
 339                 will appear as blank spaces. <br>
 340                 You may set the default gap character in <a
 341                         href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
 342                         <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 343                         </strong><em>Select this to center labels along an annotation row
 344                         relative to their associated column (default is off, i.e. left-justified).</em></li>
 345                             <li><strong>Show Unconserved<br>
 346     </strong><em>When this is selected, all consensus sequence symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations in highly conserved alignments.
 347     </em></li>
 348
 349         </ul>
 350         <li><strong>Colour</strong>
 351         <ul>
 352                 <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 353                 </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 354                 colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 355                 </em></li>
 356                 <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 357                 Text...</a></strong><em><br>
 358                 Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for
 359                 light and dark background, and the intensity threshold for transition
 360                 between them. </em></li>
 361                 <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 362                 Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity,
 363                 Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried Index,
 364                 Nucleotide, User Defined<br>
 365                 </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for a
 366                 description of all colour schemes.</em><br>
 367                 </li>
 368                 <li><strong>By Conservation<br>
 369                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 370                 by Conservation</a>.</em><br>
 371                 </li>
 372                 <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 373                 </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
 374                 Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation'
 375                 option appears to be doing nothing!</em><br>
 376                 </li>
 377                 <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 378                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 379                 Percentage Identity</a></em><strong>.<br>
 380                 </strong></li>
 381                 <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 382                 </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 383                 Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 384                 </em></li>
 385                 <li><strong>By Annotation</strong><br>
 386                 <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified
 387                 annotation. See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 388                 Colouring</a>.</em><br>
 389                 </li>
 390         </ul>
 391         </li>
 392         <li><strong>Calculate</strong>
 393         <ul>
 394                 <li><strong>Sort </strong>
 395                 <ul>
 396                         <li><strong>by ID</strong><em><br>
 397                         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort
 398                         is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 399                         <li><strong>by Length</strong><em><br>
 400         This will sort the sequences according to their length (excluding gap characters). If the sort is
 401         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 402                 <li><strong>by Group</strong><strong><br>
 403                         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. If
 404                         the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
 405                         inverted. </em><strong></strong></li>
 406                         <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 407                         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
 408                         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put
 409                         at the top. </em></li>
 410                         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 411                         menu</a> will have some additional options if you have just done a
 412                         multiple alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>
 413                         </li>
 414                 </ul>
 415                 </li>
 416                 <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
 417                 <em>Functions for calculating trees on the alignment or the
 418                 currently selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 419                 trees</a>.</em>
 420                 <ul>
 421                         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 422                         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 423                         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 424                         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
 425                         </strong></li>
 426                 </ul>
 427                 </li>
 428                 <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
 429                 <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences.
 430                 See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>
 431                 </li>
 432                 <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
 433                 <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the
 434                 BLOSUM62 scores in the alignment. See <a
 435                         href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em> <br>
 436                 </li>
 437                 <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
 438                 <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
 439                 When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can
 440                 then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
 441                 </li>
 442                 <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
 443                 <em>For large alignments it can be useful to deselect
 444                 &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents the
 445                 sometimes lengthy calculations performed after each sequence edit.</em> <br>
 446                 </li>
 447         </ul>
 448         </li>
 449         <li><strong>Web Service<br>
 450         </strong>
 451           <ul><li><strong>Fetch DB References</strong><br>
 452   <em>This will use any of the database services that Jalview is aware
 453   of (e.g. DAS sequence servers and the WSDBFetch service provided by the EBI)
 454    to verify the sequence and retrieve all database cross references and PDB ids
 455    associated with all or just the selected sequences in the alignment.</em><br>
 456   </li>
 457         </ul>
 458         <em>Selecting one of the following menu items starts a remote
 459         service on compute facilities at the University of Dundee. You need a
 460         continuous network connection in order to use these services through
 461         Jalview. </em>
 462         <ul>
 463                 <li><strong>Alignment</strong>
 464                 <ul>
 465                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 466                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 467                         alignment with clustal W.</em></li>
 468                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment
 469                         Realign</strong><br>
 470                         <em> Submits the alignment or currently selected region for
 471                         re-alignment with clustal W. Use this if you have added some new
 472                         sequences to an existing alignment.</em></li>
 473                         <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 474                         <em>Submits all, or just the currently selected region for
 475                         alignment with MAFFT. </em></li>
 476                         <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>
 477                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 478                         alignment using Muscle. Do not use this if you are working with
 479                         nucleic acid sequences.</em></li>
 480                 </ul>
 481                 </li>
 482                 <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 483                 <ul>
 484                         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 485                         <em>Secondary structure prediction by network consensus. The
 486                         behaviour of this calculation depends on the current selection: </em></li>
 487                         <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences
 488                         appear to be aligned, then a JNet prediction will be run for the
 489                         first sequence in the alignment, using the current alignment.
 490                         Otherwise the first sequence will be submitted for prediction. </em></li>
 491                         <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence)
 492                         has been selected, it will be submitted to the automatic JNet
 493                         prediction server for homolog detection and prediction. </em></li>
 494                         <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear
 495                         to be aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction
 496                         on the <strong>first</strong> sequence in the set (that is, the one
 497                         that appears first in the alignment window). </em></li>
 498                 </ul>
 499                 </li>
 500         </ul>
 501         </li>
 502 </ul>
 503 </body>
 504 </html>