help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <html><head>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   5  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23   <title>Alignment Window Menus</title>
  24
  25
  26 </head><body>
  27 <p> <strong>Alignment Window Menus x</strong> </p>
  28
  29 <ul>
  30
  31   <li><strong>File</strong>
  32     <ul>
  33       <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  34         <em>Shows a dialog window in which you can retrieve known ids
  35 from Uniprot, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using Web
  36 Services provided by the European Bioinformatics Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> </em>.</li>
  37       <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  38 Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  39 paste window </em> </li>
  40       <li><strong>Reload</strong><em><br>
  41 Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  42         <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  43 colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  44 undone.</strong> </em> </li>
  45       <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  46 Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  47 the same format, updating the original in place. </em> </li>
  48       <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  49         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection
  50 window will open, use the "Files of type:" selection box to determine
  51 which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em>
  52       </li>
  53       <li><strong>Output to Textbox<br>
  54         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a
  55 new window, which you can "Copy and Paste" using the pull down menu, or
  56 your standard operating system copy and paste keys. The output window
  57 also has a <strong>"New Window"</strong> button to import the
  58 (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  59 Select the format of the text by selecting one of the following menu
  60 items.</em>
  61         <script src="../scripts/supported_format.js"></script>
  62         <ul>
  63           <li><strong>FASTA</strong> <em></em> </li>
  64           <li><strong>MSF</strong> </li>
  65           <li><strong>CLUSTAL</strong> </li>
  66           <li><strong>BLC</strong> </li>
  67           <li><strong>PIR</strong> </li>
  68           <li><strong>PFAM</strong> </li>
  69         </ul>
  70       </li>
  71       <li><strong>Print (Control P)<br>
  72         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current
  73 fonts and colours of your alignment. If the alignment has annotations
  74 visible, these will be printed below the alignment. If the alignment is
  75 wrapped the number of residues per line of your alignment will depend
  76 on the paper width or your alignment window width, whichever is the
  77 smaller. </em> </li>
  78       <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  79 Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  80 alignment background colours and group colours. If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  81 wrapped and will have the same visible residue width as the open
  82 alignment. </em>
  83         <ul>
  84           <li><strong>HTML<br>
  85             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>
  86 from your alignment.</em> </li>
  87           <li><strong>EPS<br>
  88             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  89 Postscript</a> file from your alignment.</em> </li>
  90           <li><strong>PNG<br>
  91             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
  92 Network Graphics</a> file from your alignment.</em> </li>
  93         </ul>
  94       </li>
  95       <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  96 All features visible on the alignment can be saved to file or displayed
  97 in a textbox in either Jalview or GFF format</em> </li>
  98       <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  99 All annotations visible on the alignment can be saved to file or
 100 displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em> </li>
 101       <li><strong>Load Associated Tree<br>
 102         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in the
 103 Newick file format, and associate them with the alignment. Note: the
 104 ids of the tree file and your alignment MUST be the same.</em></li>
 105       <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 106         </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
 107       <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
 108         <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
 109 alignment before you close - either as a Jalview project or by using
 110 the <strong>Save As</strong> menu.</em> </li>
 111     </ul>
 112   </li>
 113   <li><strong>Edit</strong>
 114     <ul>
 115       <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 116 This will undo any edits you make to the alignment. This applies to
 117 insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the
 118 alignment or pasting sequences to the current alignment or sorting the
 119 alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes,
 120 adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. </em> </li>
 121       <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 122         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using
 123 redo. </em> </li>
 124       <li><strong>Cut (Control X)<br>
 125         </strong><em>This will make a copy of the currently selected
 126 residues before removing them from your alignment. Click on a sequence
 127 name if you wish to select a whole sequence. <br>
 128 Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em> </li>
 129       <li><strong>Copy (Control C)</strong><br>
 130         <em>Copies the currently selected residues to the system
 131 clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 132 (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>
 133 If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will
 134 see the format of the copied residues FASTA.</em></li>
 135       <li><strong>Paste </strong>
 136         <ul>
 137           <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 138             </strong><em>A new alignment window will be created from
 139 sequences previously copied or cut to the system clipboard. <br>
 140 Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and
 141 &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.</em> </li>
 142           <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 143             </strong><em>Copied sequences from another alignment window
 144 can be added to the current Jalview alignment. </em> </li>
 145         </ul>
 146       </li>
 147       <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 148         </strong><em>This will delete the currently selected residues
 149 without copying them to the clipboard. Like the other edit operations,
 150 this can be undone with <strong>Undo</strong>.</em> </li>
 151       <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 152         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment
 153 will be trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a
 154 column, mouse click the scale bar above the alignment. Click again to
 155 unmark a column, or select "Deselect All" to deselect all columns.</em></li>
 156       <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 157         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment
 158 will be trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a
 159 column, mouse click the scale bar above the alignment. Click again to
 160 unmark a column, or select "Deselect All" to deselect all columns.</em></li>
 161       <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 162         </strong><em>All columns which only contain gap characters
 163 ("-", ".") will be deleted.<br>
 164 You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em> </li>
 165       <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 166         <em>Gap characters ("-", ".") will be deleted from the selected
 167 area of the alignment. If no selection is made, ALL the gaps in the
 168 alignment will be removed.<br>
 169 You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em> </li>
 170       <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 171         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking
 172 you to select a threshold. If the percentage identity between any two
 173 sequences (under the current alignment) exceeds this value then one of
 174 the sequences (the shorter) is discarded. Press the "Apply" button to
 175 remove redundant sequences. The "Undo" button will undo the last
 176 redundancy deletion.</em> </li>
 177       <li><strong>Pad Gaps<br>
 178         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at
 179 minimal width (so there no empty columns before or after the first or
 180 last aligned residue) and all sequences will be padded with gap
 181 characters to the before and after their terminating residues.<br>
 182 This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and
 183 when working with alignment analysis programs which require 'properly
 184 aligned sequences' to be all the same length.<br>
 185 You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em> </li>
 186     </ul>
 187   </li>
 188   <li><strong>Select</strong>
 189     <ul>
 190       <li><strong><a href="../features/search.html">Find... (Control F)</a>
 191         </strong><em><br>
 192 Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or
 193 residue position within the alignment and create new sequence features
 194 from the queries. </em> </li>
 195       <li><strong>Select All (Control A)<br>
 196         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the
 197 alignment. <br>
 198 Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></li>
 199       <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 200         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box)
 201 from the alignment window. All selected sequences, residues and marked
 202 columns will be deselected. </em><em> <br>
 203 Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
 204       <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 205         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will
 206 replace the current selection. </em> </li>
 207       <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
 208         </strong><em>Any columns currently not selected will replace
 209 the current column selection. </em> </li>
 210       <li><strong>Create Group (Control G)<br>
 211         </strong> <em>Create a group containing the currently selected
 212 sequences.</em></li>
 213       <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br>
 214         </strong> <em>Ungroup the currently selected sequence group.
 215 (Create/Remove group new in Jalview 2.8.1)</em></li>
 216       <li><strong>Make Groups for selection<br>
 217         </strong> <em>The currently selected groups of the alignment
 218 will be subdivided according to the contents of the currently selected
 219 region. <br>
 220 Use this to subdivide an alignment based on the different combinations
 221 of residues observed at specific positions. (new in jalview 2.5)</em> </li>
 222       <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 223         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 224         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em> </li>
 225     </ul>
 226   </li>
 227   <li><strong>View</strong>
 228     <ul>
 229       <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 230 Creates a new view from the current alignment view. </em> </li>
 231       <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 232 Display each view associated with the alignment in its own alignment
 233 window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em> </li>
 234       <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 235 Each view associated with the alignment will be displayed within its
 236 own tab on the current alignment window. </em> </li>
 237       <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns)</strong><em><br>
 238 All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be
 239 revealed. </em> </li>
 240       <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All
 241 but Selected Region )</strong><em><br>
 242 Hides the all the currently selected Columns / Sequences / Region or
 243 everything but the selected Region.</em> </li>
 244       <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 245         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll
 246 to display the highlighted sequence position corresponding to the
 247 position under the mouse pointer in a linked alignment or structure
 248 view.</em></li>
 249       <li><strong>Show Annotations<br>
 250         </strong><em>If this is selected the "Annotation Panel" will be
 251 displayed below the alignment. The default setting is to display the
 252 conservation calculation, quality calculation and consensus values as
 253 bar charts. </em> </li>
 254       <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
 255         </strong><em>Settings for the display of autocalculated
 256 annotation.</em>
 257         <ul>
 258           <li><strong>Apply to all groups<br>
 259             </strong><em> When ticked, any modification to the current
 260 settings will be applied to all autocalculated annotation.</em></li>
 261           <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
 262             </strong><em> Enable or disable the display of the
 263 histogram above the consensus sequence.</em></li>
 264           <li><strong>Show Consensus Logo<br>
 265             </strong><em> Enable or disable the display of the
 266 Consensus Logo above the consensus sequence.</em></li>
 267           <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
 268             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the
 269 same height, making it easier to compare symbol diversity in highly
 270 variable regions.</em></li>
 271           <li><strong>Group Conservation<br>
 272             </strong><em> When ticked, display a conservation row for
 273 all groups (only available for protein alignments).</em></li>
 274           <li><strong>Apply to all groups<br>
 275             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all
 276 groups.</em></li>
 277         </ul>
 278       </li>
 279       <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
 280         <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em> </li>
 281       <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence
 282 Feature Settings...</a> </strong><em><br>
 283         <em>Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control
 284 the colour and display of sequence features on the alignment, and
 285 configure and retrieve features from DAS annotation servers.</em> </em></li>
 286       <em> </em>
 287       <li><em><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application
 288 only) <br>
 289 This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
 290 non-positional sequence features or database cross references from the
 291 tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em> </em></li>
 292       <em> </em>
 293       <li><em><strong>Alignment Properties...<br>
 294         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 295 current alignment view and any named properties defined on the whole
 296 alignment.</em> </em></li>
 297       <em> </em>
 298       <li><em><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 299 Window</a><br>
 300         </strong><em>A scaled version of the alignment will be
 301 displayed in a small window. A red box will indicate the currently
 302 visible area of the alignment. Move the visible region using the mouse.
 303         </em> </em></li>
 304       <em> </em>
 305     </ul>
 306   </li>
 307   <em> </em>
 308   <li><em><strong>Alignment Window Format Menu</strong> </em>
 309     <ul>
 310       <em> </em>
 311       <li><em><strong>Font...<br>
 312         </strong><em>Opens the "Choose Font" dialog box, in order to
 313 change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
 314 (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></em></li>
 315       <em> </em>
 316       <li><em><strong>Wrap<br>
 317         </strong><em>When ticked, the alignment display is "<a href="../features/wrap.html">wrapped</a>" to the width of the
 318 alignment window. This is useful if your alignment has only a few
 319 sequences to view its full width at once.</em><br>
 320 Additional options for display of sequence numbering and scales are
 321 also visible in wrapped layout mode:<br>
 322         </em>
 323         <ul>
 324           <em> </em>
 325           <li><em><strong>Scale Above</strong><br>
 326             <em> Show the alignment column position scale.</em></em></li>
 327           <em> </em>
 328           <li><em><strong>Scale Left</strong><br>
 329             <em> Show the sequence position for the first aligned
 330 residue in each row in the left column of the alignment.</em></em></li>
 331           <em> </em>
 332           <li><em><strong>Scale Right</strong><br>
 333             <em> Show the sequence position for the last aligned
 334 residue in each row in the right-most column of the alignment.</em></em></li>
 335           <em> </em>
 336           <li><em><strong>Show Sequence Limits<br>
 337             </strong><em>If this box is selected the sequence name will
 338 have the start and end position of the sequence appended to the name,
 339 in the format NAME/START-END</em> </em></li>
 340           <em> </em>
 341           <li><em><strong>Right Align Sequence ID<br>
 342             </strong><em>If this box is selected then the sequence
 343 names displayed in the sequence label area will be aligned against the
 344 left-hand edge of the alignment display, rather than the left-hand edge
 345 of the alignment window. </em></em></li>
 346           <em><em> </em></em>
 347           <li><em><em><strong>Show Hidden Markers<br>
 348             </strong><em>When this box is selected, positions in the
 349 alignment where rows and columns are hidden will be marked by blue
 350 arrows. </em></em></em></li>
 351           <em><em><em> </em></em></em>
 352           <li><em><em><em><strong>Boxes</strong><em><br>
 353 If this is selected the background of a residue will be coloured using
 354 the selected background colour. Useful if used in conjunction with
 355 "Colour Text." </em> </em></em></em></li>
 356           <em><em><em> </em></em></em>
 357           <li><em><em><em><strong>Text<br>
 358             </strong><em>If this is selected the residues will be
 359 displayed using the standard 1 character amino acid alphabet.</em> </em></em></em></li>
 360           <em><em><em> </em></em></em>
 361           <li><em><em><em><strong>Colour Text<br>
 362             </strong><em>If this is selected the residues will be
 363 coloured according to the background colour associated with that
 364 residue. The colour is slightly darker than background so the amino
 365 acid symbol remains visible. </em> </em></em></em></li>
 366           <em><em><em> </em></em></em>
 367           <li><em><em><em><strong>Show Gaps<br>
 368             </strong><em>When this is selected, gap characters will be
 369 displayed as "." or "-". If unselected, then gap characters will appear
 370 as blank spaces. <br>
 371 You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em> </em></em></em></li>
 372           <em><em><em> </em></em></em>
 373           <li><em><em><em><strong>Centre Annotation Labels<br>
 374             </strong><em>Select this to center labels along an
 375 annotation row relative to their associated column (default is off,
 376 i.e. left-justified).</em> </em></em></em></li>
 377           <em><em><em> </em></em></em>
 378           <li><em><em><em><strong>Show Unconserved<br>
 379             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence
 380 symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations in highly
 381 conserved alignments. </em> </em></em></em></li>
 382           <em><em><em> </em></em></em>
 383         </ul>
 384       </li>
 385       <em><em><em> </em></em></em>
 386     </ul>
 387     <em><em><em> </em></em></em></li>
 388   <em><em><em> </em></em></em>
 389 </ul>
 390
 391 <em><em><em> </em></em></em>
 392 <li><em><em><em><strong>Colour</strong> </em></em></em>
 393   <ul>
 394     <em><em><em> </em></em></em>
 395     <li><em><em><em><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 396       </strong><em>If this is selected, any changes made to the
 397 background colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 398       </em> </em></em></em></li>
 399     <em><em><em> </em></em></em>
 400     <li><em><em><em><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 401 Text...</a> </strong><em><br>
 402 Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for
 403 light and dark background, and the intensity threshold for transition
 404 between them. </em> </em></em></em></li>
 405     <em><em><em> </em></em></em>
 406     <li><em><em><em>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 407 Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity,
 408 Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried Index,
 409 Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>
 410       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>
 411 for a description of all colour schemes.</em><br>
 412       </em></em></em></li>
 413     <em><em><em> </em></em></em>
 414     <li><em><em><em><strong>By Conservation<br>
 415       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 416 by Conservation</a>.</em><br>
 417       </em></em></em></li>
 418     <em><em><em> </em></em></em>
 419     <li><em><em><em><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 420       </strong><em>Use this to display the conservation threshold
 421 slider window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
 422 conservation' option appears to be doing nothing!</em><br>
 423       </em></em></em></li>
 424     <em><em><em> </em></em></em>
 425     <li><em><em><em><strong>Above Identity Threshold<br>
 426       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 427 Percentage Identity</a> </em><strong>.<br>
 428       </strong> </em></em></em></li>
 429     <em><em><em> </em></em></em>
 430     <li><em><em><em><strong>Modify Identity Threshold<br>
 431       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring
 432 above Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 433       </em> </em></em></em></li>
 434     <em><em><em> </em></em></em>
 435     <li><em><em><em><strong>By Annotation</strong><br>
 436       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified
 437 annotation. See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 438 Colouring</a>.</em><br>
 439       </em></em></em></li>
 440     <em><em><em> </em></em></em>
 441     <li><em><em><em><strong>By RNA Helices</strong><br>
 442       <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a
 443 Stockholm file. See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
 444 Helices Colouring</a>.</em><br>
 445       </em></em></em></li>
 446     <em><em><em> </em></em></em>
 447   </ul>
 448 </li>
 449
 450 <em><em><em> </em></em></em>
 451 <li><em><em><em><strong>Calculate</strong> </em></em></em>
 452   <ul>
 453     <em><em><em> </em></em></em>
 454     <li><em><em><em><strong>Sort </strong> </em></em></em>
 455       <ul>
 456         <em><em><em> </em></em></em>
 457         <li><em><em><em><strong>by ID</strong><em><br>
 458 This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is
 459 repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em> </em></em></em></li>
 460         <em><em><em> </em></em></em>
 461         <li><em><em><em><strong>by Length</strong><em><br>
 462 This will sort the sequences according to their length (excluding gap
 463 characters). If the sort is repeated, the order of the sorted sequences
 464 will be inverted. </em></em></em></em></li>
 465         <em><em><em> </em></em></em>
 466         <li><em><em><em><strong>by Group</strong><strong><br>
 467           </strong><em>This will sort the sequences according to
 468 sequence name. If the sort is repeated, the order of the sorted
 469 sequences will be inverted. </em><strong></strong></em></em></em></li>
 470         <em><em><em> </em></em></em>
 471         <li><em><em><em><strong>by Pairwise Identity<br>
 472           </strong><em>This will sort the selected sequences by their
 473 percentage identity to the consensus sequence. The most similar
 474 sequence is put at the top. </em></em></em></em></li>
 475         <em><em><em> </em></em></em>
 476         <li><em><em><em><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 477 menu</a> will have some additional options if you have just done a
 478 multiple alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>
 479           </em></em></em></li>
 480         <em><em><em> </em></em></em>
 481       </ul>
 482       <em><em><em> </em></em></em></li>
 483     <em><em><em> </em></em></em>
 484     <li><em><em><em><strong>Calculate Tree </strong> <br>
 485       <em>Functions for calculating trees on the alignment or the
 486 currently selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 487 trees</a>.</em> </em></em></em>
 488       <ul>
 489         <em><em><em> </em></em></em>
 490         <li><em><em><em><strong>Average Distance Using % Identity</strong></em></em></em></li>
 491         <em><em><em> </em></em></em>
 492         <li><em><em><em><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></em></em></em></li>
 493         <em><em><em> </em></em></em>
 494         <li><em><em><em><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></em></em></em></li>
 495         <em><em><em> </em></em></em>
 496         <li><em><em><em><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
 497           </strong></em></em></em></li>
 498         <em><em><em> </em></em></em>
 499       </ul>
 500       <em><em><em> <strong>Note: Since Version 2.8.1, a number of
 501 additional similarity measures for tree calculation are provided in
 502 this menu.</strong> </em></em></em></li>
 503     <em><em><em> </em></em></em>
 504     <li><em><em><em><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
 505       <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences.
 506 See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>
 507       </em></em></em></li>
 508     <em><em><em> </em></em></em>
 509     <li><em><em><em><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
 510       <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on
 511 similarity scores calculated with the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em>
 512       <br>
 513       </em></em></em></li>
 514     <em><em><em> </em></em></em>
 515     <li><em><em><em><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
 516       <em>This option is only visible if Jalview detects one or more
 517 white-space separated values in the description line of the alignment
 518 sequences.<br>
 519 When selected, these numbers are parsed into sequence associated
 520 annotation which can then be used to sort the alignment via the Sort
 521 by&#8594;Score menu.</em> <br>
 522       </em></em></em></li>
 523     <em><em><em> </em></em></em>
 524     <li><em><em><em><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
 525       <em>For large alignments it can be useful to deselect
 526 "Autocalculate Consensus" when editing. This prevents the sometimes
 527 lengthy calculations performed after each sequence edit.</em> <br>
 528       </em></em></em></li>
 529     <em><em><em> </em></em></em>
 530     <li><em><em><em><strong>Sort With New Tree</strong><br>
 531       <em>When enabled, Jalview will automatically sort the alignment
 532 when a new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br>
 533       </em></em></em></li>
 534     <em><em><em> </em></em></em>
 535     <li><em><em><em><strong>Show Flanking Regions</strong><br>
 536       <em>Opens a new alignment window showing any additional sequence
 537 data either side of the current alignment. Useful in conjunction with
 538 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved Sequences' option
 539 is disabled to retrieve full length sequences for a set of aligned
 540 peptides. </em></em></em></em></li>
 541     <em><em><em> </em></em></em>
 542   </ul>
 543 </li>
 544
 545 <em><em><em> </em></em></em>
 546 <li><em><em><em><strong>Web Service Menu</strong><br>
 547   <em>This menu is dynamic, and may contain user-defined web service
 548 entries in addition to any of the following ones:</em> </em></em></em>
 549   <ul>
 550     <em><em><em> </em></em></em>
 551     <li><em><em><em><strong>Fetch DB References</strong><br>
 552       <em>This submenu contains options for accessing any of the
 553 database services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers
 554 and the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify sequence
 555 start/end positions and retrieve all database cross references and PDB
 556 ids associated with all or just the selected sequences in the
 557 alignment. </em></em></em></em>
 558       <ul>
 559         <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 560         <li><em><em><em><em>'Trim Retrieved Sequences' - when checked,
 561 Jalview will discard any additional sequence data for accessions
 562 associated with sequences in the alignment. <br>
 563           <strong>Note: Disabling this could cause out of memory errors
 564 when working with genomic sequence records !</strong><br>
 565           <strong>Added in Jalview 2.8.1</strong> </em></em></em></em></li>
 566         <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 567         <li><em><em><em><em>'Standard Databases' will check sequences
 568 against the EBI databases plus any active DAS sequence sources&lt;</em></em></em></em></li>
 569         <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 570       </ul>
 571       <em><em><em><em> Other sub-menus allow you to pick a specific
 572 source to query - sources are listed alphabetically according to their
 573 nickname. </em><br>
 574       </em></em></em></li>
 575     <em><em><em> </em></em></em>
 576   </ul>
 577   <em><em><em> </em></em></em>
 578   <p><em><em><em>Selecting items from the following submenus will start
 579 a remote service on compute facilities at the University of Dundee, or
 580 elsewhere. You need a continuous network connection in order to use
 581 these services through Jalview. </em></em></em></p>
 582   <em><em><em> </em></em></em>
 583   <ul>
 584     <em><em><em> </em></em></em>
 585     <li><em><em><em><strong>Alignment</strong><br>
 586       <em> Align the currently selected sequences or all sequences in
 587 the alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
 588 sequences. Entries in this menu provide access to the various alignment
 589 programs supported by <a href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>.
 590 See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
 591 Alignment webservice client</a> entry for more information.</em></em></em></em></li>
 592     <em><em><em> </em></em></em>
 593     <li><em><em><em><strong>Secondary Structure Prediction</strong> </em></em></em>
 594       <ul>
 595         <em><em><em> </em></em></em>
 596         <li><em><em><em><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 597           <em>Secondary structure prediction by network consensus. See
 598 the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred3</a> client entry for
 599 more information. The behaviour of this calculation depends on the
 600 current selection: </em></em></em></em>
 601           <ul>
 602             <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 603             <li><em><em><em><em>If nothing is selected, and the
 604 displayed sequences appear to be aligned, then a JNet prediction will
 605 be run for the first sequence in the alignment, using the current
 606 alignment. Otherwise the first sequence will be submitted for
 607 prediction.</em></em></em></em></li>
 608             <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 609             <li><em><em><em><em>If just one sequence (or a region on
 610 one sequence) has been selected, it will be submitted to the automatic
 611 JNet prediction server for homolog detection and prediction.</em></em></em></em></li>
 612             <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 613             <li><em><em><em><em>If a set of sequences are selected, and
 614 they appear to be aligned, then the alignment will be used for a Jnet
 615 prediction on the <strong>first</strong> sequence in the set (that is,
 616 the one that appears first in the alignment window). </em></em></em></em></li>
 617             <em><em><em><em> </em></em></em></em>
 618           </ul>
 619           <em><em><em><em> </em> </em></em></em></li>
 620       </ul>
 621     </li>
 622     <em><em><em> </em></em></em>
 623     <li><em><em><em><strong>Analysis</strong><br>
 624       </em></em></em>
 625       <ul>
 626         <em><em><em> </em></em></em>
 627         <li><em><em><em><strong>Multi-Harmony</strong><br>
 628           <em>Performs functional residue analysis on a protein family
 629 alignment with sub-families defined on it. See the <a href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony service</a> entry for
 630 more information.</em> </em></em></em></li>
 631         <em><em><em> </em></em></em>
 632       </ul>
 633     </li>
 634     <em><em><em> </em></em></em>
 635   </ul>
 636 </li>
 637
 638 <em><em><em> </em></em></em>
 639 </body></html>