help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <!-- NOTE: THIS PAGE COLLECTS TOGETHER THE INDIVIDUAL ALIGNMENT WINDOW MENU PAGES - DON"T EDIT INDIVIDUAL ENTRIES HERE!  -->
  28   <p>
  29     <strong>Alignment Window Menus</strong>
  30   </p>
  31   <ul>
  32     <li><strong>File</strong>
  33       <ul>
  34         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br> <em>Shows
  35             a dialog window in which you can retrieve known ids from
  36             UniProt, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using
  37             Web Services provided by the European Bioinformatics
  38             Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
  39               Fetcher</a>
  40         </em>.</li>
  41         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br> Add
  42             sequences to the visible alignment from file, URL, or cut
  43             &amp; paste window </em></li>
  44         <li><strong>Reload</strong><em><br> Reloads the
  45             alignment from the original file, if available.<br> <strong>Warning:
  46               This will delete any edits, analyses and colourings
  47               applied since the alignment was last saved, and cannot be
  48               undone.</strong> </em></li>
  49         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  50             Saves the alignment to the file it was loaded from (if
  51             available), in the same format, updating the original in
  52             place. </em></li>
  53         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  54         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection
  55             window will open, use the &quot;Files of type:&quot;
  56             selection box to determine which <a href="../io/index.html">alignment
  57               format</a> to save as.
  58         </em></li>
  59         <li><strong>Output to Textbox<br>
  60         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  61             window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the
  62             pull down menu, or your standard operating system copy and
  63             paste keys. The output window also has a <strong>&quot;New
  64               Window&quot;</strong> button to import the (possibly edited) text
  65             as a new alignment.<br> Select the format of the text
  66             by selecting one of the following menu items.
  67         </em>
  68           <ul>
  69             <li><strong>FASTA</strong></li>
  70             <li><strong>MSF</strong></li>
  71             <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  72             <li><strong>BLC</strong></li>
  73             <li><strong>PIR</strong></li>
  74             <li><strong>PFAM</strong></li>
  75             <li><strong>PileUp</strong></li>
  76             <li><strong>AMSA</strong></li>
  77             <li><strong>STH</strong></li>
  78             <li><strong>Phylip</strong></li>
  79             <li><strong>JSON</strong></li>
  80           </ul></li>
  81         <li><strong>Page Setup ...</strong><br> <em>Open
  82             the printing system's Page Setup dialog box, to control page
  83             size, layout and orientation.</em></li>
  84         <li><strong>Print (Control P)<br>
  85         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current
  86             fonts and colours of your alignment. If the alignment has
  87             annotations visible, these will be printed below the
  88             alignment. If the alignment is wrapped the number of
  89             residues per line of your alignment will depend on the paper
  90             width or your alignment window width, whichever is the
  91             smaller. </em></li>
  92         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  93             Creates an alignment graphic with the current view's
  94             annotation, alignment background colours and group colours.
  95             If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>,
  96             the output will also be wrapped and will have the same
  97             visible residue width as the open alignment. </em>
  98           <ul>
  99             <li><strong>HTML<br>
 100             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>
 101                 from your alignment.
 102             </em></li>
 103             <li><strong>EPS<br>
 104             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
 105                   Postscript</a> file from your alignment.
 106             </em></li>
 107             <li><strong>PNG<br>
 108             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
 109                   Network Graphics</a> file from your alignment.
 110             </em></li>
 111             <li><strong>SVG<br>
 112             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Scalable
 113                   Vector Graphics</a> file from your alignment for embedding
 114                 in web pages.
 115             </em></li>
 116             <li><strong>BioJS<br>
 117             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">BioJS MSA
 118                   Viewer HTML </a> file from your alignment.
 119             </em></li>
 120           </ul></li>
 121         <li><strong>Export Features</strong><em><br> All
 122             features visible on the alignment can be saved to file or
 123             displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 124         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
 125             All annotations visible on the alignment can be saved to
 126             file or displayed in a textbox in Jalview annotations
 127             format. </em></li>
 128         <li><strong>Load Associated Tree<br>
 129         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 130               trees</a> stored in the Newick file format, and associate them
 131             with the alignment. Note: the ids of the tree file and your
 132             alignment MUST be the same.
 133         </em></li>
 134         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 135         </strong><em>Load files describing precalculated <a
 136             href="../features/featuresFormat.html">sequence
 137               features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment
 138               annotations</a>.
 139         </em></li>
 140         <li><strong>Close (Control W)</strong><br> <em>Close
 141             the alignment window. Make sure you have saved your
 142             alignment before you close - either from the Desktop's <strong>Save
 143               Project</strong> File menu option, or by using the <strong>Save
 144               As</strong> menu.
 145         </em></li>
 146       </ul></li>
 147     <li><strong>Edit</strong>
 148       <ul>
 149         <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 150             This will undo any edits you make to the alignment. This
 151             applies to insertion or deletion of gaps, cutting residues
 152             or sequences from the alignment or pasting sequences to the
 153             current alignment or sorting the alignment. <strong>NOTE:</strong>
 154             It DOES NOT undo colour changes, adjustments to group sizes,
 155             or changes to the annotation panel. </em></li>
 156         <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 157         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 158         <li><strong>Cut (Control X)<br>
 159         </strong><em>This will make a copy of the currently selected
 160             residues before removing them from your alignment. Click on
 161             a sequence name if you wish to select a whole sequence. <br>
 162             Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to
 163             cut.
 164         </em></li>
 165         <li><strong>Copy (Control C)</strong><br> <em>Copies
 166             the currently selected residues to the system clipboard -
 167             you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 168             (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br> If you try to
 169             paste the clipboard contents to a text editor, you will see
 170             the format of the copied residues FASTA.
 171         </em></li>
 172         <li><strong>Paste </strong>
 173           <ul>
 174             <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 175             </strong><em>A new alignment window will be created from
 176                 sequences previously copied or cut to the system
 177                 clipboard. <br> Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt;
 178                 and V(&lt;APPLE&gt; and &lt;SHIFT;&gt; and and V on
 179                 MacOSX) to paste.
 180             </em></li>
 181             <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 182             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can
 183                 be added to the current Jalview alignment. </em></li>
 184           </ul></li>
 185         <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 186         </strong><em>This will delete the currently selected residues
 187             without copying them to the clipboard. Like the other edit
 188             operations, this can be undone with <strong>Undo</strong>.
 189         </em></li>
 190         <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 191         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 192             be trimmed to the left of the leftmost marked column. To
 193             mark a column, mouse click the scale bar above the
 194             alignment. Click again to unmark a column, or select
 195             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 196         <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 197         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 198             be trimmed to the right of the rightmost marked column. To
 199             mark a column, mouse click the scale bar above the
 200             alignment. Click again to unmark a column, or select
 201             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 202         <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 203         </strong><em>All columns which only contain gap characters
 204             (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted.<br> You
 205             may set the default gap character in <a
 206             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 207         </em></li>
 208         <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 209           <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be
 210             deleted from the selected area of the alignment. If no
 211             selection is made, ALL the gaps in the alignment will be
 212             removed.<br> You may set the default gap character in <a
 213             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 214         </em></li>
 215         <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 216         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to
 217             select a threshold. If the percentage identity between any
 218             two sequences (under the current alignment) exceeds this
 219             value then one of the sequences (the shorter) is discarded.
 220             Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant
 221             sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last
 222             redundancy deletion.</em></li>
 223         <li><strong>Pad Gaps<br>
 224         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal
 225             width (so there are no empty columns before or after the
 226             first or last aligned residue) and all sequences will be
 227             padded with gap characters before and after their
 228             terminating residues.<br> This switch is useful when
 229             making a tree using unaligned sequences and when working
 230             with alignment analysis programs which require 'properly
 231             aligned sequences' to be all the same length.<br> You
 232             may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 233             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 234         </em></li>
 235       </ul></li>
 236     <li><strong>Select</strong>
 237       <ul>
 238         <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
 239               (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
 240             search for residues, sequence name or residue position
 241             within the alignment and create new sequence features from
 242             the queries. </em>
 243         <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
 244         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the
 245             alignment. <br> Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt;
 246             and A on a MacOSX) to select all.
 247         </em></em></li>
 248         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 249         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from
 250             the alignment window. All selected sequences, residues and
 251             marked columns will be deselected. </em><em> <br> Use
 252             &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
 253         </em></li>
 254         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 255         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace
 256             the current selection. </em></li>
 257         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt
 258             I)<br>
 259         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the
 260             current column selection. </em></li>
 261         <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
 262             a group containing the currently selected sequences.</em></li>
 263         <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong>
 264           <em>Ungroup the currently selected sequence group.</em></li>
 265         <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
 266             currently selected groups of the alignment will be
 267             subdivided according to the contents of the currently
 268             selected region. <br />Use this to subdivide an alignment
 269             based on the different combinations of residues at marked
 270             columns.
 271         </em></li>
 272         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 273         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 274             <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
 275         </em></li>
 276         <li><strong><a
 277             href="../features/columnFilterByAnnotation.html">Select/Hide
 278               Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select or Hide
 279             columns in the alignment according to secondary structure,
 280             labels and values shown in alignment annotation rows. </em></li>
 281         <li><strong>Select Highlighted Columns</strong> <br /> <em>Selects
 282         the columns currently highlighted as a result of a find, mouse
 283         over, or selection event from a linked structure viewer or other
 284         application. Modifiers will work on some platforms: ALT will add
 285         all but the highlighted set to the column selection, and CTRL
 286         (or META) will toggle the selection. </em></li>
 287       </ul></li>
 288     <li><strong>View</strong>
 289       <ul>
 290         <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 291             Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 292         <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 293             Display each view associated with the alignment in its own
 294             alignment window, allowing several views to be displayed
 295             simultaneously. </em></li>
 296         <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 297             Each view associated with the alignment will be displayed
 298             within its own tab on the current alignment window. </em></li>
 299         <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
 300             Sequences and Columns)</strong><em><br> All hidden Columns
 301             / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 302         <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
 303             Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 304             Hides the all the currently selected Columns / Sequences /
 305             Region or everything but the selected Region.</em></li>
 306         <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 307         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
 308             display the highlighted sequence position corresponding to
 309             the position under the mouse pointer in a linked alignment
 310             or structure view.</em></li>
 311         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
 312             or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 313         <li><strong><a
 314             href="../features/featuresettings.html">Sequence
 315               Feature Settings...</a> </strong><em><br> <em>Opens the
 316               Sequence Feature Settings dialog box to control the colour
 317               and display of sequence features on the alignment, and
 318               configure and retrieve features from DAS annotation
 319               servers.</em></li>
 320         <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em>
 321             (application only) <br>This submenu's options allow the
 322             inclusion or exclusion of non-positional sequence features
 323             or database cross references from the tooltip shown when the
 324             mouse hovers over the sequence ID panel.
 325         </em></li>
 326         <li><strong>Alignment Properties...<br />
 327         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 328             current alignment view and any named properties defined on
 329             the whole alignment.</em></li>
 330         <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 331               Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
 332             will be displayed in a small window. A red box will indicate
 333             the currently visible area of the alignment. Move the
 334             visible region using the mouse. </em></li>
 335       </ul></li>
 336     <li><strong>Annotations</strong><em> (Since Jalview 2.8.2)</em>
 337       <ul>
 338         <li><strong>Show Annotations<br>
 339         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot;
 340             will be displayed below the alignment. The default setting
 341             is to display the conservation calculation, quality
 342             calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
 343         <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
 344             Show all annotations that are for the alignment as a whole
 345             (for example, Consensus, or secondary structure prediction
 346             from alignment).</em></li>
 347         <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
 348             Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
 349         <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
 350             Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 351         <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
 352             Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 353         <li><em>You can also selectively show or hide
 354             annotations from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or
 355             <a href="../features/annotation.html">Annotation</a> menus.
 356         </em></li>
 357         <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
 358             sequence-specific annotations by sequence order in the
 359             alignment (and within that, by label).</em></li>
 360         <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
 361             sequence-specific annotations by label (and within that, by
 362             sequence order). If neither sort order is selected, no
 363             sorting is applied, allowing you to make a manual ordering
 364             of the annotations.</em></li>
 365         <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
 366         </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
 367           <ul>
 368             <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
 369                 autocalculated annotations above sequence-specific
 370                 annotations. Note this also applies to other annotations
 371                 for the alignment, for example secondary structure
 372                 prediction from alignment.</em></li>
 373             <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
 374                 autocalculated / alignment annotations below
 375                 sequence-specific annotations.</em></li>
 376             <li><strong>Apply to all groups<br>
 377             </strong><em> When ticked, any modification to the current
 378                 settings will be applied to all autocalculated
 379                 annotation.</em></li>
 380             <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
 381             </strong><em> Enable or disable the display of the histogram
 382                 above the consensus sequence.</em></li>
 383             <li><strong>Show Consensus Logo<br>
 384             </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus
 385                 Logo above the consensus sequence.</em></li>
 386             <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
 387             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
 388                 height, making it easier to compare symbol diversity in
 389                 highly variable regions.</em></li>
 390             <li><strong>Group Conservation<br>
 391             </strong><em> When ticked, display a conservation row for all
 392                 groups (only available for protein alignments).</em></li>
 393             <li><strong>Group Consensus<br>
 394             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all
 395                 groups.</em></li>
 396           </ul></li>
 397       </ul></li>
 398     <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 399       <ul>
 400         <li><strong>Font...<br>
 401         </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order
 402             to change the font of the display and enable or disable
 403             'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster alignment
 404             rendering. </em></li>
 405         <li><strong>Wrap<br>
 406         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 407             href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to
 408             the width of the alignment window. This is useful if your
 409             alignment has only a few sequences to view its full width at
 410             once.
 411         </em><br> Additional options for display of sequence numbering
 412           and scales are also visible in wrapped layout mode:<br>
 413           <ul>
 414             <li><strong>Scale Above</strong><br> <em>
 415                 Show the alignment column position scale.</em></li>
 416             <li><strong>Scale Left</strong><br> <em> Show
 417                 the sequence position for the first aligned residue in
 418                 each row in the left column of the alignment.</em></li>
 419             <li><strong>Scale Right</strong><br> <em>
 420                 Show the sequence position for the last aligned residue
 421                 in each row in the right-most column of the alignment.</em></li>
 422             <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 423             </strong><em>If this box is selected the sequence name will have
 424                 the start and end position of the sequence appended to
 425                 the name, in the format NAME/START-END</em></li>
 426             <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 427             </strong><em>If this box is selected then the sequence names
 428                 displayed in the sequence label area will be aligned
 429                 against the left-hand edge of the alignment display,
 430                 rather than the left-hand edge of the alignment window.
 431             </li>
 432             <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 433             </strong><em>When this box is selected, positions in the
 434                 alignment where rows and columns are hidden will be
 435                 marked by blue arrows. </li>
 436             <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is
 437                 selected the background of a residue will be coloured
 438                 using the selected background colour. Useful if used in
 439                 conjunction with &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 440             <li><strong>Text<br>
 441             </strong><em>If this is selected the residues will be displayed
 442                 using the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 443             <li><strong>Colour Text<br>
 444             </strong><em>If this is selected the residues will be coloured
 445                 according to the background colour associated with that
 446                 residue. The colour is slightly darker than background
 447                 so the amino acid symbol remains visible. </em></li>
 448             <li><strong>Show Gaps<br>
 449             </strong><em>When this is selected, gap characters will be
 450                 displayed as &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If
 451                 unselected, then gap characters will appear as blank
 452                 spaces. <br> You may set the default gap character
 453                 in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 454             </em></li>
 455             <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 456             </strong><em>Select this to center labels along an annotation
 457                 row relative to their associated column (default is off,
 458                 i.e. left-justified).</em></li>
 459             <li><strong>Show Unconserved<br>
 460             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence
 461                 symbols will be rendered as a '.', highlighting
 462                 mutations in highly conserved alignments. </em></li>
 463
 464           </ul></li>
 465       </ul></li>
 466
 467   </ul>
 468   </li>
 469
 470   <li><strong>Colour</strong>
 471     <ul>
 472       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 473       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 474           colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 475       </em></li>
 476       <li><strong><a
 477           href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 478             Text...</a> </strong><em><br> Opens the Colour Text dialog box
 479           to set a different text colour for light and dark background,
 480           and the intensity threshold for transition between them. </em></li>
 481       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 482           Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
 483           Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
 484           Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User
 485           Defined<br>
 486       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>
 487           for a description of all colour schemes.
 488       </em><br></li>
 489       <li><strong>By Conservation<br>
 490       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 491             by Conservation</a>.
 492       </em><br></li>
 493       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 494       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
 495           window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
 496           conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
 497       <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 498       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 499             Percentage Identity</a>
 500       </em><strong>.<br>
 501       </strong></li>
 502       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 503       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 504           Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 505       </em></li>
 506       <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
 507           the alignment on a per-column value from a specified
 508           annotation. See <a
 509           href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 510             Colouring</a>.
 511       </em><br></li>
 512       <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
 513           the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
 514           See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
 515             Helices Colouring</a>.
 516       </em><br></li>
 517     </ul></li>
 518   <li><strong>Calculate</strong>
 519     <ul>
 520       <li><strong>Sort </strong>
 521         <ul>
 522           <li><strong>by ID</strong><em><br> This will
 523               sort the sequences according to sequence name. If the sort
 524               is repeated, the order of the sorted sequences will be
 525               inverted. </em></li>
 526           <li><strong>by Length</strong><em><br> This
 527               will sort the sequences according to their length
 528               (excluding gap characters). If the sort is repeated, the
 529               order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 530           <li><strong>by Group</strong><strong><br> </strong><em>This
 531               will sort the sequences according to sequence name. If the
 532               sort is repeated, the order of the sorted sequences will
 533               be inverted. </em><strong></strong></li>
 534           <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 535           </strong><em>This will sort the selected sequences by their
 536               percentage identity to the consensus sequence. The most
 537               similar sequence is put at the top. </em></li>
 538           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 539                 menu</a> will have some additional options if you have just
 540               done a multiple alignment calculation, or opened a tree
 541               viewer window.
 542           </em><br></li>
 543         </ul></li>
 544       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br> <em>Functions
 545           for calculating trees on the alignment or the currently
 546           selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 547             trees</a>.
 548       </em>
 549         <ul>
 550           <li><strong>Neighbour Joining Using PAM250 </strong></li>
 551           <li><strong>Neighbour Joining Using Sequence
 552               Feature Similarity</strong></li>
 553           <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62 </strong></li>
 554           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 555           <li><strong>Average Distance Using PAM250 </strong></li>
 556           <li><strong>Average Distance Using Sequence
 557               Feature Similarity</strong></li>
 558           <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 559           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 560         </ul> <strong>Note: Since Version 2.8.1, a number of
 561           additional similarity measures for tree calculation are
 562           provided in this menu.</strong></li>
 563       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
 564           Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
 565           href="../calculations/pairwise.html">pairwise
 566             alignments</a>.
 567       </em><br></li>
 568       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br> <em>Shows
 569           a spatial clustering of the sequences based on similarity
 570           scores calculated with the alignment. See <a
 571           href="../calculations/pca.html">Principal
 572             Component Analysis</a>.
 573       </em> <br></li>
 574       <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
 575           option is only visible if Jalview detects one or more
 576           white-space separated values in the description line of the
 577           alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
 578           parsed into sequence associated annotation which can then be
 579           used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
 580       </em> <br></li>
 581       <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
 582           large alignments it can be useful to deselect
 583           &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This
 584           prevents the sometimes lengthy calculations performed after
 585           each sequence edit.</em> <br></li>
 586       <li><strong>Sort With New Tree</strong><br> <em>When
 587           enabled, Jalview will automatically sort the alignment when a
 588           new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br></li>
 589       <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
 590           a new alignment window showing any additional sequence data
 591           either side of the current alignment. Useful in conjunction
 592           with 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved
 593           Sequences' option is disabled to retrieve full length
 594           sequences for a set of aligned peptides. </em></li>
 595     </ul></li>
 596
 597   <li><strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu
 598       is dynamic, and may contain user-defined web service entries in
 599       addition to any of the following ones:</em>
 600     <ul>
 601       <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
 602           submenu contains options for accessing any of the database
 603           services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers
 604           and the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify
 605           sequence start/end positions and retrieve all database cross
 606           references and PDB ids associated with all or just the
 607           selected sequences in the alignment.
 608           <ul>
 609             <li>'Trim Retrieved Sequences' - when checked, Jalview
 610               will discard any additional sequence data for accessions
 611               associated with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
 612                 Disabling this could cause out of memory errors when
 613                 working with genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
 614                 in Jalview 2.8.1</strong>
 615             </li>
 616             <li>'Standard Databases' will check sequences against
 617               the EBI databases plus any active DAS sequence sources<</li>
 618           </ul> Other sub-menus allow you to pick a specific source to query
 619           - sources are listed alphabetically according to their
 620           nickname.
 621       </em><br></li>
 622     </ul>
 623     <p>Selecting items from the following submenus will start a
 624       remote service on compute facilities at the University of Dundee,
 625       or elsewhere. You need a continuous network connection in order to
 626       use these services through Jalview.</p>
 627     <ul>
 628       <li><strong>Alignment</strong><br /> <em> Align the
 629           currently selected sequences or all sequences in the
 630           alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
 631           sequences. Entries in this menu provide access to the various
 632           alignment programs supported by <a
 633           href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>. See the
 634           <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
 635             Alignment webservice client</a> entry for more information.
 636       </em></li>
 637       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 638         <ul>
 639           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 640             <em>Secondary structure prediction by network
 641               consensus. See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred</a>
 642               client entry for more information. The behaviour of this
 643               calculation depends on the current selection:
 644               <ul>
 645                 <li>If nothing is selected, and the displayed
 646                   sequences appear to be aligned, then a JPred prediction
 647                   will be run for the first sequence in the alignment,
 648                   using the current alignment. Otherwise the first
 649                   sequence will be submitted for prediction.</li>
 650                 <li>If just one sequence (or a region on one
 651                   sequence) has been selected, it will be submitted to
 652                   the automatic JPred prediction server for homolog
 653                   detection and prediction.</li>
 654                 <li>If a set of sequences are selected, and they
 655                   appear to be aligned, then the alignment will be used
 656                   for a JPred prediction on the <strong>first</strong>
 657                   sequence in the set (that is, the one that appears
 658                   first in the alignment window).
 659                 </li>
 660               </ul>
 661           </em>
 662         </ul></li>
 663       <li><strong>Analysis</strong><br />
 664         <ul>
 665           <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
 666               functional residue analysis on a protein family alignment
 667               with sub-families defined on it. See the <a
 668               href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony
 669                 service</a> entry for more information.
 670           </em></li>
 671         </ul></li>
 672     </ul></li>
 673   </ul>
 674
 675 </body>
 676 </html>