help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Alignment Window Menus</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>
  42         <li><strong>File</strong>
  43         <ul>
  44                 <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  45                 <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  46                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  47                 the European Bioinformatics Institute. See <a
  48                         href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  49                 <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  50                 Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  51                 paste window </em></li>
  52                 <li><strong>Reload</strong><em><br>
  53                 Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  54                 <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  55                 colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  56                 undone.</strong></em></li>
  57                 <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  58                 Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  59                 the same format, updating the original in place. </em></li>
  60                 <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  61                 </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window
  62                 will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to
  63                 determine which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to
  64                 save as.</em></li>
  65                 <li><strong>Output to Textbox<br>
  66                 </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  67                 window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down
  68                 menu, or your standard operating system copy and paste keys. The
  69                 output window also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong>
  70                 button to import the (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  71                 Select the format of the text by selecting one of the following menu
  72                 items.</em>
  73                 <ul>
  74                         <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  75                         <li><strong>MSF</strong></li>
  76                         <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  77                         <li><strong>BLC</strong></li>
  78                         <li><strong>PIR</strong></li>
  79                         <li><strong>PFAM</strong></li>
  80                 </ul>
  81                 </li>
  82                 <li><strong>Print (Control P)<br>
  83                 </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  84                 colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  85                 these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  86                 the number of residues per line of your alignment will depend on the
  87                 paper width or your alignment window width, whichever is the smaller.
  88                 </em></li>
  89                 <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  90                 Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  91                 alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  92                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  93                 wrapped and will have the same visible residue width as the open
  94                 alignment. </em>
  95                 <ul>
  96                         <li><strong>HTML<br>
  97                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  98                         alignment.</em></li>
  99                         <li><strong>EPS<br>
 100                         </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
 101                         Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
 102                         <li><strong>PNG<br>
 103                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
 104                         Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
 105                 </ul>
 106                 </li>
 107                 <li><strong>Export Features</strong><em><br>
 108                 All features visible on the alignment can be saved to file or
 109                 displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 110                 <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
 111                 All annotations visible on the alignment can be saved to file or
 112                 displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
 113                 <li><strong>Load Associated Tree<br>
 114                 </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 115                 trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
 116                 alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
 117                 the same.</em></li>
 118                 <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 119                 </strong><em>Load files describing precalculated <a
 120                         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
 121                         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
 122                 <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
 123                 <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
 124                 alignment before you close - either as a Jalview project or by using
 125                 the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
 126         </ul>
 127         </li>
 128         <li><strong>Edit</strong>
 129         <ul>
 130                 <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 131                 This will undo any edits you make to the alignment. This applies to
 132                 insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the
 133                 alignment or pasting sequences to the current alignment or sorting the
 134                 alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes,
 135                 adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>
 136                 <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 137                 </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 138                 <li><strong>Cut (Control X)<br>
 139                 </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues
 140                 before removing them from your alignment. Click on a sequence name if
 141                 you wish to select a whole sequence. <br>
 142                 Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>
 143                 <li><strong>Copy (Control C)</strong><br>
 144                 <em>Copies the currently selected residues to the system
 145                 clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 146                 (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>
 147                 If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will
 148                 see the format of the copied residues FASTA.</em></li>
 149                 <li><strong>Paste </strong>
 150                 <ul>
 151                         <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 152                         </strong><em>A new alignment window will be created from sequences
 153                         previously copied or cut to the system clipboard. <br>
 154                         Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and
 155                         &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.</em></li>
 156                         <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 157                         </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be added
 158                         to the current Jalview alignment. </em></li>
 159                 </ul>
 160                 </li>
 161                 <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 162                 </strong><em>This will delete the currently selected residues without
 163                 copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this
 164                 can be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>
 165                 <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 166                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 167                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 168                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 169                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 170                 <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 171                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 172                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 173                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 174                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 175                 <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 176                 </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,
 177                 &quot;.&quot;) will be deleted.<br>
 178                 You may set the default gap character in <a
 179                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 180                 <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 181                 <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted
 182                 from the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL
 183                 the gaps in the alignment will be removed.<br>
 184                 You may set the default gap character in <a
 185                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 186                 <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 187                 </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select
 188                 a threshold. If the percentage identity between any two sequences
 189                 (under the current alignment) exceeds this value then one of the
 190                 sequences (the shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot;
 191                 button to remove redundant sequences. The &quot;Undo&quot; button will
 192                 undo the last redundancy deletion.</em></li>
 193                 <li><strong>Pad Gaps<br>
 194                 </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal width
 195                 (so there no empty columns before or after the first or last aligned
 196                 residue) and all sequences will be padded with gap characters to the
 197                 before and after their terminating residues.<br>
 198                 This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and
 199                 when working with alignment analysis programs which require 'properly
 200                 aligned sequences' to be all the same length.<br>
 201                 You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 202                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 203         </ul>
 204         </li>
 205         <li><strong>Select</strong>
 206         <ul>
 207                 <li><strong><a href="../features/search.html">Find...
 208                 (Control F)</a></strong><em><br>
 209                 Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or
 210                 residue position within the alignment and create new sequence features
 211                 from the queries. </em></li>
 212                 <li><strong>Select All (Control A)<br>
 213                 </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
 214                 Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select
 215                 all.</em></li>
 216                 <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 217                 </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
 218                 alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
 219                 will be deselected. </em><em> <br>
 220                 Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
 221                 <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 222                 </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
 223                 current selection. </em></li>
 224                 <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
 225                 </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
 226                 column selection. </em></li>
 227                 <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 228                 </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 229                 <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
 230                 <li><strong>Make Groups<br/></strong>
 231                 <em>The currently selected groups of the alignment will be
 232                 subdivided according to the contents of the currently selected region.
 233                 <br/>Use this to subdivide an alignment based on the
 234                 different combinations of residues observed at specific
 235                 positions. (new in jalview 2.5)</em></li>
 236         </ul>
 237         </li>
 238         <li><strong>View</strong>
 239         <ul>
 240                 <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 241                 Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 242                 <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 243                 Display each view associated with the alignment in its own alignment
 244                 window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
 245                 <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 246                 Each view associated with the alignment will be displayed within its
 247                 own tab on the current alignment window. </em></li>
 248                 <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns)</strong><em><br>
 249                 All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 250                 <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 251                 Hides the all the currently selected Columns / Sequences / Region or everything but the selected Region.</em></li>
 252                   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 253     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
 254     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
 255     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
 256                 </li>
 257                 <li><strong>Show Annotations<br>
 258                 </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
 259                 displayed below the alignment. The default setting is to display the
 260                 conservation calculation, quality calculation and consensus values as
 261                 bar charts. </em></li>
 262     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
 263     <ul><li>
 264         <strong>Apply to all groups<br></strong>
 265         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
 266         </li>
 267         <li>
 268         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
 269         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
 270         </li>
 271         <li>
 272         <strong>Show Consensus Profile<br></strong>
 273                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
 274         </li>
 275         <li>
 276         <strong>Group Conservation<br></strong>
 277         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
 278         </li>
 279         <li>
 280         <strong>Apply to all groups<br></strong>
 281         When ticked, display a consensus row for all groups.
 282         </li>
 283         </ul>
 284     </li>
 285     <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
 286                 <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 287                 <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence
 288                 Feature Settings...</a></strong><em><br>
 289                 <em>Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the
 290                 colour and display of sequence features on the alignment, and
 291                 configure and retrieve features from DAS annotation servers.</em></li>
 292                 <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
 293     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
 294     non-positional sequence features or database cross references
 295     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
 296   <li><strong>Alignment Properties...<br/>
 297     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 298     current alignment view and any named properties defined on the
 299     whole alignment.</em></li>
 300                 <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 301                 Window</a><br>
 302                 </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a
 303                 small window. A red box will indicate the currently visible area of
 304                 the alignment. Move the visible region using the mouse. </em></li>
 305         </ul>
 306         </li>
 307         <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 308         <ul>
 309                 <li><strong>Font...<br>
 310                 </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to
 311                 change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
 312                 (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></li>
 313                 <li><strong>Wrap<br>
 314                 </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 315                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the
 316                 alignment window. This is useful if your alignment has only a few
 317                 sequences to view its full width at once.<br>
 318                 Additional options for display of sequence numbering and scales are
 319                 also visible in wrapped layout mode:<br>
 320                 <ul>
 321                         <li><strong>Scale Above</strong><br>
 322                         Show the alignment column position scale.</li>
 323                         <li><strong>Scale Left</strong><br>
 324                         Show the sequence position for the first aligned residue in each row
 325                         in the left column of the alignment.</li>
 326                         <li><strong>Scale Right</strong><br>
 327                         Show the sequence position for the last aligned residue in each row
 328                         in the right-most column of the alignment.</li>
 329                 <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 330                 </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
 331                 and end position of the sequence appended to the name, in the format
 332                 NAME/START-END</em></li>
 333                 <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 334                 </strong><em>If this box is selected then the sequence names displayed in
 335                 the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of
 336                 the alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment
 337                 window.</li>
 338                 <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 339                 </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
 340                 rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</li>
 341                 <li><strong>Boxes</strong><em><br>
 342                 If this is selected the background of a residue will be coloured using
 343                 the selected background colour. Useful if used in conjunction with
 344                 &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 345                 <li><strong>Text<br>
 346                 </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
 347                 standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 348                 <li><strong>Colour Text<br>
 349                 </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according
 350                 to the background colour associated with that residue. The colour is
 351                 slightly darker than background so the amino acid symbol remains
 352                 visible. </em></li>
 353                 <li><strong>Show Gaps<br>
 354                 </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
 355                 &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters
 356                 will appear as blank spaces. <br>
 357                 You may set the default gap character in <a
 358                         href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
 359                         <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 360                         </strong><em>Select this to center labels along an annotation row
 361                         relative to their associated column (default is off, i.e. left-justified).</em></li>
 362                             <li><strong>Show Unconserved<br>
 363     </strong><em>When this is selected, all consensus sequence symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations in highly conserved alignments.
 364     </em></li>
 365
 366         </ul>
 367         <li><strong>Colour</strong>
 368         <ul>
 369                 <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 370                 </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 371                 colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 372                 </em></li>
 373                 <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 374                 Text...</a></strong><em><br>
 375                 Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for
 376                 light and dark background, and the intensity threshold for transition
 377                 between them. </em></li>
 378                 <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 379                 Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity,
 380                 Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried Index,
 381                 Nucleotide, User Defined<br>
 382                 </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for a
 383                 description of all colour schemes.</em><br>
 384                 </li>
 385                 <li><strong>By Conservation<br>
 386                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 387                 by Conservation</a>.</em><br>
 388                 </li>
 389                 <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 390                 </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
 391                 Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation'
 392                 option appears to be doing nothing!</em><br>
 393                 </li>
 394                 <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 395                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 396                 Percentage Identity</a></em><strong>.<br>
 397                 </strong></li>
 398                 <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 399                 </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 400                 Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 401                 </em></li>
 402                 <li><strong>By Annotation</strong><br>
 403                 <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified
 404                 annotation. See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 405                 Colouring</a>.</em><br>
 406                 </li>
 407         </ul>
 408         </li>
 409         <li><strong>Calculate</strong>
 410         <ul>
 411                 <li><strong>Sort </strong>
 412                 <ul>
 413                         <li><strong>by ID</strong><em><br>
 414                         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort
 415                         is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 416                         <li><strong>by Length</strong><em><br>
 417         This will sort the sequences according to their length (excluding gap characters). If the sort is
 418         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 419                 <li><strong>by Group</strong><strong><br>
 420                         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. If
 421                         the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
 422                         inverted. </em><strong></strong></li>
 423                         <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 424                         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
 425                         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put
 426                         at the top. </em></li>
 427                         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 428                         menu</a> will have some additional options if you have just done a
 429                         multiple alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>
 430                         </li>
 431                 </ul>
 432                 </li>
 433                 <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
 434                 <em>Functions for calculating trees on the alignment or the
 435                 currently selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 436                 trees</a>.</em>
 437                 <ul>
 438                         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 439                         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 440                         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 441                         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
 442                         </strong></li>
 443                 </ul>
 444                 </li>
 445                 <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
 446                 <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences.
 447                 See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>
 448                 </li>
 449                 <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
 450                 <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the
 451                 BLOSUM62 scores in the alignment. See <a
 452                         href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em> <br>
 453                 </li>
 454                 <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
 455                 <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
 456                 When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can
 457                 then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
 458                 </li>
 459                 <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
 460                 <em>For large alignments it can be useful to deselect
 461                 &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents the
 462                 sometimes lengthy calculations performed after each sequence edit.</em> <br>
 463                 </li>
 464         </ul>
 465         </li>
 466         <li><strong>Web Service<br>
 467         </strong>
 468           <ul><li><strong>Fetch DB References</strong><br>
 469   <em>This will use any of the database services that Jalview is aware
 470   of (e.g. DAS sequence servers and the WSDBFetch service provided by the EBI)
 471    to verify the sequence and retrieve all database cross references and PDB ids
 472    associated with all or just the selected sequences in the alignment.</em><br>
 473   </li>
 474         </ul>
 475         <em>Selecting one of the following menu items starts a remote
 476         service on compute facilities at the University of Dundee. You need a
 477         continuous network connection in order to use these services through
 478         Jalview. </em>
 479         <ul>
 480                 <li><strong>Alignment</strong>
 481                 <ul>
 482                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 483                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 484                         alignment with clustal W.</em></li>
 485                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment
 486                         Realign</strong><br>
 487                         <em> Submits the alignment or currently selected region for
 488                         re-alignment with clustal W. Use this if you have added some new
 489                         sequences to an existing alignment.</em></li>
 490                         <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 491                         <em>Submits all, or just the currently selected region for
 492                         alignment with MAFFT. </em></li>
 493                         <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>
 494                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 495                         alignment using Muscle. Do not use this if you are working with
 496                         nucleic acid sequences.</em></li>
 497                 </ul>
 498                 </li>
 499                 <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 500                 <ul>
 501                         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 502                         <em>Secondary structure prediction by network consensus. The
 503                         behaviour of this calculation depends on the current selection: </em></li>
 504                         <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences
 505                         appear to be aligned, then a JNet prediction will be run for the
 506                         first sequence in the alignment, using the current alignment.
 507                         Otherwise the first sequence will be submitted for prediction. </em></li>
 508                         <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence)
 509                         has been selected, it will be submitted to the automatic JNet
 510                         prediction server for homolog detection and prediction. </em></li>
 511                         <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear
 512                         to be aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction
 513                         on the <strong>first</strong> sequence in the set (that is, the one
 514                         that appears first in the alignment window). </em></li>
 515                 </ul>
 516                 </li>
 517         </ul>
 518         </li>
 519 </ul>
 520 </body>
 521 </html>