help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <!-- NOTE: THIS PAGE COLLECTS TOGETHER THE INDIVIDUAL ALIGNMENT WINDOW MENU PAGES - DON"T EDIT INDIVIDUAL ENTRIES HERE!  -->
  28   <p>
  29     <strong>Alignment Window Menus</strong>
  30   </p>
  31   <ul>
  32     <li><strong>File</strong>
  33       <ul>
  34         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br> <em>Shows
  35             a dialog window in which you can retrieve known ids from
  36             Uniprot, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using
  37             Web Services provided by the European Bioinformatics
  38             Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
  39               Fetcher</a>
  40         </em>.</li>
  41         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br> Add
  42             sequences to the visible alignment from file, URL, or cut
  43             &amp; paste window </em></li>
  44         <li><strong>Reload</strong><em><br> Reloads the
  45             alignment from the original file, if available.<br> <strong>Warning:
  46               This will delete any edits, analyses and colourings
  47               applied since the alignment was last saved, and cannot be
  48               undone.</strong> </em></li>
  49         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  50             Saves the alignment to the file it was loaded from (if
  51             available), in the same format, updating the original in
  52             place. </em></li>
  53         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  54         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection
  55             window will open, use the &quot;Files of type:&quot;
  56             selection box to determine which <a href="../io/index.html">alignment
  57               format</a> to save as.
  58         </em></li>
  59         <li><strong>Output to Textbox<br>
  60         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  61             window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the
  62             pull down menu, or your standard operating system copy and
  63             paste keys. The output window also has a <strong>&quot;New
  64               Window&quot;</strong> button to import the (possibly edited) text
  65             as a new alignment.<br> Select the format of the text
  66             by selecting one of the following menu items.
  67         </em>
  68           <ul>
  69             <li><strong>FASTA</strong></li>
  70             <li><strong>MSF</strong></li>
  71             <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  72             <li><strong>BLC</strong></li>
  73             <li><strong>PIR</strong></li>
  74             <li><strong>PFAM</strong></li>
  75             <li><strong>PileUp</strong></li>
  76             <li><strong>AMSA</strong></li>
  77             <li><strong>STH</strong></li>
  78             <li><strong>Phylip</strong></li>
  79             <li><strong>JSON</strong></li>
  80           </ul></li>
  81         <li><strong>Page Setup ...</strong><br> <em>Open
  82             the printing system's Page Setup dialog box, to control page
  83             size, layout and orientation.</em></li>
  84         <li><strong>Print (Control P)<br>
  85         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current
  86             fonts and colours of your alignment. If the alignment has
  87             annotations visible, these will be printed below the
  88             alignment. If the alignment is wrapped the number of
  89             residues per line of your alignment will depend on the paper
  90             width or your alignment window width, whichever is the
  91             smaller. </em></li>
  92         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  93             Creates an alignment graphic with the current view's
  94             annotation, alignment background colours and group colours.
  95             If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>,
  96             the output will also be wrapped and will have the same
  97             visible residue width as the open alignment. </em>
  98           <ul>
  99             <li><strong>HTML<br>
 100             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>
 101                 from your alignment.
 102             </em></li>
 103             <li><strong>EPS<br>
 104             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
 105                   Postscript</a> file from your alignment.
 106             </em></li>
 107             <li><strong>PNG<br>
 108             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
 109                   Network Graphics</a> file from your alignment.
 110             </em></li>
 111             <li><strong>SVG<br>
 112             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Scalable
 113                   Vector Graphics</a> file from your alignment for embedding
 114                 in web pages.
 115             </em></li>
 116             <li><strong>BioJS<br>
 117             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">BioJS MSA
 118                   Viewer HTML </a> file from your alignment.
 119             </em></li>
 120           </ul></li>
 121         <li><strong>Export Features</strong><em><br> All
 122             features visible on the alignment can be saved to file or
 123             displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 124         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
 125             All annotations visible on the alignment can be saved to
 126             file or displayed in a textbox in Jalview annotations
 127             format. </em></li>
 128         <li><strong>Load Associated Tree<br>
 129         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 130               trees</a> stored in the Newick file format, and associate them
 131             with the alignment. Note: the ids of the tree file and your
 132             alignment MUST be the same.
 133         </em></li>
 134         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 135         </strong><em>Load files describing precalculated <a
 136             href="../features/featuresFormat.html"
 137           >sequence features</a> or <a
 138             href="../features/annotationsFormat.html"
 139           >alignment annotations</a>.
 140         </em></li>
 141         <li><strong>Close (Control W)</strong><br> <em>Close
 142             the alignment window. Make sure you have saved your
 143             alignment before you close - either from the Desktop's <strong>Save
 144               Project</strong> File menu option, or by using the <strong>Save
 145               As</strong> menu.
 146         </em></li>
 147       </ul></li>
 148     <li><strong>Edit</strong>
 149       <ul>
 150         <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 151             This will undo any edits you make to the alignment. This
 152             applies to insertion or deletion of gaps, cutting residues
 153             or sequences from the alignment or pasting sequences to the
 154             current alignment or sorting the alignment. <strong>NOTE:</strong>
 155             It DOES NOT undo colour changes, adjustments to group sizes,
 156             or changes to the annotation panel. </em></li>
 157         <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 158         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 159         <li><strong>Cut (Control X)<br>
 160         </strong><em>This will make a copy of the currently selected
 161             residues before removing them from your alignment. Click on
 162             a sequence name if you wish to select a whole sequence. <br>
 163             Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to
 164             cut.
 165         </em></li>
 166         <li><strong>Copy (Control C)</strong><br> <em>Copies
 167             the currently selected residues to the system clipboard -
 168             you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 169             (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br> If you try to
 170             paste the clipboard contents to a text editor, you will see
 171             the format of the copied residues FASTA.
 172         </em></li>
 173         <li><strong>Paste </strong>
 174           <ul>
 175             <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 176             </strong><em>A new alignment window will be created from
 177                 sequences previously copied or cut to the system
 178                 clipboard. <br> Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt;
 179                 and V(&lt;APPLE&gt; and &lt;SHIFT;&gt; and and V on
 180                 MacOSX) to paste.
 181             </em></li>
 182             <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 183             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can
 184                 be added to the current Jalview alignment. </em></li>
 185           </ul></li>
 186         <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 187         </strong><em>This will delete the currently selected residues
 188             without copying them to the clipboard. Like the other edit
 189             operations, this can be undone with <strong>Undo</strong>.
 190         </em></li>
 191         <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 192         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 193             be trimmed to the left of the leftmost marked column. To
 194             mark a column, mouse click the scale bar above the
 195             alignment. Click again to unmark a column, or select
 196             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 197         <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 198         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 199             be trimmed to the left of the leftmost marked column. To
 200             mark a column, mouse click the scale bar above the
 201             alignment. Click again to unmark a column, or select
 202             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 203         <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 204         </strong><em>All columns which only contain gap characters
 205             (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted.<br> You
 206             may set the default gap character in <a
 207             href="../features/preferences.html"
 208           >preferences</a>.
 209         </em></li>
 210         <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 211           <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be
 212             deleted from the selected area of the alignment. If no
 213             selection is made, ALL the gaps in the alignment will be
 214             removed.<br> You may set the default gap character in <a
 215             href="../features/preferences.html"
 216           >preferences</a>.
 217         </em></li>
 218         <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 219         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to
 220             select a threshold. If the percentage identity between any
 221             two sequences (under the current alignment) exceeds this
 222             value then one of the sequences (the shorter) is discarded.
 223             Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant
 224             sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last
 225             redundancy deletion.</em></li>
 226         <li><strong>Pad Gaps<br>
 227         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal
 228             width (so there are no empty columns before or after the
 229             first or last aligned residue) and all sequences will be
 230             padded with gap characters before and after their
 231             terminating residues.<br> This switch is useful when
 232             making a tree using unaligned sequences and when working
 233             with alignment analysis programs which require 'properly
 234             aligned sequences' to be all the same length.<br> You
 235             may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 236             href="../features/preferences.html"
 237           >preferences</a>.
 238         </em></li>
 239       </ul></li>
 240     <li><strong>Select</strong>
 241       <ul>
 242         <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
 243               (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
 244             search for residues, sequence name or residue position
 245             within the alignment and create new sequence features from
 246             the queries. </em>
 247         <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
 248         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the
 249             alignment. <br> Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt;
 250             and A on a MacOSX) to select all.
 251         </em></em></li>
 252         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 253         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from
 254             the alignment window. All selected sequences, residues and
 255             marked columns will be deselected. </em><em> <br> Use
 256             &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
 257         </em></li>
 258         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 259         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace
 260             the current selection. </em></li>
 261         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt
 262             I)<br>
 263         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the
 264             current column selection. </em></li>
 265         <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
 266             a group containing the currently selected sequences.</em></li>
 267         <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong>
 268           <em>Ungroup the currently selected sequence group.</em></li>
 269         <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
 270             currently selected groups of the alignment will be
 271             subdivided according to the contents of the currently
 272             selected region. <br />Use this to subdivide an alignment
 273             based on the different combinations of residues at marked
 274             columns.
 275         </em></li>
 276         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 277         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 278             <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
 279         </em></li>
 280         <li><strong><a
 281             href="../features/columnFilterByAnnotation.html"
 282           >Select/Hide Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select
 283             or Hide columns in the alignment according to secondary
 284             structure, labels and values shown in alignment annotation
 285             rows. </em></li>
 286       </ul></li>
 287     <li><strong>View</strong>
 288       <ul>
 289         <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 290             Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 291         <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 292             Display each view associated with the alignment in its own
 293             alignment window, allowing several views to be displayed
 294             simultaneously. </em></li>
 295         <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 296             Each view associated with the alignment will be displayed
 297             within its own tab on the current alignment window. </em></li>
 298         <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
 299             Sequences and Columns)</strong><em><br> All hidden Columns
 300             / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 301         <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
 302             Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 303             Hides the all the currently selected Columns / Sequences /
 304             Region or everything but the selected Region.</em></li>
 305         <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 306         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
 307             display the highlighted sequence position corresponding to
 308             the position under the mouse pointer in a linked alignment
 309             or structure view.</em></li>
 310         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
 311             or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 312         <li><strong><a
 313             href="../features/featuresettings.html"
 314           >Sequence Feature Settings...</a> </strong><em><br> <em>Opens
 315               the Sequence Feature Settings dialog box to control the
 316               colour and display of sequence features on the alignment,
 317               and configure and retrieve features from DAS annotation
 318               servers.</em></li>
 319         <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em>
 320             (application only) <br>This submenu's options allow the
 321             inclusion or exclusion of non-positional sequence features
 322             or database cross references from the tooltip shown when the
 323             mouse hovers over the sequence ID panel.
 324         </em></li>
 325         <li><strong>Alignment Properties...<br />
 326         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 327             current alignment view and any named properties defined on
 328             the whole alignment.</em></li>
 329         <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 330               Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
 331             will be displayed in a small window. A red box will indicate
 332             the currently visible area of the alignment. Move the
 333             visible region using the mouse. </em></li>
 334       </ul></li>
 335     <li><strong>Annotations</strong><em> (Since Jalview 2.8.2)</em>
 336       <ul>
 337         <li><strong>Show Annotations<br>
 338         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot;
 339             will be displayed below the alignment. The default setting
 340             is to display the conservation calculation, quality
 341             calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
 342         <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
 343             Show all annotations that are for the alignment as a whole
 344             (for example, Consensus, or secondary structure prediction
 345             from alignment).</em></li>
 346         <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
 347             Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
 348         <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
 349             Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 350         <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
 351             Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 352         <li><em>You can also selectively show or hide
 353             annotations from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or
 354             <a href="../features/annotation.html">Annotation</a> menus.
 355         </em></li>
 356         <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
 357             sequence-specific annotations by sequence order in the
 358             alignment (and within that, by label).</em></li>
 359         <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
 360             sequence-specific annotations by label (and within that, by
 361             sequence order). If neither sort order is selected, no
 362             sorting is applied, allowing you to make a manual ordering
 363             of the annotations.</em></li>
 364         <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
 365         </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
 366           <ul>
 367             <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
 368                 autocalculated annotations above sequence-specific
 369                 annotations. Note this also applies to other annotations
 370                 for the alignment, for example secondary structure
 371                 prediction from alignment.</em></li>
 372             <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
 373                 autocalculated / alignment annotations below
 374                 sequence-specific annotations.</em></li>
 375             <li><strong>Apply to all groups<br>
 376             </strong><em> When ticked, any modification to the current
 377                 settings will be applied to all autocalculated
 378                 annotation.</em></li>
 379             <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
 380             </strong><em> Enable or disable the display of the histogram
 381                 above the consensus sequence.</em></li>
 382             <li><strong>Show Consensus Logo<br>
 383             </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus
 384                 Logo above the consensus sequence.</em></li>
 385             <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
 386             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
 387                 height, making it easier to compare symbol diversity in
 388                 highly variable regions.</em></li>
 389             <li><strong>Group Conservation<br>
 390             </strong><em> When ticked, display a conservation row for all
 391                 groups (only available for protein alignments).</em></li>
 392             <li><strong>Group Consensus<br>
 393             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all
 394                 groups.</em></li>
 395           </ul></li>
 396       </ul></li>
 397     <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 398       <ul>
 399         <li><strong>Font...<br>
 400         </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order
 401             to change the font of the display and enable or disable
 402             'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster alignment
 403             rendering. </em></li>
 404         <li><strong>Wrap<br>
 405         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 406             href="../features/wrap.html"
 407           >wrapped</a>&quot; to the width of the alignment window. This is
 408             useful if your alignment has only a few sequences to view
 409             its full width at once.
 410         </em><br> Additional options for display of sequence numbering
 411           and scales are also visible in wrapped layout mode:<br>
 412           <ul>
 413             <li><strong>Scale Above</strong><br>
 414             <em> Show the alignment column position scale.</em></li>
 415             <li><strong>Scale Left</strong><br>
 416             <em> Show the sequence position for the first aligned
 417                 residue in each row in the left column of the alignment.</em></li>
 418             <li><strong>Scale Right</strong><br>
 419             <em> Show the sequence position for the last aligned
 420                 residue in each row in the right-most column of the
 421                 alignment.</em></li>
 422             <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 423             </strong><em>If this box is selected the sequence name will have
 424                 the start and end position of the sequence appended to
 425                 the name, in the format NAME/START-END</em></li>
 426             <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 427             </strong><em>If this box is selected then the sequence names
 428                 displayed in the sequence label area will be aligned
 429                 against the left-hand edge of the alignment display,
 430                 rather than the left-hand edge of the alignment window.
 431             </li>
 432             <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 433             </strong><em>When this box is selected, positions in the
 434                 alignment where rows and columns are hidden will be
 435                 marked by blue arrows. </li>
 436             <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is
 437                 selected the background of a residue will be coloured
 438                 using the selected background colour. Useful if used in
 439                 conjunction with &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 440             <li><strong>Text<br>
 441             </strong><em>If this is selected the residues will be displayed
 442                 using the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 443             <li><strong>Colour Text<br>
 444             </strong><em>If this is selected the residues will be coloured
 445                 according to the background colour associated with that
 446                 residue. The colour is slightly darker than background
 447                 so the amino acid symbol remains visible. </em></li>
 448             <li><strong>Show Gaps<br>
 449             </strong><em>When this is selected, gap characters will be
 450                 displayed as &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If
 451                 unselected, then gap characters will appear as blank
 452                 spaces. <br> You may set the default gap character
 453                 in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 454             </em></li>
 455             <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 456             </strong><em>Select this to center labels along an annotation
 457                 row relative to their associated column (default is off,
 458                 i.e. left-justified).</em></li>
 459             <li><strong>Show Unconserved<br>
 460             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence
 461                 symbols will be rendered as a '.', highlighting
 462                 mutations in highly conserved alignments. </em></li>
 463
 464           </ul></li>
 465       </ul></li>
 466
 467   </ul>
 468   </li>
 469
 470   <li><strong>Colour</strong>
 471     <ul>
 472       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 473       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 474           colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 475       </em></li>
 476       <li><strong><a
 477           href="../colourSchemes/textcolour.html"
 478         >Colour Text...</a> </strong><em><br> Opens the Colour Text
 479           dialog box to set a different text colour for light and dark
 480           background, and the intensity threshold for transition between
 481           them. </em></li>
 482       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 483           Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
 484           Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
 485           Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User
 486           Defined<br>
 487       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>
 488           for a description of all colour schemes.
 489       </em><br></li>
 490       <li><strong>By Conservation<br>
 491       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 492             by Conservation</a>.
 493       </em><br></li>
 494       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 495       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
 496           window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
 497           conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
 498       <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 499       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 500             Percentage Identity</a>
 501       </em><strong>.<br>
 502       </strong></li>
 503       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 504       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 505           Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 506       </em></li>
 507       <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
 508           the alignment on a per-column value from a specified
 509           annotation. See <a
 510           href="../colourSchemes/annotationColouring.html"
 511         >Annotation Colouring</a>.
 512       </em><br></li>
 513       <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
 514           the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
 515           See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
 516             Helices Colouring</a>.
 517       </em><br></li>
 518     </ul></li>
 519   <li><strong>Calculate</strong>
 520     <ul>
 521       <li><strong>Sort </strong>
 522         <ul>
 523           <li><strong>by ID</strong><em><br> This will
 524               sort the sequences according to sequence name. If the sort
 525               is repeated, the order of the sorted sequences will be
 526               inverted. </em></li>
 527           <li><strong>by Length</strong><em><br> This
 528               will sort the sequences according to their length
 529               (excluding gap characters). If the sort is repeated, the
 530               order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 531           <li><strong>by Group</strong><strong><br> </strong><em>This
 532               will sort the sequences according to sequence name. If the
 533               sort is repeated, the order of the sorted sequences will
 534               be inverted. </em><strong></strong></li>
 535           <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 536           </strong><em>This will sort the selected sequences by their
 537               percentage identity to the consensus sequence. The most
 538               similar sequence is put at the top. </em></li>
 539           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 540                 menu</a> will have some additional options if you have just
 541               done a multiple alignment calculation, or opened a tree
 542               viewer window.
 543           </em><br></li>
 544         </ul></li>
 545       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br> <em>Functions
 546           for calculating trees on the alignment or the currently
 547           selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 548             trees</a>.
 549       </em>
 550         <ul>
 551           <li><strong>Neighbour Joining Using PAM250 </strong></li>
 552           <li><strong>Neighbour Joining Using Sequence
 553               Feature Similarity</strong></li>
 554           <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62 </strong></li>
 555           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 556           <li><strong>Average Distance Using PAM250 </strong></li>
 557           <li><strong>Average Distance Using Sequence
 558               Feature Similarity</strong></li>
 559           <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 560           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 561         </ul> <strong>Note: Since Version 2.8.1, a number of
 562           additional similarity measures for tree calculation are
 563           provided in this menu.</strong></li>
 564       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
 565           Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
 566           href="../calculations/pairwise.html"
 567         >pairwise alignments</a>.
 568       </em><br></li>
 569       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br> <em>Shows
 570           a spatial clustering of the sequences based on similarity
 571           scores calculated with the alignment. See <a
 572           href="../calculations/pca.html"
 573         >Principal Component Analysis</a>.
 574       </em> <br></li>
 575       <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
 576           option is only visible if Jalview detects one or more
 577           white-space separated values in the description line of the
 578           alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
 579           parsed into sequence associated annotation which can then be
 580           used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
 581       </em> <br></li>
 582       <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
 583           large alignments it can be useful to deselect
 584           &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This
 585           prevents the sometimes lengthy calculations performed after
 586           each sequence edit.</em> <br></li>
 587       <li><strong>Sort With New Tree</strong><br> <em>When
 588           enabled, Jalview will automatically sort the alignment when a
 589           new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br></li>
 590       <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
 591           a new alignment window showing any additional sequence data
 592           either side of the current alignment. Useful in conjunction
 593           with 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved
 594           Sequences' option is disabled to retrieve full length
 595           sequences for a set of aligned peptides. </em></li>
 596     </ul></li>
 597
 598   <li><strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu
 599       is dynamic, and may contain user-defined web service entries in
 600       addition to any of the following ones:</em>
 601     <ul>
 602       <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
 603           submenu contains options for accessing any of the database
 604           services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers
 605           and the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify
 606           sequence start/end positions and retrieve all database cross
 607           references and PDB ids associated with all or just the
 608           selected sequences in the alignment.
 609           <ul>
 610             <li>'Trim Retrieved Sequences' - when checked, Jalview
 611               will discard any additional sequence data for accessions
 612               associated with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
 613                 Disabling this could cause out of memory errors when
 614                 working with genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
 615                 in Jalview 2.8.1</strong>
 616             </li>
 617             <li>'Standard Databases' will check sequences against
 618               the EBI databases plus any active DAS sequence sources<</li>
 619           </ul> Other sub-menus allow you to pick a specific source to query
 620           - sources are listed alphabetically according to their
 621           nickname.
 622       </em><br></li>
 623     </ul>
 624     <p>Selecting items from the following submenus will start a
 625       remote service on compute facilities at the University of Dundee,
 626       or elsewhere. You need a continuous network connection in order to
 627       use these services through Jalview.</p>
 628     <ul>
 629       <li><strong>Alignment</strong><br />
 630       <em> Align the currently selected sequences or all sequences
 631           in the alignment, or re-align unaligned sequences to the
 632           aligned sequences. Entries in this menu provide access to the
 633           various alignment programs supported by <a
 634           href="../webServices/JABAWS.html"
 635         >JABAWS</a>. See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple
 636             Sequence Alignment webservice client</a> entry for more
 637           information.
 638       </em></li>
 639       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 640         <ul>
 641           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 642             <em>Secondary structure prediction by network
 643               consensus. See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred3</a>
 644               client entry for more information. The behaviour of this
 645               calculation depends on the current selection:
 646               <ul>
 647                 <li>If nothing is selected, and the displayed
 648                   sequences appear to be aligned, then a JNet prediction
 649                   will be run for the first sequence in the alignment,
 650                   using the current alignment. Otherwise the first
 651                   sequence will be submitted for prediction.</li>
 652                 <li>If just one sequence (or a region on one
 653                   sequence) has been selected, it will be submitted to
 654                   the automatic JNet prediction server for homolog
 655                   detection and prediction.</li>
 656                 <li>If a set of sequences are selected, and they
 657                   appear to be aligned, then the alignment will be used
 658                   for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
 659                   sequence in the set (that is, the one that appears
 660                   first in the alignment window).
 661                 </li>
 662               </ul>
 663           </em>
 664         </ul></li>
 665       <li><strong>Analysis</strong><br />
 666         <ul>
 667           <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
 668               functional residue analysis on a protein family alignment
 669               with sub-families defined on it. See the <a
 670               href="../webServices/shmr.html"
 671             >Multi-Harmony service</a> entry for more information.
 672           </em></li>
 673         </ul></li>
 674     </ul></li>
 675   </ul>
 676
 677 </body>
 678 </html>