help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <!-- NOTE: THIS PAGE COLLECTS TOGETHER THE INDIVIDUAL ALIGNMENT WINDOW MENU PAGES - DON"T EDIT INDIVIDUAL ENTRIES HERE!  -->
  28   <p>
  29     <strong>Alignment Window Menus</strong>
  30   </p>
  31   <ul>
  32     <li><strong>File</strong>
  33       <ul>
  34         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br> <em>Shows
  35             a dialog window in which you can retrieve known ids from
  36             UniProt, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using
  37             Web Services provided by the European Bioinformatics
  38             Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
  39               Fetcher</a>
  40         </em>.</li>
  41         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br> Add
  42             sequences to the visible alignment from file, URL, or cut
  43             &amp; paste window </em></li>
  44         <li><strong>Reload</strong><em><br> Reloads the
  45             alignment from the original file, if available.<br> <strong>Warning:
  46               This will delete any edits, analyses and colourings
  47               applied since the alignment was last saved, and cannot be
  48               undone.</strong> </em></li>
  49         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  50             Saves the alignment to the file it was loaded from (if
  51             available), in the same format, updating the original in
  52             place. </em></li>
  53         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  54         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection
  55             window will open, use the &quot;Files of type:&quot;
  56             selection box to determine which <a href="../io/index.html">alignment
  57               format</a> to save as.
  58         </em></li>
  59         <li><strong>Output to Textbox<br>
  60         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  61             window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the
  62             pull down menu, or your standard operating system copy and
  63             paste keys. The output window also has a <strong>&quot;New
  64               Window&quot;</strong> button to import the (possibly edited) text
  65             as a new alignment.<br> Select the format of the text
  66             by selecting one of the following menu items.
  67         </em>
  68           <ul>
  69             <li><strong>FASTA</strong></li>
  70             <li><strong>MSF</strong></li>
  71             <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  72             <li><strong>BLC</strong></li>
  73             <li><strong>PIR</strong></li>
  74             <li><strong>PFAM</strong></li>
  75             <li><strong>PileUp</strong></li>
  76             <li><strong>AMSA</strong></li>
  77             <li><strong>STH</strong></li>
  78             <li><strong>Phylip</strong></li>
  79             <li><strong>JSON</strong></li>
  80           </ul></li>
  81         <li><strong>Page Setup ...</strong><br> <em>Open
  82             the printing system's Page Setup dialog box, to control page
  83             size, layout and orientation.</em></li>
  84         <li><strong>Print (Control P)<br>
  85         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current
  86             fonts and colours of your alignment. If the alignment has
  87             annotations visible, these will be printed below the
  88             alignment. If the alignment is wrapped the number of
  89             residues per line of your alignment will depend on the paper
  90             width or your alignment window width, whichever is the
  91             smaller. </em></li>
  92         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  93             Creates an alignment graphic with the current view's
  94             annotation, alignment background colours and group colours.
  95             If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>,
  96             the output will also be wrapped and will have the same
  97             visible residue width as the open alignment. </em>
  98           <ul>
  99             <li><strong>HTML<br>
 100             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>
 101                 from your alignment.
 102             </em></li>
 103             <li><strong>EPS<br>
 104             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
 105                   Postscript</a> file from your alignment.
 106             </em></li>
 107             <li><strong>PNG<br>
 108             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
 109                   Network Graphics</a> file from your alignment.
 110             </em></li>
 111             <li><strong>SVG<br>
 112             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Scalable
 113                   Vector Graphics</a> file from your alignment for embedding
 114                 in web pages.
 115             </em></li>
 116             <li><strong>BioJS<br>
 117             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">BioJS MSA
 118                   Viewer HTML </a> file from your alignment.
 119             </em></li>
 120           </ul></li>
 121         <li><strong>Export Features</strong><em><br> All
 122             features visible on the alignment can be saved to file or
 123             displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 124         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
 125             All annotations visible on the alignment can be saved to
 126             file or displayed in a textbox in Jalview annotations
 127             format. </em></li>
 128         <li><strong>Load Associated Tree<br>
 129         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 130               trees</a> stored in the Newick file format, and associate them
 131             with the alignment. Note: the ids of the tree file and your
 132             alignment MUST be the same.
 133         </em></li>
 134         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 135         </strong><em>Load files describing precalculated <a
 136             href="../features/featuresFormat.html">sequence
 137               features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment
 138               annotations</a>.
 139         </em></li>
 140         <li><strong>Close (Control W)</strong><br> <em>Close
 141             the alignment window. Make sure you have saved your
 142             alignment before you close - either from the Desktop's <strong>Save
 143               Project</strong> File menu option, or by using the <strong>Save
 144               As</strong> menu.
 145         </em></li>
 146       </ul></li>
 147     <li><strong>Edit</strong>
 148       <ul>
 149         <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
 150             This will undo any edits you make to the alignment. This
 151             applies to insertion or deletion of gaps, cutting residues
 152             or sequences from the alignment or pasting sequences to the
 153             current alignment or sorting the alignment. <strong>NOTE:</strong>
 154             It DOES NOT undo colour changes, adjustments to group sizes,
 155             or changes to the annotation panel. </em></li>
 156         <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 157         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 158         <li><strong>Cut (Control X)<br>
 159         </strong><em>This will make a copy of the currently selected
 160             residues before removing them from your alignment. Click on
 161             a sequence name if you wish to select a whole sequence. <br>
 162             Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to
 163             cut.
 164         </em></li>
 165         <li><strong>Copy (Control C)</strong><br> <em>Copies
 166             the currently selected residues to the system clipboard -
 167             you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 168             (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br> If you try to
 169             paste the clipboard contents to a text editor, you will see
 170             the format of the copied residues FASTA.
 171         </em></li>
 172         <li><strong>Paste </strong>
 173           <ul>
 174             <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 175             </strong><em>A new alignment window will be created from
 176                 sequences previously copied or cut to the system
 177                 clipboard. <br> Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt;
 178                 and V(&lt;APPLE&gt; and &lt;SHIFT;&gt; and and V on
 179                 MacOSX) to paste.
 180             </em></li>
 181             <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 182             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can
 183                 be added to the current Jalview alignment. </em></li>
 184           </ul></li>
 185         <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 186         </strong><em>This will delete the currently selected residues
 187             without copying them to the clipboard. Like the other edit
 188             operations, this can be undone with <strong>Undo</strong>.
 189         </em></li>
 190         <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 191         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 192             be trimmed to the left of the leftmost marked column. To
 193             mark a column, mouse click the scale bar above the
 194             alignment. Click again to unmark a column, or select
 195             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 196         <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 197         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
 198             be trimmed to the right of the rightmost marked column. To
 199             mark a column, mouse click the scale bar above the
 200             alignment. Click again to unmark a column, or select
 201             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 202         <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 203         </strong><em>All columns which only contain gap characters
 204             (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted.<br> You
 205             may set the default gap character in <a
 206             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 207         </em></li>
 208         <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 209           <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be
 210             deleted from the selected area of the alignment. If no
 211             selection is made, ALL the gaps in the alignment will be
 212             removed.<br> You may set the default gap character in <a
 213             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 214         </em></li>
 215         <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 216         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to
 217             select a threshold. If the percentage identity between any
 218             two sequences (under the current alignment) exceeds this
 219             value then one of the sequences (the shorter) is discarded.
 220             Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant
 221             sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last
 222             redundancy deletion.</em></li>
 223         <li><strong>Pad Gaps<br>
 224         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal
 225             width (so there are no empty columns before or after the
 226             first or last aligned residue) and all sequences will be
 227             padded with gap characters before and after their
 228             terminating residues.<br> This switch is useful when
 229             making a tree using unaligned sequences and when working
 230             with alignment analysis programs which require 'properly
 231             aligned sequences' to be all the same length.<br> You
 232             may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 233             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 234         </em></li>
 235       </ul></li>
 236     <li><strong>Select</strong>
 237       <ul>
 238         <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
 239               (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
 240             search for residues, sequence name or residue position
 241             within the alignment and create new sequence features from
 242             the queries. </em>
 243         <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
 244         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the
 245             alignment. <br> Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt;
 246             and A on a MacOSX) to select all.
 247         </em></em></li>
 248         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 249         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from
 250             the alignment window. All selected sequences, residues and
 251             marked columns will be deselected. </em><em> <br> Use
 252             &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
 253         </em></li>
 254         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 255         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace
 256             the current selection. </em></li>
 257         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt
 258             I)<br>
 259         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the
 260             current column selection. </em></li>
 261         <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
 262             a group containing the currently selected sequences.</em></li>
 263         <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong>
 264           <em>Ungroup the currently selected sequence group.</em></li>
 265         <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
 266             currently selected groups of the alignment will be
 267             subdivided according to the contents of the currently
 268             selected region. <br />Use this to subdivide an alignment
 269             based on the different combinations of residues at marked
 270             columns.
 271         </em></li>
 272         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 273         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 274             <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
 275         </em></li>
 276         <li><strong><a
 277             href="../features/columnFilterByAnnotation.html">Select/Hide
 278               Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select or Hide
 279             columns in the alignment according to secondary structure,
 280             labels and values shown in alignment annotation rows. </em></li>
 281       </ul></li>
 282     <li><strong>View</strong>
 283       <ul>
 284         <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 285             Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 286         <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 287             Display each view associated with the alignment in its own
 288             alignment window, allowing several views to be displayed
 289             simultaneously. </em></li>
 290         <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 291             Each view associated with the alignment will be displayed
 292             within its own tab on the current alignment window. </em></li>
 293         <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
 294             Sequences and Columns)</strong><em><br> All hidden Columns
 295             / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 296         <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
 297             Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 298             Hides the all the currently selected Columns / Sequences /
 299             Region or everything but the selected Region.</em></li>
 300         <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 301         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
 302             display the highlighted sequence position corresponding to
 303             the position under the mouse pointer in a linked alignment
 304             or structure view.</em></li>
 305         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
 306             or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 307         <li><strong><a
 308             href="../features/featuresettings.html">Sequence
 309               Feature Settings...</a> </strong><em><br> <em>Opens the
 310               Sequence Feature Settings dialog box to control the colour
 311               and display of sequence features on the alignment, and
 312               configure and retrieve features from DAS annotation
 313               servers.</em></li>
 314         <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em>
 315             (application only) <br>This submenu's options allow the
 316             inclusion or exclusion of non-positional sequence features
 317             or database cross references from the tooltip shown when the
 318             mouse hovers over the sequence ID panel.
 319         </em></li>
 320         <li><strong>Alignment Properties...<br />
 321         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
 322             current alignment view and any named properties defined on
 323             the whole alignment.</em></li>
 324         <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 325               Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
 326             will be displayed in a small window. A red box will indicate
 327             the currently visible area of the alignment. Move the
 328             visible region using the mouse. </em></li>
 329       </ul></li>
 330     <li><strong>Annotations</strong><em> (Since Jalview 2.8.2)</em>
 331       <ul>
 332         <li><strong>Show Annotations<br>
 333         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot;
 334             will be displayed below the alignment. The default setting
 335             is to display the conservation calculation, quality
 336             calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
 337         <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
 338             Show all annotations that are for the alignment as a whole
 339             (for example, Consensus, or secondary structure prediction
 340             from alignment).</em></li>
 341         <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
 342             Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
 343         <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
 344             Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 345         <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
 346             Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
 347         <li><em>You can also selectively show or hide
 348             annotations from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or
 349             <a href="../features/annotation.html">Annotation</a> menus.
 350         </em></li>
 351         <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
 352             sequence-specific annotations by sequence order in the
 353             alignment (and within that, by label).</em></li>
 354         <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
 355             sequence-specific annotations by label (and within that, by
 356             sequence order). If neither sort order is selected, no
 357             sorting is applied, allowing you to make a manual ordering
 358             of the annotations.</em></li>
 359         <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
 360         </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
 361           <ul>
 362             <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
 363                 autocalculated annotations above sequence-specific
 364                 annotations. Note this also applies to other annotations
 365                 for the alignment, for example secondary structure
 366                 prediction from alignment.</em></li>
 367             <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
 368                 autocalculated / alignment annotations below
 369                 sequence-specific annotations.</em></li>
 370             <li><strong>Apply to all groups<br>
 371             </strong><em> When ticked, any modification to the current
 372                 settings will be applied to all autocalculated
 373                 annotation.</em></li>
 374             <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
 375             </strong><em> Enable or disable the display of the histogram
 376                 above the consensus sequence.</em></li>
 377             <li><strong>Show Consensus Logo<br>
 378             </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus
 379                 Logo above the consensus sequence.</em></li>
 380             <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
 381             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
 382                 height, making it easier to compare symbol diversity in
 383                 highly variable regions.</em></li>
 384             <li><strong>Group Conservation<br>
 385             </strong><em> When ticked, display a conservation row for all
 386                 groups (only available for protein alignments).</em></li>
 387             <li><strong>Group Consensus<br>
 388             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all
 389                 groups.</em></li>
 390           </ul></li>
 391       </ul></li>
 392     <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 393       <ul>
 394         <li><strong>Font...<br>
 395         </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order
 396             to change the font of the display and enable or disable
 397             'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster alignment
 398             rendering. </em></li>
 399         <li><strong>Wrap<br>
 400         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 401             href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to
 402             the width of the alignment window. This is useful if your
 403             alignment has only a few sequences to view its full width at
 404             once.
 405         </em><br> Additional options for display of sequence numbering
 406           and scales are also visible in wrapped layout mode:<br>
 407           <ul>
 408             <li><strong>Scale Above</strong><br> <em>
 409                 Show the alignment column position scale.</em></li>
 410             <li><strong>Scale Left</strong><br> <em> Show
 411                 the sequence position for the first aligned residue in
 412                 each row in the left column of the alignment.</em></li>
 413             <li><strong>Scale Right</strong><br> <em>
 414                 Show the sequence position for the last aligned residue
 415                 in each row in the right-most column of the alignment.</em></li>
 416             <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 417             </strong><em>If this box is selected the sequence name will have
 418                 the start and end position of the sequence appended to
 419                 the name, in the format NAME/START-END</em></li>
 420             <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 421             </strong><em>If this box is selected then the sequence names
 422                 displayed in the sequence label area will be aligned
 423                 against the left-hand edge of the alignment display,
 424                 rather than the left-hand edge of the alignment window.
 425             </li>
 426             <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 427             </strong><em>When this box is selected, positions in the
 428                 alignment where rows and columns are hidden will be
 429                 marked by blue arrows. </li>
 430             <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is
 431                 selected the background of a residue will be coloured
 432                 using the selected background colour. Useful if used in
 433                 conjunction with &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 434             <li><strong>Text<br>
 435             </strong><em>If this is selected the residues will be displayed
 436                 using the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 437             <li><strong>Colour Text<br>
 438             </strong><em>If this is selected the residues will be coloured
 439                 according to the background colour associated with that
 440                 residue. The colour is slightly darker than background
 441                 so the amino acid symbol remains visible. </em></li>
 442             <li><strong>Show Gaps<br>
 443             </strong><em>When this is selected, gap characters will be
 444                 displayed as &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If
 445                 unselected, then gap characters will appear as blank
 446                 spaces. <br> You may set the default gap character
 447                 in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
 448             </em></li>
 449             <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 450             </strong><em>Select this to center labels along an annotation
 451                 row relative to their associated column (default is off,
 452                 i.e. left-justified).</em></li>
 453             <li><strong>Show Unconserved<br>
 454             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence
 455                 symbols will be rendered as a '.', highlighting
 456                 mutations in highly conserved alignments. </em></li>
 457
 458           </ul></li>
 459       </ul></li>
 460
 461   </ul>
 462   </li>
 463
 464   <li><strong>Colour</strong>
 465     <ul>
 466       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 467       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 468           colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 469       </em></li>
 470       <li><strong><a
 471           href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 472             Text...</a> </strong><em><br> Opens the Colour Text dialog box
 473           to set a different text colour for light and dark background,
 474           and the intensity threshold for transition between them. </em></li>
 475       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 476           Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
 477           Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
 478           Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User
 479           Defined<br>
 480       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>
 481           for a description of all colour schemes.
 482       </em><br></li>
 483       <li><strong>By Conservation<br>
 484       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 485             by Conservation</a>.
 486       </em><br></li>
 487       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 488       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
 489           window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
 490           conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
 491       <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 492       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 493             Percentage Identity</a>
 494       </em><strong>.<br>
 495       </strong></li>
 496       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 497       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 498           Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 499       </em></li>
 500       <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
 501           the alignment on a per-column value from a specified
 502           annotation. See <a
 503           href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 504             Colouring</a>.
 505       </em><br></li>
 506       <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
 507           the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
 508           See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
 509             Helices Colouring</a>.
 510       </em><br></li>
 511     </ul></li>
 512   <li><strong>Calculate</strong>
 513     <ul>
 514       <li><strong>Sort </strong>
 515         <ul>
 516           <li><strong>by ID</strong><em><br> This will
 517               sort the sequences according to sequence name. If the sort
 518               is repeated, the order of the sorted sequences will be
 519               inverted. </em></li>
 520           <li><strong>by Length</strong><em><br> This
 521               will sort the sequences according to their length
 522               (excluding gap characters). If the sort is repeated, the
 523               order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 524           <li><strong>by Group</strong><strong><br> </strong><em>This
 525               will sort the sequences according to sequence name. If the
 526               sort is repeated, the order of the sorted sequences will
 527               be inverted. </em><strong></strong></li>
 528           <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 529           </strong><em>This will sort the selected sequences by their
 530               percentage identity to the consensus sequence. The most
 531               similar sequence is put at the top. </em></li>
 532           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 533                 menu</a> will have some additional options if you have just
 534               done a multiple alignment calculation, or opened a tree
 535               viewer window.
 536           </em><br></li>
 537         </ul></li>
 538       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br> <em>Functions
 539           for calculating trees on the alignment or the currently
 540           selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 541             trees</a>.
 542       </em>
 543         <ul>
 544           <li><strong>Neighbour Joining Using PAM250 </strong></li>
 545           <li><strong>Neighbour Joining Using Sequence
 546               Feature Similarity</strong></li>
 547           <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62 </strong></li>
 548           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 549           <li><strong>Average Distance Using PAM250 </strong></li>
 550           <li><strong>Average Distance Using Sequence
 551               Feature Similarity</strong></li>
 552           <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 553           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 554         </ul> <strong>Note: Since Version 2.8.1, a number of
 555           additional similarity measures for tree calculation are
 556           provided in this menu.</strong></li>
 557       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
 558           Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
 559           href="../calculations/pairwise.html">pairwise
 560             alignments</a>.
 561       </em><br></li>
 562       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br> <em>Shows
 563           a spatial clustering of the sequences based on similarity
 564           scores calculated with the alignment. See <a
 565           href="../calculations/pca.html">Principal
 566             Component Analysis</a>.
 567       </em> <br></li>
 568       <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
 569           option is only visible if Jalview detects one or more
 570           white-space separated values in the description line of the
 571           alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
 572           parsed into sequence associated annotation which can then be
 573           used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
 574       </em> <br></li>
 575       <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
 576           large alignments it can be useful to deselect
 577           &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This
 578           prevents the sometimes lengthy calculations performed after
 579           each sequence edit.</em> <br></li>
 580       <li><strong>Sort With New Tree</strong><br> <em>When
 581           enabled, Jalview will automatically sort the alignment when a
 582           new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br></li>
 583       <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
 584           a new alignment window showing any additional sequence data
 585           either side of the current alignment. Useful in conjunction
 586           with 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved
 587           Sequences' option is disabled to retrieve full length
 588           sequences for a set of aligned peptides. </em></li>
 589     </ul></li>
 590
 591   <li><strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu
 592       is dynamic, and may contain user-defined web service entries in
 593       addition to any of the following ones:</em>
 594     <ul>
 595       <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
 596           submenu contains options for accessing any of the database
 597           services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers
 598           and the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify
 599           sequence start/end positions and retrieve all database cross
 600           references and PDB ids associated with all or just the
 601           selected sequences in the alignment.
 602           <ul>
 603             <li>'Trim Retrieved Sequences' - when checked, Jalview
 604               will discard any additional sequence data for accessions
 605               associated with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
 606                 Disabling this could cause out of memory errors when
 607                 working with genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
 608                 in Jalview 2.8.1</strong>
 609             </li>
 610             <li>'Standard Databases' will check sequences against
 611               the EBI databases plus any active DAS sequence sources<</li>
 612           </ul> Other sub-menus allow you to pick a specific source to query
 613           - sources are listed alphabetically according to their
 614           nickname.
 615       </em><br></li>
 616     </ul>
 617     <p>Selecting items from the following submenus will start a
 618       remote service on compute facilities at the University of Dundee,
 619       or elsewhere. You need a continuous network connection in order to
 620       use these services through Jalview.</p>
 621     <ul>
 622       <li><strong>Alignment</strong><br /> <em> Align the
 623           currently selected sequences or all sequences in the
 624           alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
 625           sequences. Entries in this menu provide access to the various
 626           alignment programs supported by <a
 627           href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>. See the
 628           <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
 629             Alignment webservice client</a> entry for more information.
 630       </em></li>
 631       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 632         <ul>
 633           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 634             <em>Secondary structure prediction by network
 635               consensus. See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred3</a>
 636               client entry for more information. The behaviour of this
 637               calculation depends on the current selection:
 638               <ul>
 639                 <li>If nothing is selected, and the displayed
 640                   sequences appear to be aligned, then a JNet prediction
 641                   will be run for the first sequence in the alignment,
 642                   using the current alignment. Otherwise the first
 643                   sequence will be submitted for prediction.</li>
 644                 <li>If just one sequence (or a region on one
 645                   sequence) has been selected, it will be submitted to
 646                   the automatic JNet prediction server for homolog
 647                   detection and prediction.</li>
 648                 <li>If a set of sequences are selected, and they
 649                   appear to be aligned, then the alignment will be used
 650                   for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
 651                   sequence in the set (that is, the one that appears
 652                   first in the alignment window).
 653                 </li>
 654               </ul>
 655           </em>
 656         </ul></li>
 657       <li><strong>Analysis</strong><br />
 658         <ul>
 659           <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
 660               functional residue analysis on a protein family alignment
 661               with sub-families defined on it. See the <a
 662               href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony
 663                 service</a> entry for more information.
 664           </em></li>
 665         </ul></li>
 666     </ul></li>
 667   </ul>
 668
 669 </body>
 670 </html>